捕魚兒海之役又稱捕魚兒海之戰，是指明朝洪武年間在捕魚兒海徹底終結元朝的最後決戰。
捕魚兒海又稱清水泊，湖泊名，位於奴兒干都司哈剌孩衞境內，即今貝爾湖。《明太祖實錄》記載以脱古思帖木兒為首的蒙元小朝廷（即是汗斡耳朵）是在“捕魚兒海”被殲的。當初元太祖成吉思汗按照蒙古貴族的傳統分封親族時，將兀魯灰河等地（相當於烏珠穆沁旗一帶）封給了同母弟哈赤温的後裔，而鄰近的捕魚兒海亦應該是哈赤温後裔的勢力範圍。
洪武二十年（1387）9月，明太祖遣永昌侯藍玉為大將軍率軍進攻北元。次年四月，兵至慶州（今內蒙古巴林右旗西北），聞元主脱古思帖木兒在捕魚兒海，遂掩旗息鼓，兼程而進，元軍無所覺察。大軍到後，元太尉蠻子倉促拒戰，被殺。脱古思帖木兒與太子天保奴等數十騎遁去。明軍獲其次子地保奴及故太子必裏禿妃並公主等一百二十餘人，官屬三千，軍士男女共七萬餘口，馬牛駝羊十五萬及寶璽、圖書、金銀印等。
明朝建立後，蒙古人雖然失去了對中原的統治，但在北方草原地區仍然有很大的勢力，全國許多地區如山西、陝西、四川、雲南、貴州等，仍在元朝統治者手中，時刻都是明朝的重大威脅。
洪武二十年（1387年）九月，再接再厲的朱元璋任命藍玉大將軍，唐勝宗、郭英為左、右副將軍，率領十五萬大軍出塞，作戰目的是徹底殲滅北元小朝廷。
洪武二十一年（1388年）三月，藍玉率師十五萬北進，四月來到捕魚兒海（今貝爾湖附近）。
北元方面，在愛猷識理達臘離開和林之後，於洪武十一年（1378年）死去，脱古思貼木兒嗣位。洪武二十一年（1388年），脱古思貼木兒率部遊牧到喀爾喀河、貝爾湖、克魯倫河一帶，在此遭到了明軍殲滅性的打擊。
洪武二十一年（1388年）前線統帥部獲得了重要情報，探悉北元小朝廷遊牧到喀爾喀河、貝爾湖、克魯倫河一帶。機不可失，藍玉在同年三月親率大軍由大寧（今內蒙古寧城一帶）進至慶州（今內蒙古巴林左旗西北），一路搜索前進，終於把目標鎖定在一個名叫“捕魚兒海”的地方。所謂的“捕魚兒海”，即是今貝爾湖的古名。當初元太祖成吉思汗按照蒙古遊牧貴族的傳統分封親族時，將兀魯灰河等地（相當於烏珠穆沁旗一帶）封給了同母弟哈赤温的後裔。而鄰近的捕魚兒海亦應該是哈赤温後裔的勢力範圍。北元小朝廷以“捕魚兒海”為棲身之地，這表明哈赤温的後裔仍然忠於大汗脱古思貼木兒。
將士們“人不卸甲、馬不離鞍”，從間道兼程而進，於四月九日，來到遊魂南道，卻在此地找不到水源，一時飢渴難耐。關健時刻，“帶路黨”能起到特殊的作用，歸順的蒙古軍官觀童憑着多年來在塞外的生活經驗於營地附近發現了一處泉水，為全軍解了燃眉之急。克服重重障礙的藍玉於十一日到達距離捕魚兒海尚有四十餘里的百眼泉，卻突然間偵察不到敵軍的影蹤，失去了任何線索。他一度判斷錯誤，以為敵人嗅到了什麼蛛絲馬跡而躲藏得無影無蹤，想從這個環境惡劣的地方退兵。但他很快在定遠侯王弼的勸阻之下改變了主意，決定留在原地再堅持一下，看看有什麼新發現。為了不打草驚蛇，藍玉下令官兵在地上挖洞煮飯，以免大量濃煙直上雲宵而被敵哨兵望見。
