對萬曆皇帝的評價自古各執一詞，但是本人一直認為，少應用《明史》之言。《明史》是否有不實之處，有多少不實之處現在難以考證，但是從其他方面的史料已經證明，萬曆皇帝並非是一個“怠政”的皇帝，所謂幾十年不上朝，也並非萬事不管，只是諸多因素和背景實在是一言難盡。故，那種所謂萬曆已經死了或者有個替身之説，完全是子虛烏有瞎猜測。下面，我們“抽絲剝繭”，走進那個幾十年不上朝的萬曆皇帝。
1.張居正改革
很多人談起張居正的改革首先想到的是“一條鞭法”，但是“一條鞭法”的實質只是税制有關的改革，換言之僅僅只是税收貨幣化改革，其根本並沒有觸及到大地主大官僚體系的根本利益，所以，在張居正死後，“一條鞭法”得以保留。而真正觸及大地主大官僚根本利益的，則是對官員的考成法，很多保守派官員因為毫無作為被裁撤。據史載，張居正當政期間，各級被改革和裁撤的冗員約佔官吏總數的十分之三。
明朝中後期，土地兼併的情況越來越嚴重，而要完整實行“一條鞭法”的首要基礎是丈量土地，不是我對丈量土地沒有自信，而是丈量土地這件事從西漢後期開始就沒有搞清楚過。土地數量成為歷代王朝的一本糊塗賬，到明朝張居正改革也是如此。那麼，張居正是否把土地搞清楚了呢？我看未必，從後來萬曆皇帝開證榷税和礦税來看，國庫資金的依然不足，這説明，“一條鞭法”的改革雖然取暫時性的成果，但是並非絕對性的勝利，要不他也不會再開税種以增加收入。
張居正死後，明朝的文官集團迅速將張居正打到，而“一條鞭法”卻得以保留，為什麼呢？因為文官集團又控制了税收的來源，並且都是白花花的銀子，所以，他們很高興。但是，考成法卻被推翻，消失在歷史雲煙深處。要是張居正沒有考成法作為改革的支撐，那麼，他成功的機率可能更低，宋朝王安石的税制變法與張居正的“一條鞭法”有異曲同工之妙，就是因為缺乏官僚體制的改革來進行支撐，所以才會失敗。
這些史實説明一個問題，那就是明朝的病根兒不僅僅在於土地兼併和税制等（當然張居正的改革涉及諸多方面，在此只説這幾項），更在於文官官僚集團，這些官僚集團的官員，佔有大量土地，比如徐階退休後，佔有24餘萬畝土地，佔有大量黃金鋪面等等。官僚們還可以經商，官商勾結，貪污腐敗成風，國庫空虛異常。
2.東林黨行徑
公元1604年，即萬曆三十二年，明朝吏部郎中顧憲成等人修復宋代楊時講學的東林書院，與高攀龍等講學，逐步形成明朝官僚集團的代言人，他們借諷刺朝政，諫罵皇帝，品評官吏之名，行包庇大地主大官僚，富商巨賈爭利之實。
在這裏，我不想評論東林黨的好壞，但是這個以官僚為主的集團大部分官員除了只會打口炮之外，缺乏實幹苦幹的精神卻是事實，同時他們成為大地主大官僚的代言人，對於歷史的作用實在乏善可陳。1645年，清朝大軍攻佔南京，作為東林黨領袖的禮部尚書錢謙益選擇了投降，所謂文人士大夫的清高傲骨蕩然無存。
在魏忠賢與東林黨的黨爭中，曾主編一本《三朝要典》，指出東林黨人織造了一系列政治案件，比如挺擊案、妖書案等。東林黨人曾把《三朝要典》視為毒草，堅決查禁，但是明朝禁書的力度不大，民間流傳甚廣。大清入主中原後，投降大清的東林黨人利用滿清文字獄，才消滅掉這些文件史料。
以此可見，東林黨人在明朝後期，尤其是萬曆皇帝時期，並未作出什麼可以誇耀的好事，相反，他們投降大清後，還盡力抹殺自己造成的惡果。在對明史的編修中，就有許多東林黨人，這些人能給萬曆皇帝一個什麼好的評價，可想而知。
3.皇帝與官僚
