當歷史走向公元5世紀的時候，乞伏鮮卑頻遭厄運。剛剛通過聯合禿髮鮮卑，穩定了西方的邊境，西秦卻又馬上面臨來自東方的威脅。400年，後秦派出姚碩德率領大軍進攻西秦，乞伏乾歸大敗。這一次，再也沒有奇蹟出現。走投無路的乞伏乾歸率領數百名騎兵逃奔盟友南涼，被禿發利鹿孤安置在晉興城西秦滅亡了。在如何安置前來投奔的乞伏乾歸父子的向題上，南涼鎮北將軍俱延認為乞伏乾歸本來是我國的屬國，卻妄自尊大，竊稱王號，現在無路可走了，オ跑來投靠我國，絕不是真心地降附。萬ー乞伏乾歸父子將來逃離我國，再跑去投靠東方的秦國，一定會引導秦國的部隊向西進攻我國，勢將不利於我國。”
因此，俱延建議，將乞伏乾歸父子安置在前涼的西部、乙弗部鮮卑人中間，以斷絕他們東歸的道路。可是，禿發利鹿孤沒有接受這個建議。果然，不久後，乞伏乾歸逃往長安，降於後秦，並乘後秦使其鎮守苑川的時機，重新發展自己的勢力。在乞伏乾歸父子勢力重新壯大的同時，後秦卻衰落下去，先後敗於南涼、夏國，國力大減。409年乞伏乾歸重新稱秦王，立其子乞伏熾磐為太子，西秦復國。乞伏鮮卑雖然兩次為來自東方的強敵所滅，但卻能兩次復國，顯示出頑強的生命力，這在十六國時期是不多見的。西秦復國時，其東面的後秦政權趨於衰弱；西邊的南涼與北涼因為連年互相征戰，也都元氣大傷；南邊的吐谷渾樹洛幹還不能對西秦構成實質性的威脅。
乞伏乾歸父子充分利用這一有利時機，積極擴展自己在河西的勢力。經過四年的征戰，西秦不但恢復了原來的疆域，還不斷向四周擴張疆土。其疆域東至平襄（今甘肅通渭縣西南）、略陽（今甘肅秦安縣東南），西至金城（今甘肅蘭州市西），南達層城（今甘肅岷縣西）、赤水（今岷縣東北），北至度堅山（今甘肅靖遠縣西）以北。412年，乞伏乾歸為其兄子乞伏公府刺殺，其子乞伏熾磐即位。乞伏熾答即位後，確立了先削平河隴地區的割據勢力，再東進問鼎中原的軍事戰略。
413年打敗吐谷渾，414年滅了禿發鮮卑建立的南涼，接着又把北涼的勢力逐出湟河流域。西秦開始稱雄河西走廊。此後，乞伏熾磐把注意力轉向東方，趁後秦衰弱時，大破黃石、大羌二戎（今甘肅天水西北），擴展了西秦東邊的疆域。可是好景不長，周邊的形勢又發生了不利於西秦的變化。十六國時期北中國雖然割據政權頻繁更迭，但南方卻一直處於東晉的統治之下，而現在，江南出現了第一次改朝換代，劉裕纂晉建立了宋朝。劉氏的宋以及在其後統治江南的幾個短命的小朝廷:齊、梁、陳，我們統稱為“南朝”。乞伏熾磐非常敏感地注意到了東方政治格局的這一變化，並希望藉助於劉宋的勢力在河西擴張。
乞伏熾磐因此主動向劉宋示好，但並未得到劉裕的積極響應。東方的另一個變化是赫連勃勃夏國的興起。赫連勃勃原本是匈奴人，姓劉，相傳是匈奴單于的後裔。在建立自己的政權以後，他取雲赫與天連的意思，改姓赫連。不知道是不是與鮮卑和匈奴在歷史上的恩怨有關，這個匈奴人的政權從建立伊始就成為乞伏鮮卑的敵人。426年，夏主赫連昌乘西秦與北涼交戰正酣，偷襲西秦都城枹罕，乞伏熾磐被迫遷都定連（今甘肅臨夏市東南）。西秦由盛轉衰。在西秦受到來自東方的打擊之後，西方的局勢也出現了不利於西秦的變化，北涼最終消滅了西涼，勢力大增。吐谷渾的實力也有明顯的增長。西秦再一次處於強鄰環峙之中。
中國北方在經歷數百年的戰亂與分裂之後，再一次出現了統一的趨勢，這次是拓跋鮮卑建立的北魏承擔了這種使命。北魏的國力迅速發展，在其西拓過程中，攻下夏國都城統萬城，夏國主赫連昌倉皇逃到上邽。乞伏熾磐以為這是西秦難得的機遇，想借赫連昌兵敗之際，給予其沉重打擊，以便使自己在東方的這個強勁對手從此一蹶不振，從而解除西秦東面的威脅。因此，乞伏熾磐一面向北魏示好，送人質、稱臣納貢，一面積極準備進攻赫連氏的夏國。但恰恰在此時乞伏熾磐去世了。428年即位的乞伏慕末，一改乞伏熾磐籠絡隴西漢族地主階層的政策，把權力集中到乞伏氏王族子弟手中。第二年的三月，乞伏部貴族與隴西漢族豪門間出現了更大的裂痕。幕末的尚書辛進，曾隨乞伏熾磐遊陵宵觀，在用彈弓打鳥時誤傷了幕末的母親，留下了傷疤。
幕末對此懷恨在心便藉故殺死了辛進及其宗族27人。辛進的家族是隴西豪族，在河西地區影響很大，他的無故被害，使河西豪族對西秦乞伏氏產生了離心傾向。這一年的五月，北涼沮渠蒙遜再次進攻西秦，慕末無力抵禦，只好退到定連，派使者向北魏求援並請降於魏。當慕末率部東撤以便得到北魏的保護時，夏王赫連定在上邽發兵阻擊。慕末只好退往南安（今隴西）。431年，夏主赫連定又派遣其叔叔北平公韋伐率眾一萬向南安進攻，西秦將士紛紛出城投降。慕末及其宗族五百餘人出城投降後被殺，西秦滅亡。西秦自乞伏國仁於385年建國，到431年乞伏幕末被殺，共歷四主四十六年。其間400~409年，西秦曾被後秦擊滅，西秦國王只作為後秦駐守隴右的一州之長而存在，但習慣上在計算西秦政權的存在時間時仍然計入這九年。
西秦滅亡後，乞伏鮮卑人或投北涼或降大夏。在夏國赫連定為吐谷渾所滅後，夏政權控制下的乞伏鮮卑又轉入吐谷渾政權，由於乞伏部與吐谷渾人同是鮮卑人的分支，這部分乞伏部人很快就融入吐谷渾人之中了。在北魏滅北涼之後，不僅統一了河西走廊，也基本統一了中國北方，統一了散佈於中國北方的鮮卑各支系、各部落。北涼控制下的乞伏人以及未融入吐谷渾之中的乞伏人基本都進入到北魏的統治之下，與其他鮮卑人一起構成北魏的統治民族。在北魏時，已很難對乞伏鮮卑和其他鮮卑加以區分，乞伏氏貴族的籍貫大都改成金城或金城榆中、馬邑等，與漢族士大夫、官僚無別。在北魏滅亡以後，乞伏鮮卑與其他鮮卑樣，大多融合於漢族之中。