清代是少數民族建立的政權，入關後沿襲明制，但在很多機構的設置上體現出了滿族的特有風格，並帶有一定的“奴”性色彩。其中最為特殊的一個機構便是內務府。有清一代，內務府始終佔有重要的地位，也是清代最大的一個衙門。
清中期以後，全國的文職官員大約在20000人左右，在京各衙門的人數大致在7000人左右，而僅僅內務府一個衙門，就設文職官員3000多人，可想而知其機構的複雜和龐大。事實上，內務府在職能上來講，就是一個微縮的外廷，它的下屬機構幾乎和六部相似。
內務府的始設
官方文獻記載“國初設內務府”，但無準確時間，從《清史稿》所載：“初制，設內務府，以歸屬司其事。入關後，明三十二衞人附之，設內管領處。”可見，內務府設於入關之前。
順治帝親政後，恢復了十三衙門，裁撤內務府。康熙元年二月，輔政大臣宣佈裁撤十三衙門，隨即恢復內務府的建置。這個時期的內務府，下屬機構主要是廣儲司、會計司、掌儀司、都虞司、慶豐司、營造司、慎行司七司和武備院、上駟院、奉宸苑三院。
此後內務府還設有三十多個負責宮中日常生活和宮廷建築的機構。康熙朝後，又陸續增設了十幾個機構，為了清晰明瞭，我們按照其職權範圍，將它們分門別類一併加以介紹。
一、與財務相關聯的類似户部的機構
1，廣儲司，是內務府掌管財務出納和庫藏的機構，凡各黃莊所交賦税，各處所進珍寶、綢緞、毛皮、人蔘、茶葉，各地官員納貢，都要上繳廣儲司庫。由於它掌管着皇室的經濟，因此在內務府中地位最高。
廣儲司下設銀庫、皮庫、緞庫、瓷庫、衣庫、茶庫，負責收領、保管、提供銀兩、珠寶首飾、皮毛緞匹等。各庫下又分別設有銀作、皮作、銅作、染作、衣作、花作、帽房、針線房等作坊，負責製作衣帽首飾等。設匠役一千二百餘人，頭領二百二十一人。
2，會計司，是負責管理上三旗莊園即皇莊，徵收各莊園土地賦税，行查各處人丁户口，又兼理選用宮女太監的機構。它類似户部的部分職能。會計司管理各類皇莊：糧莊、豆秸莊、稻田莊、銀莊、棉莊、菜園、果園和三旗銀兩莊頭處。皇莊分為四等，分別等次分配土地及錢糧税額。會計司有伕役九十八人。
3，官房租庫，最初隸屬於營造司，康熙末年成為獨立機構，負責管理查抄招買入官民房，出租、出售、修理、分配官房。由於所管官房變動較為頻繁，隨時有入官者有呈賣者，因而官房無定額。所收的房錢，呈交户部和廣儲司銀庫。
二、與掌管禮儀有關的類似禮部的機構
1、掌儀司，是內務府中掌管內廷禮樂的機構，同時兼管考核太監品級和徵收所屬南苑、畿輔、盛京、廣寧四處果園賦税。祭祀宴樂是宮廷不可或缺的精神生活，幾乎年年月月天天都有。如此眾多的禮儀、奏樂演戲、宴席等等，都是由掌儀司會同禮部共同籌備的。
掌儀司下設國果房，掌管祭祀時所用的果品；司俎官，掌管祭祀所需的供物；祝房司祝，即薩滿，掌管祭祀時祝禱上香等事。當時掌儀司有伕役六百餘人，頭領六十一人。
2、中正殿，本為殿名，實際是掌管宮中各佛堂唸經造佛等事的機構。設於康熙三十六年，由太監充當中正殿喇嘛。康熙朝以後，內務府中又陸續設立了一些與禮儀有關的機構，如道光年間改原來的奏樂、演戲機構南府為昇平署，掌管宮中的祭祀、筵宴及平時的表演音樂和戲劇。
三、與防衞武職官員有關的類似兵部的機構
1、都虞司，原為尚膳監，負責漁獵採捕諸事。康熙十六年改為都虞司，成為不僅負責採捕，同時掌管內務府三旗禁旅和武職官員的考核、任免及其俸餉賞恤的機構。凡是入選內務府的武官，一定要經過內務府大臣親自進行的騎射測試。
