公元1368年正月初四，朱元璋頂天下大號為明，建元洪武，正式登基稱帝。回想自己從衣不蔽體、食不裹腹到登頂天下，朱元璋做夢都要笑醒。如今帝王之業已經開啓，將來會好，子子孫孫都要好。所以，對朱元璋來説，鞏固和加強統治，是最重要的事情。
第一要緊的事情，就是建立都城。
明朝初期，朱元璋建都南京。首先是因為浙江一帶，經濟富庶，又是糧食的主產區，政權建立後，有一大幫的官員、軍隊要吃飯，必須要依靠這經濟和糧食養活；其次，早在朱元璋還是吳王的時候，在這裏建了不少宮殿，如果重新選擇帝都，又得重新建設，這對於剛成立的明朝來説是不小的負擔；再次，跟隨朱元璋一起打江山的兄弟們家鄉都在江淮一帶，也並不願意遠離故土。
雖然都城已定，但是在朱元璋的心裏一直有遷都的想法，只是無法確定遷去哪裏？後來考慮過汴梁，但是朱元璋親自考察後覺得雖然地理位置不錯，但是易攻難守。陝西平定後，有人提出關中天險，適合為都城；有人提議洛陽位置居中，便於四方朝拜；還有人提出北平宮室完備，可以節省開支；但是朱元璋覺得，大臣們的理由都太過片面，最後還是定在了南京。
但是元朝的軍事力量雖然退居蒙古，威脅仍然存在。洪武二十年，遼東歸附，為了更好的控制北邊，朱元璋心中再次想要遷都西北，初步選定了長安和洛陽。到了洪武二十四年，由皇長子親自前往西北巡視，對兩邊的地形進行詳細比較。太子經過勘察獻出了陝西的地圖，並提出了自己的醫院。無奈次年太子朱標薨逝，此時已經六十五歲的朱元璋在長子離世的打擊下，失去了遷都的勇氣。
都城建立在南京主要是為了方便糧食等的供應，但是還存在一個很嚴重的問題，元朝的主要兵力都跟着跑到了蒙古，而且軍事實力基本沒有收到破壞，時時刻刻想着翻盤，所以建都南京，北方的防禦就成了難題。如果讓哪個將軍帶上十數萬兵馬鎮守北方，尾大不掉，藩鎮跋扈，那估計朱元璋就擔心的連覺也睡不着了。萬一這個將軍叛變了，那可怎麼辦？
於是，他想到了分藩王。把自己的兒子分到沿邊地區。燕王朱棣在北平，晉王在山西，秦王在陝西，肅王在甘肅……每個王府都配有軍隊。親王們不但可以指揮自己的軍隊，在皇帝授命後，還可以節制當地的軍隊。
朱元璋決定分封藩王，是在稱帝后第二年，不過諸位親王就藩，卻是到了九年之後，主要原因除了因為部分皇子年齡太小，還有一個重要的原因就是京都還沒有完全確定。所以，洪武十一年之後，諸位親王逐漸成年就藩，分佈在全國的各個軍事要地。邊塞諸王主要作用在於防止蒙古入侵，控制東北眾蠻夷，內地諸王則鎮守藩地。
諸位藩王在封地建有王府，下設官署。地位尊崇僅次於皇帝，王府中設有護衞，少則千人，多則上萬。尤其是邊塞藩王，兵力就更加雄厚了。藩王每年有一萬石的俸米還有其他皇帝給的賞賜，可謂是十分豐厚。不過，藩王是沒有土地的，更不能干涉民政，一切王府外的事務，都是由朝廷所任命的各級官吏來管理。
親王戍守邊疆和內陸重地，即使國都在東南，國家也安如磐石，經濟與邊防的平衡，讓朱元璋終於安下心來。
內外安定，朱元璋又把精力放在了政權上，怎麼才能讓權力集中起來？
一個新建立的政權，政治機構大都繼承前朝。明朝以前，也就是元朝的政治機構有中書省，設有左、右丞相、平章等職務，中書省下有負責分管各項書屋的部門。為了更好地管理地方，元朝從中書省中分散出一部分到地方，叫做行中書省，也叫行省，負責管理地方民政、財政、軍政相關事務。另有御史台掌管監察，地方上設有行御史台，簡稱行台。
這樣的制度就導致權力分散，中央政府對地方的統治會逐漸減弱。所以朱元璋面對的問題就是，如何鞏固和增強自己的統治。明朝初期，政權中有很多的矛盾：朱元璋起兵早起吸納的元朝舊地主和跟隨他早起在淮河起兵的新地主之間的矛盾，這些跟隨朱元璋的淮河領域的新地主與朱元璋之間的矛盾，甚至於還有丞相與帝王之間的權利矛盾，典型的代表就是胡惟庸。國家大事都有中書省掌握，加上胡惟庸是個有能力也有野心的人，在中書省多年，胡惟庸建立了很穩固的政治基礎，有些事情沒有上報皇帝就自行處置。
多年積累，矛盾逐漸尖鋭，所以到了洪武十三年，明太祖找了個機會，假借一個罪名，就誅殺了胡惟庸，連帶着胡惟庸龐大的關係網都被牽連，這場血腥的政治洗牌不在多説，還是繼續説政權集中的問題。
胡惟庸被殺之後，朱元璋取消的宰相這個職務，撤銷了中書省和行中書省，將原來下屬於中書省的六部提起來，負責總管全國事宜，由他直接管理；地方上由布政使司管理民政和財政，按察使司主管司法，都指揮使司管理軍事，也有皇帝直接負責。就這樣皇帝代替了丞相，皇權和相權合二為一，就形成了中央集權制。
權力集中了，但是皇帝就很累了，什麼事情都要交由皇帝處理，每天的公文多不勝數，最多的時候朱元璋每天要查閲公文兩百多件，處理事務四百多件。只有皇帝一人處理是肯定不行了，於是朱元璋又想出了一個辦法。建立內閣，尋找了一些有才有能的五、六品官員來做秘書，幫他處理公文和事務，稱呼他們為大學士，內閣中的第一大學士被稱為首輔。國家大事都放在內閣辦理，內閣大學士們在皇帝手底下辦事，時間長了就有人提升為六部尚書。這樣看來，內閣也就相當於原來宰相的職務。
這個機構改革，使得六部的地位提升，皇帝的權力大大集中，明朝一直使用這項制度，而到了清朝也一直延續使用。
可以説，正是明太祖朱元璋奠定了明清兩代政權的基礎架構，這是他了不起的成就。但是期間朱元璋還寫了一本著作叫做《皇明祖訓》，把他定的制度都寫了進去，並且不允許後代改變。這就是抱着以不變應萬變的心態。但是隨着時代、形勢和社會的變化，國家的政治和經濟不可能一成不變，如果制度被這樣捆綁而不能變化，勢必無法滿足社會需求，就會導致崩盤。
比如封藩，各位藩王就藩後，每年分多少糧食都是定數，多年之後，子孫後世有十幾萬人，這些人不能當官、不能種地，更不能搞其他生意，只能坐在家裏享受榮華富貴，時間一長，中央政府就無法負擔，比如河南省徵收的所有糧食，都不能供應明太祖在河南的子孫分了。
當然，這都是後話了。