在以東林黨為主體的文官集團的大力作做下，萬曆皇帝顯然沒有他爺爺嘉靖皇帝的狠毒和手段，於是，文官集團在道學和理學思想的指引下，用口仗攻擊皇帝，其目的在於儘量掌握朝廷的實權，讓皇帝成為擺設，整天只需要按照規定的動作發發言，講講經，其他的事情都由文官集團來做，比如税收。以此來保護大地主大官僚的既得利益。
在這樣的情況下，文官掌握了國家的財政，卻無視邊疆的安危，土地兼併厲害，軍屯破壞殆盡，國家拿不出錢來搞好國防安全。於是，才有了讓太監來徵收礦税，其目的，顯然是皇帝繞過文官集團，要開闢一條自己可以掌握的財政道路。在文官們的描述下，收礦税的太監們十惡不赦，張牙舞爪。不可否認，其中有些太監利用收税的權力吃拿卡要，但是總體而言，皇帝有了錢，便可以做很多事，有名的“萬曆三大徵”，明廷化了1300多萬兩白銀，把張居正改革時代的老本都啃光了，要不是開闢礦税，這個賬，只怕很難做平。
這説明什麼問題呢？説明萬曆皇帝和官僚集團已經成為兩條線，而不是抱成團在運轉。萬曆躲着官僚集團，實在有苦難辨。所謂萬曆皇帝不上朝不理政不批閲奏章，完全是子虛烏有，要不然，萬曆三大徵從何説起。其實，他一直躲在宮中批閲奏章，只是有所區分。
一是對於那些只知道諫罵皇帝，依靠諫罵博取美名的官僚置之不理。
二是對於控告太監罪刑，尤其是收取礦税的行為的奏章置之不理。
三是一些大臣紙上談兵，缺乏實際操作性的建議意見置之不理。
四是對於文官集團內部相互攻殲，爭權奪利的奏章置之不理。
相反，對於興修水利，抗擊倭寇，賑災救災等民生工程，萬曆皇帝從來就是不遺餘力的落實。
4.《神宗實錄》
萬曆二十九年，“三大徵”結束，在《神宗實錄》裏面，可以找到萬曆皇帝親力親為，勤於政務的記錄，現白話摘抄如下（部分）：
萬曆三十一年一月，下旨户部會同兵部，前往九大邊寨核實軍隊人數，以制止軍人吃空餉的現象，整頓軍隊，安定民心。
萬曆三十一年四月，户部上書改革推廣“一條鞭法”的十一條建議，萬曆皇帝皆一一批准。
萬曆三十二年和三十三年，治理黃河水患，建成一百七十公里大堤，被認為是“明代治河最大成就”。同時，改革官制，將大運河河道衙門和漕運衙門分開管理。
萬曆三十五年，解決邊防軍餉匱乏，清查兩淮鹽政。
……如此下去，萬曆四十三四十四年，還在落實組織北方地區的救災賑災工作，在此不一一列舉。
從這些記錄來看，説萬曆皇帝不上朝不理政不批閲奏章，不知道從何談起，這些記錄有力的駁斥了萬曆皇帝“怠政”的説法，只是他躲避了文官集團程式化的安排，做着他覺得應該做的事情罷了。
5.定陵鐵證
萬曆皇帝不多見大臣，並不意味着他沒有幹事。按照他自己的説法是：“足心疼痛，步履維艱”，也就是説腿生疾病了，疼痛難忍，行動不便。萬曆皇帝是個大胖子，在足部有疾病的情況下，很少上朝完全在情理之中。
1958年，萬曆皇帝的陵墓定陵得到開發，當考古學家打開萬曆皇帝的棺材時，發現萬曆皇帝的腿一長一短，經過鑑定，認定他是因為長期的足疾導致腿部筋骨萎縮，另外，他的腰部也患有嚴重的疾病。這種腿疾十分痛苦，再加上萬歷皇帝體重達到300來斤，可能還患有高血壓高血脂之類的心血管疾病，所以，這樣一位多病的皇帝，能否天天到朝廷上“坐而論道”實在難以肯定。
以此看來，那個叫雒於仁寫的《酒色財氣四箴疏》是在總共只見過萬曆皇帝三次的情況下形成，既然沒有見過皇帝，又如何知道他在幹什麼？這不是純粹的瞎猜測嗎？難道《神宗實錄》都是編造的？
故，所謂萬曆其實已死的説法和這些文官們的言論如出一撤，這是不符合歷史事實的，是經不起歷史考證的。