上任剛滿一個月的菅義偉，終於迎來了他執政以來的第一個重大難題，14萬人竟署名要求他撤回決定，若不撤回或將導致他下台。據海外網報道稱，近日“菅義偉下台”竟登上了日本的熱搜。起因是日本學術會議按照往年的慣例，每三年會改選半數會員，會涉及到105位新會員，但還需要經由首相批准這道“手續”才能正式生效。但令人沒想到的是，菅義偉竟然只批准了99人，名單中剩下的留人卻未被賦予資格。這在日本歷史上從未有過，而對於日本學術會議而言，首相根本無權阻止，他只是最後賦予這份名單合法性而已。
日本學術會議在日本的影響範圍極大，它是由活躍在30多個科學領域的210位頂尖學者和科學家組成，任期為6年，但會在每三年換掉一半的會員。日本學術會議主要職責相當於日本政府的智囊，為政府決策提供寶貴的建議，同時也承接日本學者與世界學者的聯繫，其影響力深入內閣。而這一次未獲得批准的6名學者，研究的領域涉及政治學研究、基督教研究、行政法研究、憲法和刑罰的研究，以及日本的近代史研究。只是沒有想到的是，他們六位學者卻被菅義偉“拒之門外”。
菅義偉這個舉動被學術會議認為是干預學術自由的行為，而菅義偉本人對此給予的解釋也有些缺乏説服力。他表示自己並沒有看過這份名單，而拒絕這六個人也與學術自由毫無關係。他之所以拒絕這6人，是因為日本政府每年會給學術會議撥款10億日元，相當於6400萬人民幣左右，他希望能更善加運用這筆錢。不過有日本網友一針見血的點名，99位學者都通過了，難道就差這6人就能為日本省去10億日元嗎？這種説法顯然缺少説服力。
此事一經在日本發酵，日本學術界紛紛統一戰線支持日本學術會議，要求菅義偉撤回決定、糾正錯誤。隨即日本東京大學等多所高校聯合出面，向政府討一個合理説法，想知道菅義偉到底為何拒絕6名學者的任命。更為尷尬的是，就連菅義偉的母校政法大學也積極參與到了這次對菅義偉的“聲討”中。
不只是學術界在這起事件中“統一戰線”，就連日本不少媒體也選擇站在了學術界這一邊。指責菅義偉以“省錢名義”拒絕對6名學者進入學會會議，可為何菅義偉在上台後直接允許日本軍費預算從往年的3萬億日元以內直接突破到5.4萬億日元，相當於直接翻了一倍。而且還從美國大量採購價格昂貴的F-35C戰機，而整個日本學會會議經費本就不如一架飛機貴，難道還有節省的餘地嗎？預期想要從日本學會會議這裏“開源節流”，不如稍稍縮減下軍費，效果更是立竿見影。
面對學術界、媒體以及日本網民的一致聲討，菅義偉也只能低頭道歉。不過有分析人士認為，如果菅義偉接下來在經濟上毫無建樹，根據菅義偉此次替代安倍就職首相期限到期後很可能無緣繼續執掌首相權柄。這就意味着到了明年9月，菅義偉的任期將結束。屆時新的首相選舉，菅義偉很可能會第一時間被“刷下來”，無法成為下一屆日本首相。而一些人士給予菅義偉的建議是，當下日本最需要改變的不是什麼人口，更不是與日本學術議會糾纏，而是改善日本經濟。只有經濟振興起來，才能贏得更多日本民眾的支持，確保菅義偉能繼續連任下一屆日本首相。