在從西漢開始的歷代王朝中，通常情況下只有開國皇帝和先祖的廟號可以稱“祖”，其他皇帝的廟號都叫“宗”，大多數情況開國皇帝叫“太祖”或“高祖”，例如漢太祖劉邦（劉邦的廟號是太祖，高祖是誤稱，因為劉邦的諡號是高皇帝，在《史記》中司馬遷稱劉邦為“高祖”）、隋高祖楊堅、唐高祖李淵、宋太祖趙匡胤。
而在這些開國皇帝之後的皇帝，廟號基本上都是叫“宗”，但是也有例外，例如： 漢朝有兩個祖，漢太祖劉邦與漢世祖劉秀。隋朝有兩個祖，隋高祖楊堅與隋世祖楊廣。元朝有兩個祖，元太祖鐵木真與元世祖忽必烈。明朝有兩個祖，明太祖朱元璋和明成祖朱棣。 清朝更是出現了三個祖，清太祖努爾哈赤、清世祖福臨（順治）、清聖祖玄燁（康熙）。 清朝的三祖並立確實是十分罕見的，其中廟號為清太宗的皇太極夾在努爾哈赤、福臨、玄燁這三人中間確實有些尷尬與寒酸。
先列一下清朝前四個皇帝的廟號：
努爾哈赤-清太祖
皇太極-清太宗
福臨（順治帝）-清世祖
玄燁（康熙帝）-清聖祖
説實話，前三個皇帝的廟號都是符合規矩。努爾哈赤作為清朝的開國皇帝，叫太祖是理所應當的。按照規矩，開國皇帝的廟號一般都叫“太祖”和“高祖”。
其中全靠自己白手起家去打天下的開國皇帝叫太祖，例如漢太祖劉邦，梁太祖朱温，遼太祖耶律阿保機，金太祖完顏阿骨打，宋太祖趙匡胤，元太祖鐵木真，明太祖朱元璋。
而受祖上蔭庇，繼承父輩基業而打天下的叫高祖，例如隋高祖楊堅，唐高祖李淵。
楊堅之所以能夠建立隋朝，離不開父親楊忠留下的家族勢力。隋太祖楊忠是弘農華陰（今陝西華陰）人 ，東漢太尉楊震的十三世孫，南北朝時期西魏、北周將領，西魏十二府兵大將軍之一。楊堅是在繼承父親的基礎上打下天下的，因此叫高祖。
但因為隋朝只存在38年，後世往往不稱楊堅的廟號為隋高祖而習慣稱諡號為隋文帝，對隋朝的正統性進行了貶低。而隋世祖楊廣是廟號是洛陽的隋朝皇泰帝楊侗尊的，但後世往往用李淵給諡號隋煬帝來稱楊廣。
而李淵的祖父李虎是西魏八柱國之一，官至太尉，北周時追封唐國公。李淵的父親李昞，官至北周安州總管、柱國大將軍，襲封唐國公。李淵是在繼承祖父輩的基礎上才打下天下的，所以叫高祖。
三國時代，魏國的六位皇帝，就有三位廟號全部用“祖”，即太祖曹操、高祖曹丕、烈祖曹叡，如此一個不是大一統王朝的曹魏政權就出現三位擁有“祖”的皇帝，“祖”焉能不氾濫。
蜀漢開國皇帝劉備的廟號是漢烈祖，諡號昭烈皇帝，可惜劉備沒有像劉邦、劉秀那樣一統天下，沒有被承認為漢朝的皇帝。
三國時代吳國的開國皇帝孫權的廟號是吳太祖，諡號是大皇帝。
到了五胡十六國時期，連後趙、前燕、後秦這等小得不能再小的割據政權的開國皇帝都能用上“祖”的廟號，漢國開國君主劉淵廟號高祖，後趙開國君主石勒廟號高祖、前燕開國君主慕容皝廟號太祖、後秦開國君主姚萇廟號太祖等。
因此清太祖努爾哈赤建立了後金政權，雖然他的國號不叫大清，但清朝事實上就是在後金政權的基礎上建立的，努爾哈赤是是清朝實際上的創始人，廟號清太祖實至名歸。
至於皇太極有開國之功但廟號只是“宗”的問題。太宗的廟號已經非常高了，歷朝歷代的第二位皇帝大多數都是太宗，例如唐太宗、遼太宗、宋太宗、金太宗、明太宗（朱棣原本的廟號也是太宗，後來被嘉靖皇帝升為成祖），清太宗的廟號絲毫沒有貶低皇太極的意思。
