伊斯蘭教與清王朝統治秩序的衝突是怎樣的？有何歷史意義？

考慮到清朝與”伊斯蘭世界”關係的特殊性，除軍事、政治、經濟等方面的內容外，宗教是另一個必須予以關注的領域。清朝皇帝自皇太極起就特別重視藏傳佛教，並隨着對蒙古各部的相繼收服和對西藏的統一而形成了一整套行之有效的管理體制，使之成為維護其專制統治的馴服工具。

但清政府之所以重視黃教，並給予其特殊優待，甚至允許西藏政教合一地方政權的存在，完全是其“首重蒙古”之政治策略的組成部分，並且是以西藏納入清帝國版圖、藏傳佛教的教權完全臣服於清帝的皇權為前提的。

以與伊斯蘭教同屬西方一神教體系的基督教為例，康熙、雍正兩朝與俄羅斯交往頻繁，卻始終在種種敍述中將東正教與佛教相混淆;傳教士南懷仁效力清政府數十年勞苦功高，逝世後清聖祖親撰碑文紀念，卻對其本職所繫之天主教不置一詞，為天主堂題寫對聯、詩詞，卻將天主教義與儒家天道混為一談。

這固然與外國傳教人員為免於排擠和歧視有意粉飾有關，但歸根到底還是由於清政府沒有意識到西方一神教的本質。若稱清朝為大一統政權，則近代以前的西方一神教實為大一統宗教，這兩者天然絕不相容。

而正是由於不瞭解導致的輕視，才使得清政府能夠對其暫時容忍，甚至出於維持社會各羣體的不同風俗習慣以便遂行分而治之策略的政治目的而加以保護。

從康熙朝禮儀之爭導致清政府禁止基督教在國內的傳教活動可以看出，一旦清朝統治者對西方一神教的教義思想及其宗教組織的來源與本質有所深入瞭解，認識到其超出了儒家傳統文化的解釋範圍，不可能納入中國的大一統政治秩序之下，就絕不會繼續對其實行寬容政策。

綜上所述，清初諸帝所表現出來的對伊斯蘭教的寬容，不可能是建立在理解和寬容的基礎上，而只會是由於無知所導致的輕蔑。與慣於走“上層路線”的羅馬教廷不同的是，儘管據説帖木兒帝國的沙哈魯汗曾致信明成祖朱棣勸説其飯依伊斯蘭教，但總的來看，“伊斯蘭世界”更多的憑藉其與中原相對便利的交通以及在民間相對深厚的羣眾基礎潛移默化地進行滲透。

乾隆初年，隨着清朝與準噶爾部之間實現了和平，中原與中亞的交通較之以往更加順暢，很多西北省份的回民教士懷着各種目的前往中亞、西亞拜師求學，歸來後便通過宣傳其學説的正統性和純潔性吸引信徒、擴大勢力。

自乾隆四十六年至道光末年，清政府一直對哲合忍耶門宦保持高壓態勢，同時因統一回疆所導致的國內伊斯蘭教情況的進一步複雜化而特別注意到防止“漢回”與“纏回”的串聯。

然而清政府終究是低估了西方一神教的威力，太平天國運動發生後，隨着清政府控制力的下降，壓抑已久的以哲合忍耶派為代表的中國穆斯林的不滿和仇恨如火山般噴發出來，以滔天血海席捲西北諸省，並與有着共同信仰的回疆反清勢力和來自浩罕的侵略者聯合起來，幾乎摧毀了清朝在西域的統治。