1645年三月，久居滿清做人質的昭顯世子返回漢城，隨行清使勒令朝鮮仁祖李傢出城迎接“天使”到來。忠於明朝的朝鮮兩班朝臣士大夫對此心生忌恨。五月二十一日，昭顯世子雖被宮人在餌餅中下毒，暴斃於昌德宮中。李傢心知肚明，但是諱言此事，怕多爾袞深究，向清朝上報“世子病亡”。六月初七，被多爾袞釋放的風林大君回到漢城。昭顯世子在清廷為質近十年，歷盡艱險，親眼目睹了明亡清興這段波瀾壯闊的歷史，積累了處理朝清關係的豐富經驗。多爾袞對其去世“深為驚悼”，並對其暴斃頗感可疑，但是在朝鮮使臣眾口一詞的“確係病殪”的説辭下，也不得不信，1645年十一月十四日，清朝冊封李湨為朝鮮世子。
送還質子，減少歲貢，本是清朝為緩和兩國關係而為，但是經過1627年和1636年的兩次戰爭，朝鮮對清朝產生了很深的民族仇恨。在朝鮮一方，明朝滅亡本是調整對清朝外交政策的良機，但是，反清分子利用朝鮮民族對滿族的仇恨心理，推行名分主義的外交，延緩了兩國關係的改善。
由於朝鮮財政困難，軍備薄弱，北伐大計難以實施。而且由於新興的清朝連續有順治、康熙兩位勵精圖治的皇帝，不僅鞏固了全國的統一，而且為中國社會經濟文化的全面繁榮奠定了基礎。朝鮮反清派期望的漢民族武裝反抗、清朝統治土崩瓦解局面一直沒有實現。1683年，清朝統一台灣，南明殘存勢力滅亡，影響中、朝、日關係的不確定因素消失，作為實際行動綱領的朝鮮北伐計劃壽終正寢。朝鮮沒有介入中國內戰，也沒有鋌而走險聯合日本跨過鴨綠江入侵遼瀋，冒犯正處於全面上升和旺盛時期的新興滿洲軍事強權。這是朝鮮的大幸，否則後果將不堪設想。
北伐雖沒有成為事實，但是加重了朝鮮的財政負擔，延緩了中朝關係改善的步伐。朝鮮的北伐論者不想肯定中國在清朝統治下的文化和經濟先進性，以後還幾乎全面封鎖了對中國文化的引進。
明朝滅亡後，李朝王室一直進行各種追思活動，仁祖不忘宮中焚香望闕之禮。1704年甲申，明朝滅亡60週年，李朝肅宗自宜春門詣禁苑壇，以太牢祭祀崇禎皇帝。又命漢城府在後苑春塘台設“大報壇”，祭祀神宗皇帝。“大報”出於《禮記》郊特牲，是郊天之義，且兼有報德之意。1749年(乾隆十四年)又以明朝太祖、神宗、毅宗並享大報壇，並於三帝即位、忌辰日行望拜禮。這種祭祀活動每年進行，直到李朝末年。
朝鮮對清朝的鄙視仇恨和恪守藩屬朝貢制度同時並存，且反清復明計劃和北伐準備是在隱蔽狀態下進行的，清朝政府知之甚少。由於以追求實利為標準的外交傳統始終在朝鮮起作用，清政府又主動採取種種善意舉措，1683年清朝統一台灣後，中朝關係終於進入了穩定發展的時期。