皇太極雖有開清朝之功，但也是建立在了父輩努爾哈赤的後金政權基礎之上，實質上不是最早的一批打江山的創業者，乃是錦上添花的繼承者，若論威望和能力皇太極在兄弟之中也算不上出眾，只是名義上是清朝的締造者，再加上當時清朝尚未入關，中央政權是崇禎帝的明朝，皇太極的清朝只是地方割據政權，所以皇太極並沒有十分卓越的文治武功。
加上皇太極死後，掌握最高權力的是他的弟弟多爾袞，多爾袞的母親阿巴亥是被皇太極逼迫殉葬的，當然不可能給皇太極太高的評價，只能按正常標準評為太宗皇帝。
而清朝的第三位皇帝順治帝福臨，按理説他的廟號也應該是“某宗”，但是由於福臨繼位後吳三桂勾引清軍入關，使清朝定都北京，從一個地方割據政權轉變為全國性政權，相當於開創了一個大一統王朝，因此順治被兒子康熙尊為“世祖”。
這種例子在歷史上也有很多，除了福臨以外，中國歷史上還有三個非常有名的世祖：漢世祖劉秀、隋世祖楊廣、元世祖忽必烈。這三位雖然都不是開國皇帝，但劉秀建立了東漢王朝，楊廣有開大運河開創科舉制度開疆拓土五千多里等豐功偉績，忽必烈則是滅亡南宋一統天下，建立了元朝，所以他們的廟號都是世祖。
但是康熙帝玄燁的廟號絕對是超規格了，按理説康熙作為清朝入關後的第二位皇帝，雖然他功勞甚大，但無論如何也是沒有資格叫“祖”的，更何況是“聖祖”。
“聖祖”這個廟號始創於唐朝，是唐玄宗李隆基追尊老子李耳的尊號，此後“聖祖”一直是給開國皇帝的老祖宗的。比如五代十國中的前蜀皇帝王衍追封祖先王子晉為前蜀聖祖，宋真宗追封祖先趙玄朗為北宋聖祖。
不過，等到聖祖這個廟號傳到周邊的一些小國家，就將其改成皇帝的廟號，意思是比開國皇帝還偉大的皇帝。比如新羅國第27位君主金德曼，大長和國皇帝鄭買嗣，越南鄭朝的第十代君王鄭森、越南阮朝第二代君主阮福晈等的廟號都是聖祖。
在康熙之前，只有遼朝皇帝耶律隆緒的廟號中使用過“聖”這個字，但耶律隆緒的廟號也不過是“聖宗”而已。
當然“清聖祖”這個廟號也不是康熙自稱，“清聖祖”是雍正加到他老爸康熙頭上的。
康熙死後，雍正為表示對他的推崇，就特意下詔説：“我皇考大行皇帝纘繼大統，舊典本應稱宗，但經雲：祖有功而宗有德。我皇考鴻猷駿烈，冠古轢今，拓宇開疆，極於無外，且六十餘年手定太平，德洋恩溥，萬國來王，論繼統則為守成，論勳業實為開創。朕意宜崇祖號，方符豐功。”
意思就是説，我父親康熙皇帝，雖然按照傳承應該稱宗，但實際上卻是開創之君應該稱祖，因為他不僅開疆拓土無人可比，而且讓四方諸國都來朝拜，總而言之，他的文治武功堪稱大清朝最強，所以我要尊崇他為“祖”，這樣才能彰顯他的功績。於是，雍正決定借鑑周邊國家的傳統，將這個“聖祖”的廟號，送給了康熙。
雍正給康熙加了一個至高無上的廟號，看似對自己父親感情至深，實際上也許是欲蓋彌彰，因為雍正繼位的時候，有關康熙是被雍正毒死篡位的傳言就眾説紛紜，雍正還寫了此地無銀三百兩的《大義覺迷錄》為自己“謀父逼母”辯護。
雍正決定自己死後也不跟父親康熙埋在一起，而是又單獨起了個墳，也就是清西陵。 清東陵和清西陵可一點都不挨着，其中清東陵在唐山遵化，清西陵在保定易縣，兩地直線距離為210公里！
也有説法是雍正埋在西陵是他的兒子乾隆決定的，因為傳説雍正被人砍去腦袋而死，乾隆覺得無顏讓他與康熙埋在一起。
客觀而論，皇太極對清朝的功績絕對不亞於努爾哈赤、順治、康熙，畢竟沒有皇太極，也許就沒有清朝這個國號，而且清朝在皇太極時期已經打垮明朝軍隊主力，取代明朝入主中原已經是大勢所趨，但皇太極運氣不太好，清朝入關定都北京的時候，皇太極已經死了。其實皇太極叫清高祖更加合適，因此清朝的所謂三祖一宗，其實應該是四祖。