熊廷弼是在薩爾滸之戰明軍慘敗後接任遼東經略的，可謂受命於危難之際。他尚未出京，遼東重鎮開原就被女真攻陷；才出關，鐵嶺已失守。明朝僅存的瀋陽、遼陽“軍民一時盡竄”，幾為空城，“廷臣鹹謂遼必亡”。
正是這個文人出身的熊廷弼整士卒、斬逃將、安百姓，還乘雪夜親臨已落入敵手的撫順觀察敵情，以超人的智勇穩定住了局勢。他根據形勢擬定“堅守漸逼”之策，並挑選精鋭組成游擊隊伍，對敵方進行騷擾，使女真軍疲於奔命，逐漸收復了許多失地，保全了遼東。努爾哈赤對這個“熊蠻子”既怒且懼，只好暫停進攻。
熊廷弼的缺點是秉性過於剛直，不徇私情。他因此得罪了不少廷臣。御史馮三元、張修德等接連彈劾，説他“無謀者八、欺君者三”，甚至説不罷掉熊，“遼必不保”。激憤的熊廷弼於是上疏求勘。朝廷派兵部朱事蒙前往遼東勘查時，“士民垂泣而道，謂數十萬生靈皆廷弼一人所留”。 朱事蒙深受震動，向朝廷力陳熊廷弼功績。但朝廷最後還是罷免了熊廷弼。
繼任的袁應泰大改熊廷弼的軍事措施。結果不久瀋陽、遼陽就被努爾哈赤攻陷，袁應泰自殺。女真軍乘勝佔領了三河、靜遠、海州等七十餘城。朝廷才再次起用熊廷弼，同時擢升王化貞為巡撫。
面對敵強我弱的形勢，熊廷弼仍舊選擇了積極防禦之策，主張嚴防死守、消耗敵軍，再伺機恢復。然而深恐熊奪己兵權的王化貞卻一切反其道而行之，一味主張發兵進攻女真，收復遼瀋。
兩人產生了矛盾。因為受到兵部尚書張鶴鳴等當權者的支持，王化貞擁兵十三萬，氣焰囂張，一意孤行。
熊廷弼雖然名為經略，實際卻只有五千士兵。他向朝廷報告各種作戰方案，或被擱置，或被否定。他勸告王化貞説，期望李永芳作內應“必不足信”、蒙古發援兵“必不足仗”，並強調“玩師必敗，奸細當防”。
王化貞一概置之不理（事實恰恰全部印證了熊的預測）。在得到朝廷“便宜行事”的授權後，王化貞不顧熊的勸阻，於天啓二年正月貿然興兵，終致大敗，廣寧陷落。
駐守右屯的熊廷弼聽到兵敗的消息，沒有采納守寧遠之議，而是將自己的五千軍交給逃歸的王化貞殿後，親自保護潰退的百姓入關。
熊廷弼此舉非貪生畏敵，從解救蒼生的角度來審視，熊廷弼此乃明智之舉。
王化貞十三萬兵馬、三四百萬遼民一時盡潰，僅剩下熊廷弼五千孤軍，在局勢徹底崩潰的情況下，熊廷弼能令五千孤軍不一同潰散已屬難得，古之良將亦不過如此。
從他多次親臨敵陣可以看出“熊蠻子”決不怕死，實是忠勇果決之士。但他所駐的右屯距離失陷的廣寧僅四十里，也無險可守，如果死守右屯據點，必然因寡不敵眾而被女真軍消滅；而退守寧遠，敗亡的概率也是極大——與四年後袁崇煥的情形不同，當時寧遠城池都未築好，也沒有西洋大炮為恃。
比較而言，保護百姓撤退，只留一片沒有任何糧草物資的土地給敵人，實在是相對明智的決定。
戰敗的熊廷弼與王化貞領着殘餘的軍隊和遼東地區的幾十萬百姓撤回了關內。不過，二人剛剛進關便被拿下。
客觀的説，女真軍的戰鬥力比明軍要高出整整一個檔次，努爾哈赤更是天才軍事家。以往明軍與女真的大戰，幾乎全是敗績，數次全軍覆沒。
熊廷弼不敢“復蹈前軌”，在軍事上十分謹慎，從不打無把握之仗。面對這樣乘勝而來的兇強之敵，熊採取“堅壁清野，避敵鋒鋭，待敵糧盡撤退再圖恢復”的策略，符合其一貫行事風格，從軍事角度而言無疑也是正確的（“主守後戰”也是後來孫承宗、袁崇煥的共同選擇）。以熊廷弼首任經略時“堅守漸逼”收復失地的經驗來看，也是很“靠譜”的。後來的事實也證明，熊廷弼堅壁清野後，努爾哈赤只得率軍撤退了。
王化貞逞一時之勇，賭國家之命運，最後戰敗的責任卻盡由熊廷弼一人承擔！只是因為王化貞是東林黨人葉向高（當時首輔）的弟子，所以熊廷弼被東林黨人背黑鍋。
被關進大牢的熊廷弼更加不幸，當時大太監魏忠賢已經掌握了權柄，他向熊廷弼大開獅子口，但熊廷弼如何能拿出4萬兩銀子。
惱羞成怒的魏忠賢將熊廷弼斬殺於北京街頭，並將他的首級傳視九邊重鎮。
他的死訊傳到關外，堅守寧遠的袁崇煥痛哭流涕，而此時的努爾哈赤卻異常興奮。他明白如果是熊廷弼鎮守遼東，他很難進入遼陽、瀋陽，但是他被自己人殺了。
熊廷弼的死，可以説是明朝推倒了自己方面的一根擎天之柱。
雖説熊廷弼提弱旅、復遼東，後又親護百姓免遭屠戮，有大功於大明最後卻落得被下獄的下場，凡此種種，與他所處的時代及周圍各色人等是密不可分的！與他不熟諳官場規則也有極大關係！
下獄後，又遭魏忠賢誣陷其行賄楊漣，受棄市之刑，及至後來頭顱竟被傳首九邊，示眾三年不得歸葬，死後還被誣告貪污軍餉，長子被“追贓”所迫自殺，禍及親戚等等，明眼人一看就存在冤情，但正義似乎對熊廷弼自己及家人無能無力，對於熊氏家族來説，發生的一切似乎是熊家人的宿命！
縱觀熊廷弼的一生，與類似冤情的岳飛、袁崇煥相比，熊廷弼更冤。因為嶽、袁之冤，世人皆知，謂之民族英雄；而熊廷弼死後，卻還揹負着罵名——歷史的無情實在讓人扼腕嘆息。
熊廷弼的故事，可歌可泣。他屈辱的冤死，絕不僅是明朝的悲劇，更是一個民族的悲劇！