從公元1618年，葉爾羌汗國第五代汗阿黑麻被殺開始，汗國陷入到持久的混亂中，教派勢力與割據勢力坐大，最終在1638年，汗國旁支王室，吐魯番的阿不都拉哈打敗了葉爾羌的大汗，重新統一了葉爾羌汗國。
關於葉爾羌汗國中後期的內亂，請移步往期文章：葉爾羌汗國後期：汗位繼承混亂與汗權衰落
葉爾羌汗國在阿不都拉哈的統治下，有過短暫的中興，但隨後又陷入萬劫不復的深淵中，於1680年亡於準噶爾。本文的內容，即是葉爾羌汗國末期猶如迴光返照般的中興，以及中興之後的迅速崩潰。
葉爾羌汗國疆域
一、阿不都拉哈重振汗國
阿不都拉哈的父親阿都剌因，是拉失德汗的第十二子。葉爾羌第四代汗馬黑麻於1595年把他調到吐魯番任總督，意在把他排除出中央，不會威脅馬黑麻汗子孫的汗位。阿都剌因心有怨恨，自此與中央時常發生武裝衝突。
馬黑麻汗死後，阿都剌因集中力量不斷向西擴張領地，而對周邊的明朝、瓦剌、哈薩克等都友好相處，鮮有生事。1634年，阿都剌因以七十七歲高齡逝世，給兒子阿不都拉哈留下了足以對抗中央的龐大領地。
葉爾羌汗國世系
公元1635年，阿不都拉哈汗西征。由於葉爾羌阿黑麻汗與宗教領袖，黑山派和卓沙迪不和，故而阿不都拉哈藉助黑山派的支持，於1638年攻佔葉爾羌，阿黑麻汗出逃，投奔布哈拉汗國賈尼王朝，不久後死於戰爭。
阿不都拉哈由於是憑武力進佔葉爾羌，故而不似此前君主那般需要對異密忌憚三分。他兼用從吐魯番帶來的舊臣與阿黑麻汗手下的降臣，派遣自己的兄弟到各重要城市任總督。從此，葉爾羌汗國的統治者從馬黑麻汗一系轉移到阿都剌因的子孫，猶如春秋時的曲沃代晉一般。
通過放逐和處決桀驁不馴者，阿不都拉哈汗迅速重振了汗權。他對宗教勢力也進行了整頓，加強了與之關係密切的和卓沙迪的獨尊地位。
葉爾羌汗國王陵大門
重振汗權後，阿不都拉哈汗積極備戰，應對來犯之敵。入主葉爾羌當年，1638年，瓦剌趁汗國內亂大舉入侵，兵鋒深入至和田地界，被打退。次年瓦剌再次進攻，阿不都拉哈率軍討伐，大獲全勝。
之後，阿不都拉哈汗積極擴張，於1640年征伐巴達克山，關於此戰史料不多，或許並未得勝。不久，阿不都拉哈西征費爾幹，被吉利吉思人尾隨偷襲，死傷慘重。隨後吉利吉思來犯，被打退。1641年，阿不都拉哈再徵吉利吉思，大勝而歸。兩年後，阿不都拉哈舉全國之力再徵費爾幹，無功而返。
重整河山再擴張，本是正常之舉，但阿不都拉哈征伐過度，窮兵黷武，使統治階級的矛盾暴露出來。阿不都拉哈和之前的馬黑麻汗一樣，希望傳位於子，而不是按照傳統傳位於長，故而造成了與兄弟的矛盾。
葉爾羌汗國的政治傳統源於蒙古帝國時期
然而，葉爾羌汗國舊有的異密大臣，由於此前曠日持久的內亂權勢大增，也不值得信任。宗室與大臣都不可信，阿不都拉哈只能不斷提拔新貴，通過不斷給領導班子換血，達到掌握汗權，傳位兒子的目的。
約在1650年，阿不都拉哈汗去麥加朝覲，留在葉爾羌的異密們早已對阿不都拉哈不滿，遂擁立大汗的長子尤勒巴爾斯。由於阿不都拉哈得到百姓支持，故而他一回來，叛亂勢力自行瓦解，阿不都拉哈放逐了一批異密，進一步削弱了蒙古傳統部族勢力，異密左右朝政的時代已過去，險些爆發的內亂被平息。
