首先要説，兩所高校都是非常不錯的大學。而且這兩所高校，還有一個顯著的共同點：每年招生人數較少，在目前大學普遍擴招再擴招的大背景下，屬於一股清流，甚至於顯得有些格格不入。
個人是挺煩來説哪個高校更好這樣的話題的，似乎無論你怎麼説，都會有一部分人極其不樂意，屬於典型的吃力不討好。
但至少目前，乃至起碼20年左右，南科大和中國科技大學的差距，還是會非常明顯的。
儘管説南方科技大學是全國最著名的網紅大學，是深圳在中國高等教育改革發展的時代背景下創建的一所高起點、高定位的公辦新型研究型大學。之前老馬曾有文章專門説過，南方科技大學、國科大、中國社科大是我國進步最快的三所大學。
這裏嘗試性地六個方面，來説明中國科技大學和南方科技大學兩所高校之間的差異。
1、從學校知名度和頭銜上來講，中國科技大學是國字頭高校，C9聯盟一員。目前是985、211、雙一流（A類)高校，而南方科技大學，儘管從開設那天起，就定位非常高，但畢竟時日尚短，目前還是一所雙非高校。
2、從學校規模、研究所數量和規格上來講，中國科學技術大學和南方科技大學簡直不是一個數量級別。
中國科學技術大學是中國科學院所屬的一所以前沿科學和高新技術為主、兼有醫學和特色文科的綜合性全國重點大學。學校現有30個學院（學部），含7個科教融合學院；設有蘇州高等研究院、上海研究院、北京研究院、先進技術研究院、國際金融研究院、中國科學院稀土研究院（中科大稀土學院，暫定名，位於江西）、附屬第一醫院（安徽省立醫院）。
而南方科技大學，學校校園佔地面積194.38萬平方米，規劃總建築面積為90多萬平方米；已成立25個院系、中心，開設31個本科，專業，截至目前，南方科技大學已簽約引進教師1108人，包括院士46人、國際會士45人， 教育部特聘專家30人。
3、從兩所高校的歷史底藴上來看，這個不用多説了，簡直是有點欺負南方科技大學了。它是一所年輕的大學，成立也還不滿10年。（但它是最快獲批為博士學位授予單位的高校，僅僅用時6年）
4、從招生方式上，中國科技大學通過高考進行招生，但每年的中科大少年班也佔據了相當的比例；而南方科技大學，因為肩負着為我國高等教育改革發揮先導和示範作用的使命，通過6+3+1的綜合評價模式在全國進行招生。這點上，你很難説孰優孰劣。
5、從師資力量上來講，中國科技大學背靠中國科學院，整體師資強於南方科技大學，但南方科技大學師資100%具有博士學位，90%具有海外工作經驗，也是夠豪橫的。
6、從生均經費、師生比、培養方式方面來看，南方科技大學要優於中國科技大學。（有錢任性就是説的南方科技大學）
總之，目前乃至今後相當長一段時間內，中國科技大學是要強於南方科技大學的。
但兩所高校實際上都是非常牛的高校，對於高三的考生而言，想要考上都非常的不容易，而一旦能夠考上，只要自己別瞎浪，能夠順利畢業，都會有一個非常不錯的前途。