次日黎明，明軍搜索到了捕魚兒海的南岸，但此地空無一人，部隊停了下來。“少憇飲馬”。好消息突然來臨，藍玉從巡邏騎兵那裏得到情報，確定北元小朝廷在捕魚兒海東北方向八十餘里之外，便馬上下令求戰心切的王弼為先鋒，“銜枚卷甲”，直撲其營。 脱古思貼木兒與身邊的臣子們自以為明軍不熟悉地形，難以找到水源的位置，決不會這麼快殺到，因而防備疏鬆。營地裏的士卒正在牽馬備鞍，整理輜重，把一大批車輛的車頭都轉向北方，準備轉移。偏偏在這個時候揚起了大風，沙塵滿地，白晝如晦，對明軍起到了很好的掩護作用。王弼提着雙刀帶兵神不知鬼不覺地悄悄接近，發起突然襲擊。猝不及防的北元軍隊來不及列陣，在混亂中死了數千人，另外有七萬七千多人與四萬七千匹戰馬被俘。此外，成為明軍戰利品的還有四千八百四十頭駱駝、十一萬二千四百五十二頭牛羊、三千餘輛各式車輛以及一大批後勤輜重。
北元小朝廷直屬的中央禁衞軍中的兩員悍將，曾經參加過和林保衞戰的太尉蠻子與太師哈剌章竭盡全力抵抗。其中蠻子被郭英當場揮刀殺死，而哈剌章的大營亦在十多天後被藍玉擊破，所部“一萬五千八百三户”與“馬驢四萬八千一百五十餘匹”被俘，哈剌章本人下落不明。 這兩個元朝老臣子昔日在和林並肩作戰，死中求生，卻在捕魚兒海劫數難逃。中央禁衞軍作為北元正規軍的主力，終於在這次決戰中基本上被明軍全殲。而北元地方部隊的主力脱因貼木兒所部也是螳臂當車，逃脱不了全軍覆滅的命運。脱因貼木兒逃跑時墜於馬下，不得不潛伏在草叢之間，但最終未能躲過明軍將士的搜捕。此後，各種史料再也沒有王保保舊部的任何記載，由此可知，這支依靠鎮壓紅巾軍起家的部隊已經在捕魚兒海與北元小朝廷一起結束。
北元主力既然遭到了毀滅性的打擊，而北元小朝廷也未能倖免於難。大批皇室成員身陷囹圄，這些人員包括已故君主愛猷識理達臘的妻子、現任君主脱古思貼木兒的后妃及次子地保奴、公主等，成為階下囚的各類達官貴人總共有二千九百九十九人。值得一提的是，明軍還在捕魚兒海俘虜了北元吳王朵兒只。朵兒只是成吉思汗同母弟哈赤温的後裔。他在世襲的封地上被俘，意味着成吉思汗親自分封的哈赤温汗國遭到了毀滅性的打擊。只有脱古思貼木兒、太子天保奴以及少數隨從乘亂逃出了包圍圈。明軍出動精騎追擊千餘里，都督餘通淵所部一直打到了克魯淪河，因追之不及，方才撤了回來。戰鬥結束後，藍玉為了以防萬一，下令那些披掛着鎧甲的俘虜兵卸甲。各類鐵甲、皮甲在地上堆成了一座座小山。明軍一一放火焚燬，而蒙古鐵騎的威名也伴隨着各種盔甲在熊熊的火焰之中灰飛煙滅。但這絕不等於歷史悠久的蒙古騎兵從此銷聲匿跡，這支被打散了的遊牧軍隊能否東山再起有待後人。明軍放了這把沖天大火之後，遂班師。
捕魚兒海之戰，蒙元損失十萬人左右。而明軍的損失卻是微不足道，據説是“不費寸兵，以收其效。”
洪武五年和林之戰中倖存下來的蒙元軍隊，主要有蠻子、哈剌章的軍隊及原屬擴廓帖木兒的軍隊，這些軍隊全部參加了洪武二十一年的捕魚兒海之戰。他們雖然在和林逃脱了滅亡的命運，卻最終在捕魚兒海末能倖免。
