1938年10月武漢會戰結束後，日本人確實有點迷茫和失望，因為他們期盼中的“國民政府乞和或者投降”的情況沒有出現，而日本的軍力和財力卻已經用到了極限，政府幾乎快破產了。不過大小鬼子仍不死心，尤其是1939年9月歐戰爆發後，日本軍部和內閣一致認為，美英蘇的注意力都被吸引到了歐洲，再努把力還是有機會解決“中國事變”的，於是就在這個月上旬，東京大本營撤銷了“華中方面軍”建制，以其司令部為基幹在南京重新組建了“中國派遣軍”。
這就表示日軍經過大約11個月的整補後，還是認為有機會有能力在中國戰場全面取勝，因為這個“中國派遣軍”統一指揮着華北方面軍、華中第11軍、滬杭第13軍和華南之第21軍，是二戰日軍的第一個“總軍”級單位。這個總軍成立的目的，就是協調和總攬關內戰場的作戰，企圖在軍事上給重慶政府以致命一擊，迫其“乞和或者投降”，派遣軍總司令是西尾壽造大將，而總參謀長是老牌侵略分子板垣徵四郎（從陸相的位置上被踢了下來）。
為了打開局面，西尾和板垣就職後的第一件事，就是把第11軍司令岡村寧次中將召到南京，決定發動一次新的攻勢，目標是掃蕩薛嶽第九戰區的野戰主力和摧毀長沙，但是板垣同時又提出長沙不能長期佔領，因為“如佔領長沙，我們就要建立從岳陽到長沙的兵站補給線，但我手裏沒有富餘的兵力來維護這條補給線”。岡村對這樣的決定表示質疑，卻也拿不出來什麼更好的辦法，只能遵令執行，於是9月23日第一次長沙會戰爆發。
簡短截説，這次會戰日軍並沒有佔到什麼便宜，不僅未能衝進長沙城，也未能圍殲薛嶽的任何一支師以上建制部隊，到10月1日左右，日軍在損失慘重後不得不全面反轉，撤回新牆河以北出發陣地。這一仗是薛嶽抗命打出來的，所以臉上很是有光，遂於不久以後的第二次南嶽軍事會議上，職務中的“代理”倆字被去掉了，正式就任第九戰區司令長官（原來是陳誠兼着），而岡村寧次則鬧了個灰頭土臉。
在湖南方向沒有取得什麼進展，日本人又連續進行了兩次嘗試，第一次是以兩棲登陸的方式，於1939年11月突然攻擊了廣西南部，以切斷越北至廣西的交通線為目的，日本方面稱之為“南寧攻略”，而中國方面稱為桂南會戰。正是在桂南會戰期間，爆發了著名的崑崙關戰役，杜聿明第5軍死磕日軍精鋭第5師團，最終中日兩軍在崑崙關一線形成對峙，至少從表面來看，對重慶政府沒有形成什麼實質性的壓力。
第二次是棗宜會戰，武漢日寇第11軍從1940年5月開始發動，終於在6月間佔領了宜昌。這已經是最接近三峽和川東的鄂西重鎮，重慶方面緊急成立了陳誠的第六戰區應對，最終雙方在宜昌以西的山地形成對峙，也就是説，雖然宜昌丟了，但是日軍也無力進一步西進，川渝仍然是安全的。在此期間，日本陸海軍的航空部隊瘋狂轟炸重慶，企圖用所謂的“無差別轟炸”來打擊中國抗日軍民的士氣，配合其戰場上的攻勢。
然而這些攻擊頑強的中國軍民都堅持了下來，到1940年9月，東京內閣和軍部不得不開始改變對華策略，出台了三個重要措施，第一是將對華戰略更改為：“以政治誘降為主，以軍事打擊為輔”，着重扶持汪偽政權。第二是壓縮關內日軍兵力而加強和充實盤踞東北的關東軍，即山海關以南的日軍兵力將由85萬減少到72萬。第三，是將原有中國派遣軍所轄的華南方面軍，改由東京大本營直轄。
認真解讀完這三項措施，就知道在個這個時間點上，日本軍部已經認為無法全面戰勝中國了，否則不會削減在華兵力、也不會把汪逆真當回事，尤其是華南方面軍的改隸，充分説明日本人要向南覬覦法屬印支地區，準備實現其“以戰養戰”的策略了。因為日本是個資源匱乏的島國，經不起長期戰爭的消耗，對日本來説，當時面臨着一道無解的難題，陸軍省和參謀本部商量來商量去，也拿不出來一個真正有效的解決方案：
參謀本部一些軍官認為，對於解決“中國事變”只有兩個辦法，一是打到重慶、延安，二是從中國撤軍。可是若想打到重慶和延安，就需要給中國戰場增援不低於15個師團的兵力，在實行對蘇警戒的前提下，日軍顯然沒有這個能力。而至於從中國撤軍，內閣和陸軍省又不可能接受，對於喜歡弱肉強食和佔便宜成癮的日本人來説，把吃到嘴裏的肉再吐出來，那簡直是不可想像的。
既然不能在短時間內用武力取勝，那就得耗下去，耗到重慶政府堅持不下去而求和或者投降，日本政府和軍部同時是這麼想的。所以這一時期，連續出現了日本和重慶方面秘密接觸進行談判的所謂“同工作”、日本要求英法關閉滇緬公路和滇越鐵路、日軍武裝進入越南北部等種種情況，標誌着日本人從“速勝論”轉變為準備長期戰爭的思路，以日本人的性格，但凡能夠在戰場上取得決定性的進展，怎麼可能跟重慶政府搞什麼“和談”？
包括中國派遣軍也發佈命令：“以佔領區的治安肅政為第一要務”，也就是準備鞏固佔領區來實現“以戰養戰”了，而不是再發動大規模的攻勢作戰，儘管岡村等一批前線將領對此表示強烈不滿，也是胳膊擰不過大腿的。1940年9月28日，裕仁在皇宮召見了新任參謀總長杉山元，這個傢伙在1937年全面抗戰爆發時正任陸軍大臣，也是在他的嘴裏説出了“三個月解決中國事變”的狂話，現在，裕仁想問問軍部究竟怎麼打算的？
裕仁質問杉山元，連守備皇宮的近衞師團都調到中國戰場了，為什麼還沒有個明確的結果？杉山元顧左右而言他，於是裕仁憤而退席，責成內大臣木户繼續提問。木户孝允提問：有沒有把握打敗重慶政府？“傻瓜元”回答：很難，木户再問：既然如此，是不是調整下戰線，以適應我國財政和物資情況呢？“傻瓜元”再答：很難，突然撤兵，會讓外界認為我們戰敗了。杉山元的這兩個“很難”，其實已經準確詮釋了日本軍政當局在1940年騎虎難下的狀態。
而日軍染指法屬越南，也引起了美英等國的警惕，就在這一年的冬天，美國總統羅斯福發表了“爐邊談話”，第一次向全世界宣告：“中美英三國的命運有密切的關係，美國決心負起民主國家之兵工廠的責任，以大批軍需援助中國”，至此，抗日戰爭乃至於整個二戰亞洲戰場的重要節點，就要到來了。
