在推出科創50指數的同時，上證綜合指數也要變了。
6月19日，上交所宣佈，與中證指數有限公司決定自2020年7月22日起修訂上證綜合指數的編制方案，剔除風險警示股票、延長新股計入指數時間，並納入科創板上市證券，有利於上證綜合指數更加客觀真實地反映滬市上市公司的整體表現。
此次修訂內容如下：
一、指數樣本被實施風險警示的，從被實施風險警示措施次月的第二個星期五的下一交易日起將其從指數樣本中剔除。被撤銷風險警示措施的證券，從被撤銷風險警示措施次月的第二個星期五的下一交易日起將其計入指數。
二、日均總市值排名在滬市前10位的新上市證券，上市滿三個月後計入指數，其他新上市證券於上市滿一年後計入指數。
三、上海證券交易所上市的紅籌企業發行的存託憑證、科創板上市證券將依據修訂後的編制方案計入上證綜合指數。
被實施風險警示的股票風險較高。截至5月底，上證綜合指數樣本中包含85只風險警示股票，合計權重0.6%。上交所表示，剔除該類股票對指數本身影響較小，但有利於發揮資本市場優勝劣汰作用。
當前新股上市第11個交易日計入指數，A股市場新股上市初期存在“連續漲停”及高波動，不利於上證綜指的表徵準確性與穩定性。
據上交所統計，2014年至2019年滬市共上市新股563只，上市後平均連續漲停天數為9天，217只新股連續漲停天數超過10天，新股以漲停價計入不利於上證綜合指數客觀反映市場真實表現。2010年至2019年，滬市新股1年內平均收益波動率約為同期上證綜合指數的2.9倍，計入高波動新股不利於上證綜合指數的穩定。
“延遲新股計入時間，在新股上市滿1年後計入指數，有利於增強上證綜指的穩定性，引導長期理性投資。考慮到大市值新股上市後價格穩定所需時間總體短於小市值新股，設置大市值新股快速計入機制，上市以來日均總市值排名在滬市前10位的股票上市滿3個月後計入，以保證上證綜指的代表性。”上交所稱。
市場人士認為，目前滬市市值前十名新股難撼動，除非有巨無霸新股加入，才能滿足三個月後納入指數。
此外，隨着科創板市場平穩發展，科技創新型上市公司數量和規模持續增長，科創板上市證券按修訂後規則納入，有助於進一步提升上證綜合指數代表性。
上交所介紹，自2019年7月22日首批科創板證券上市至今，上交所已持續跟蹤評估近一年時間，科創板整體運行平穩。截至5月底，科創板上市公司達到105家，總市值1.6萬億元，已成為滬市的重要組成部分，科創板證券計入上證綜合指數的必要性日益凸顯。科創板上市公司涵蓋諸多科技創新型企業，科創板證券的計入不僅可提高上證綜合指數的市場代表性，也將進一步提升上證綜合指數中科創型新興產業上市公司的佔比，使上證綜合指數更好反映滬市結構變化。
上證綜指編制方法是，以上交所全部上市股票（包括A股和B股），以樣本股的發行股本數為權數加權計算。
上交所表示，本次上證綜合指數編制修訂的實施，借鑑國際代表性指數編制調整的做法，擬採用無縫銜接的方式進行，即指數編制方案變更生效日點位與前一交易日點位無縫銜接，生效日實時點位基於前一交易日收盤點位及樣本股當日漲跌幅計算。因此，上證綜合指數編制修訂的實施不會影響上證綜合指數的連續性，不影響投資者觀測市場行情。
也就是説，7月23日起的上證綜指是以22日規則變後的樣本股收盤價為基礎的指數進行漲跌幅計算，而不是以老綜指相比，投資者可能“無感”。
截至6月19日收盤，上證科創板50指數成分股總市值為10407.6億元，和目前滬市第三大權重股農行10694.9億元差不多，佔比3%。“上證指數是總市值加權，偏週期的石油石化銀行權重太大，修改編制方法方向是對的，但正式實施第一天指數不會有缺口。”分析人士認為，以科創股代替ST股納入後，投資者對上證綜指期望值不能太高。