二、白山派的傳入與汗位之爭
17世紀30年代，瓦剌勢力不斷擴展，對葉爾羌汗國的威脅與日俱增。準噶爾部的巴圖爾琿台吉被瓦剌各部推為盟主，自此，瓦剌各部組建成了準噶爾汗國。
1655年，瓦剌軍再次入侵，攻至今于田縣境內。瓦剌人居於天山以北，兵鋒卻能到達塔里木盆地南緣，葉爾羌全境都在瓦剌強大軍隊的威脅之下。此後，瓦剌不時來犯，並逐步干涉汗國內政。
明末清初局勢
由於在阻擊瓦剌時屢立戰功，阿不都拉哈的長子尤勒巴爾斯羽翼漸豐滿，開始干預葉爾羌的朝政。此時，黑山派的對手白山派也進入了汗國，並且迅速插手了汗國末期的權位爭奪。
黑山派與白山派都源於中亞的納克什班底教派，伊斯哈克和卓與兒子和卓沙迪建立的宗派，史稱黑山派。伊斯哈克和卓長兄瑪木特額敏及其後代所在教派，稱為白山派。
黑山派於16世紀後期進入汗國，在馬黑麻汗的扶持下壯大，其領袖和卓沙迪掌握汗國朝政數十年，阿不都拉哈重新統一汗國後，和卓沙迪繼續享有在宗教界的權威地位，直到1643年去世，兒子瑪木特•阿布都拉繼承其地位。
葉爾羌王國皇家陵墓阿勒屯麻扎
和卓帕的沙顯然並沒有乃父的本事，難以應對越發險惡的環境。白山派與尤勒巴爾斯結成聯盟後，實力很快得到加強，發展速度猶如當年傳入時的黑山派。
白山派和卓玉素甫曾在黑山派和卓沙迪死時趁機圖謀奪取宗教領導權，被黑山派趕出葉爾羌，玉素甫也被黑山派投毒暗害。阿帕克和卓接任白山派領袖後，更加積極地投入政治鬥爭，扶持尤勒巴爾斯，顛覆黑山派與阿不都拉哈。
尤勒巴爾斯與阿帕克和卓聯合，步步進逼阿不都拉哈。黑山派已處於明顯的劣勢，和卓帕的沙避難至阿克蘇，阿不都拉哈也被迫賜領地給尤勒巴爾斯和他的兒子烏拜達拉赫速檀。父子間的鬥爭異常激烈，尤勒巴爾斯暗中聯絡葉爾羌城中的異密和大臣，阿不都拉哈於1666年處死了他的親孫子孫女，烏拜達拉赫速檀和他的一個姐妹。
葉爾羌汗國王陵
隨後，阿不都拉哈與阿克蘇總督努爾•丁汗、黑山派和卓帕的沙對反叛者進行征討，一路攻到尤勒巴爾斷的大本營喀什葛爾，在那裏對白山派信徒大開殺戒。阿不都拉哈等人的過激行為，引起了當地人的公憤，激化教派間的矛盾，為尤勒巴爾斯的反撲埋下隱患。
1667年，聽聞尤勒巴爾斯奪回喀什葛爾，此時又傳來臣下對他不利的言行，生性多疑的阿不都拉哈只剩兩千軍隊可以信任。於是，阿不都拉哈使了“金蟬脱殼”之計，派這兩千精兵迎擊尤勒巴爾斯，自己率領親信逃亡國外，再次去麥加朝聖去了。
尤勒巴爾斯與白山派朝葉爾羌進軍，黑山派和卓帕的沙與一些異密避到阿克蘇，決定扶持伊思瑪業勒。尤勒巴爾斯與伊思瑪業勒的軍隊在葉爾羌城外相遇，最終尤勒巴爾斯進佔葉爾羌，伊思瑪業勒返回阿克蘇。自此，汗國被兩大教派徹底撕裂。
三、汗國分裂與外敵來犯
公元1667年，尤勒巴爾斯汗在白山派和卓阿帕克的支持下稱汗，隨後迫害殘存的黑山派勢力，將和卓帕的沙與追隨他去阿克蘇的異密們留在葉爾羌的家屬全部處死，隨後派兵討伐阿克蘇。
現代復原的葉爾羌王宮