首先，蒙元小朝廷直屬的蠻子及哈剌章二人的軍隊，他們一直承擔着保衞蒙元小朝廷的任務，《明太祖實錄》詳細地記載了他們在捕魚兒海與蒙元小朝廷一起覆滅的過程。
其次，還有擴廓貼木兒的軍隊。擴廓貼木兒在和林之戰之後跟隨着愛猷識理達臘，轉移到了“金山”，自然，擴廓貼木兒的軍隊也應該和愛猷識理達臘的軍隊會師在一起。《明太祖實錄》記載擴廓貼木兒“卒於哈剌那海之衙庭”，死亡時間是洪武八年八月。其後，明軍在洪武二十一年的捕魚兒海之戰中，俘虜了蒙元“詹事院同知脱因貼木兒”，脱因貼木兒就是擴廓貼木兒的弟弟，而此戰之後，各種史料再也沒有關於原屬擴廓貼木兒的軍隊的記載，由此可知，包括脱因貼木兒在內的原屬擴廓貼木兒的軍隊，已經在捕魚兒海遭到了明軍毀滅性的打擊。
值得一提的是，明軍還在捕魚兒海俘虜了蒙元吳王朵兒只，朵兒只是成吉思汗同母弟哈赤温的後裔，他在世襲的封地上被俘，意味着成吉思汗親自分封的哈赤温汗國的結束。
元主脱古思貼木兒及其子天保奴在逃亡途中被阿里不哥後裔也速迭兒所殺，與脱古思貼木兒一起逃亡的知院捏怯來、丞相失烈門於當年投降了明朝。自從元順帝於至正二十八年（公元1368年）帶領百官部屬從元大都出逃之後，這個以元帝為首小朝廷經上都、應昌、和林、捕魚兒海等一系列激戰，至此基本上已經瓦解。
勝利消息傳到京師，明太祖大悦，遣使勞軍，諭中比藍玉為衞青、李靖，晉封藍玉為涼國公。
今天某些蒙古國史家對於北元歷史津津樂道，企圖尋找蒙古國合法化的證據，遺憾的是，藍玉將軍的大捷給了他們一記響亮的耳光，北元在捕魚兒海大捷後就已不復存在，如果説之前的明朝滅元以及攻克上都之戰，都沒有真正消滅蒙古的皇族的話，捕魚兒海大捷卻宣告了元朝帝國的最終滅亡。這些作為元朝正統的皇族們一股腦的被押解到了南京，北元的運作體系基本被摧毀。如果説在這之前，蒙古貴族心中或許還有所謂反明覆元的希望，那麼捕魚兒海戰役後，希望就徹徹底底地破滅了。從此，逐鹿中原只能成為他們可望而不可及的美夢。此戰的意義在於蒙古草原被分崩離析成了若干鬆散的部落，時合時分，相互征戰不休卻難以對中原政權造成致命的軍事威脅。而幾大蒙古部落也先後嚮明朝稱臣並接受了冊封，無論是從現代的國家觀念看還是從封建時代的國家關係來看，從這一仗開始，所謂的北元與明朝的對峙已經不復存在，蒙古部落與明朝的關係，漸漸地由國與國的關係變成了地方諸侯勢力與中央政府的關係，後來的史實也證明了這一點，無論是瓦刺的也先也好，還是韃靼的俺答也好，他們與明朝邊鎮戰爭的目的僅僅是為了得到一個冊封的爵祿，金庸老先生在《鹿鼎記》中尊清貶明，大談滿清給中國帶來了多少領土云云，對比史實，不禁令人啞然失笑。優秀的小説家未必是優秀的歷史學家，明朝應該反思的是，為什麼這樣強勢的軍事勢頭卻不能保持持久，明朝前期，面對統一的北元政權，明軍鐵騎追南逐北，打了一連串的勝仗，卻為什麼不能守住固有的勝利果實，在蒙古已被打成若干鬆散部落，力量嚴重削弱的情形下，卻沒有進一步向蒙古高原滲透勢力，卻是因噎廢食，實行退守自保的戰略，明朝之敗亡，戰略上的短視難辭其咎。