黑山派羣情激憤，故而在伊思瑪業勒的指揮下重創了尤勒巴爾斯的軍隊。尤勒巴爾斯喪失信心，打算效仿其父故事逃到國外，但準噶爾汗國首領僧格立即出兵支援尤勒巴爾斯，僧格在國內的政敵厄勒丹台什也出兵支援伊斯瑪業勒。準噶爾的派系鬥爭，由此延伸而成為葉爾羌汗國的分裂。
尤勒巴爾斯放棄了出逃計劃後，僧格派厄爾喀伯克帶一千瓦剌兵鎮守葉爾羌。不過，僧格此次所託非人，厄爾喀伯克雖然長期在準噶爾軍中供職，並在僧格帳下屢立戰功，但他信奉黑山派，教友的慘象使他憐憫。
於是，厄爾喀伯克聯合阿里•沙伯克，率一千瓦剌兵衝入宮門，殺死尤勒巴爾斯汗，扶立他的兒子阿不都拉提夫，黑山派奪回了葉爾羌城。
葉爾羌王宮大門
阿里•沙伯克得勢後，耽於享樂，疏於防範，被尤勒巴爾斯汗的遺孀比吉木騙進宮中殺死。白山派勢力反撲，厄爾喀伯克逃到喀什葛爾，並派人去阿克蘇請伊思瑪業勒出兵。
伊思瑪業勒與和卓帕的沙決定趁機攻取葉爾羌。來自阿克蘇的軍隊如鐵桶般包圍了葉爾羌城，厄爾喀伯克也率瓦剌兵來助戰。但葉爾羌城堅，久攻不下，厄爾喀伯克遂建議先攻打附近的哈爾哈里克，不久城中水源斷絕而降，葉爾羌成為孤城。
葉爾羌的居民聞訊，自發打開城門，阿不都拉提夫與親屬等人在阿帕克和卓保護下逃到喀什葛爾，汗國迎來了最後一段統一的時光。伊思瑪業勒汗派人追殺，在喀什葛爾對白山派進行血腥鎮壓，只有阿帕克和卓逃出生天，潛入克什米爾。
喀什艾提尕爾清真寺
但是，葉爾羌汗國早已不復當年的強盛，長期戰亂使得經濟凋敝，民不聊生，愈演愈烈的教派矛盾如撲不盡的火，時刻威脅着汗國的穩定。阿帕克和卓逃至克什米爾後，又四處輾轉，後來在佛教徒的幫助下聯繫上達賴喇嘛，在後者的介紹下投靠了準噶爾汗國的噶爾丹。
此時的汗國實力弱小，難以控制東部疆域。阿不都拉哈封二弟阿布倫•穆罕默德為察力失與吐魯番總督，五弟巴拜汗為哈密總督。1653年，阿布倫•穆罕默德去世，東部被巴拜汗統一，1678年，巴拜汗去世，次年噶爾丹出兵征服汗國東部地區，巴拜汗的兒子成為他的附庸。
公元1680年，噶爾丹聯合阿帕克和卓，派出十二萬騎兵滅亡葉爾羌汗國，伊思瑪業勒汗被俘。此後，汗國東部陸續由巴拜汗諸子統治，西部由白山派的阿帕克和卓建立政教合一的政權，東西部分治，都成為準噶爾汗國的附庸。為穩固統治，準噶爾汗國又先後扶立汗國後裔為葉爾羌汗，充當傀儡，直到17世紀末。
阿帕克和卓麻札
結語
1680年，葉爾羌伊斯瑪業勒汗被準噶爾部俘虜，儘管此後白山派與準噶爾部又扶立了幾代傀儡，但一般認為葉爾羌汗國已不復存在。
葉爾羌汗國後期，異密爭權，教派干政，阿不都拉哈作為外藩，以武力取代大宗，曾給混亂的汗國帶來一些新氣象。但阿不都拉哈行事過於激進，加劇了統治階級內部矛盾，使教派矛盾與汗位之爭相交織。仇恨一旦結下，只能愈演愈烈，汗國最終在兩派教眾的互相殘殺下走向衰落，淪為準噶爾汗國的附庸。
葉爾羌歷史系列參考書目
巴布爾著，王治來譯：《巴布爾回憶錄》
米爾咱•穆罕默德•海達爾著，王治來譯：《拉失德史》
沙•馬合木•楚剌思著，魏良弢譯：《編年史》
魏良弢：《葉爾羌汗國史綱》
李聯盟、袁行霈：《中國地域文化通覽•新疆卷》
譚其驤：《中國歷史地圖集》