都虞司下設松花江打牲烏拉，負責上三旗和下五旗的漁獵採捕事務。其所屬丁役編為“珠軒”；上三旗設珠軒三十個，每珠軒有六十五人，下五旗設珠軒三十個，每珠軒有四十五人，每年向皇室和各王府貝勒繳納東珠、蜂蜜、松子、水產等各種土特產。
2,、內三旗官兵，這是紫禁城一支重要的禁衞力量，由上三旗佐領的包衣和披甲人組成，有三旗驍騎營和三旗護軍營之別。乾隆後，又增設三旗前鋒營。順治時期，內務府官兵由領侍衞內大臣統轄，康熙後改由內務府大臣管轄。
3、武備院，是製造和儲備兵器、甲冑、傘蓋等物的機構。每當皇帝上朝、祭祀出巡、行圍、大閲時，都有武備院陳設傘蓋、兵仗，準備甲冑、帷帳和車輛。武備院下設北鞍庫、南鞍庫、甲庫、氈庫四庫，四庫之下又設有熟皮作、氈作、帽作、雜活作等，各處共設匠役二千七百多人。
4、御鳥槍處，負責為皇帝出巡或行圍準備鳥槍，遇有奏進新鳥槍時，由御鳥槍處試放。
5、內火藥處，負責製造、發放和保管宮中所用火藥鉛砂。皇帝出巡時內火藥處派庫掌、庫守、披甲人隨行預備火藥。
6、養鷹鷂處，負責飼養鷹狗以備皇帝行圍之用。
四、與稽查懲處相關的類似刑部的機構
1、慎行司，它是內務府中的司法機關，掌管處理內務府官員、匠役、莊園處、太監、宮女觸犯律例的各種案件。一般判處降級調用、罰俸、杖、笞等案，均有慎行司決定，判處流徒以上的案件，就要移交刑部處理。
2、管理番役處，是內務府中掌管緝捕罪犯逃跑人員的機構。凡屬官員賭博、私賣禁物，太監、匠役逃亡等，都在管理番役處的緝捕範圍內。按照緝獲犯罪行的大小，番役可分別得到不同等級的賞賜。
五、掌管宮廷修繕工程的類似工部的機構
1、營造司，是內務府中掌管宮廷修繕的機構，凡屬宮中重大工程都要會同工部辦理。實際上營造司只負責二百兩以下的小修小補工程和疏浚溝渠、清除雜草等。同時營造司還兼管為內廷提供、儲備煤炭柴薪等事務。營造司下設木庫、鐵庫、房庫、器皿庫、薪庫、炭庫、油漆作等，下設匠役一千二百餘人。
2、三織造局，順治初年，在蘇州、江寧、杭州各設織造局，負責織造“上用”、“官用”綢緞布匹。每年按廣儲司擬定的花樣、顏色和數量進行生產。三織造業務略有分工，如大紅蟒緞由江寧織造承辦，絲、紡、綾綢等由杭州織造承辦，毛青布匹等由江蘇織造承辦。三織造雖為內務府機構，但其財政支銷卻由户部掌核。
3、織染局，是內務府掌管織染綢緞的機構。設匠役八百二十五人。道光年間撤銷織染局後，於光緒年間又設綺華館，負責織染綢緞。
4、造辦處，是專門為宮中製作傢俱、服飾及金玉珠寶、玉器琺琅等陳設的機構。造辦處下設如意館、金玉作、鑄爐處、造鐘處、鞍甲處、弓作、槍炮作、玻璃廠、琺琅作、油木作等。
5、總理工程處，該機構設於乾隆二十六年，負責宮中、園囿、行宮等處二百兩以下工程，超過二百兩以上的修繕工程，則由總理工程處奏請並派人勘查，估計銀兩，會同工部施工。
六、管理內務府牛馬羊羣的機構
1、慶豐司，它是管理上三旗牛羊牧羣的機構，在京畿設七個牛圈、六個羊圈，在張家口外還設三旗牛羊羣牧場。這些牛羊圈負責為宮中提供食用牛羊肉和乳餅、乳油等各種乳製品。
2、上駟院，原為御馬監，康熙十六年改為上駟院，是管理宮中用馬及皇室牧場的機構。上駟院每天都要在景運門外設四匹毛色整齊的御馬，以備禦用。皇帝出巡或妃嬪出入，上駟院要準備騾馬駱駝。此外，內外蒙古所貢馬駝，也由上駟院鑑定，劃分等級。上駟院下屬三個馬場，有伕役一千六百餘人，頭領三百餘名。
除了以上這些主要機構，內務府還設有管理皇家園林行宮的機構，如奉宸苑，具體管理圓明園、暢春園等皇家園林；管理宮中文化教育的機構，如武英殿修書處、御書處、景山官學等；管理帝后飲食起居的機構，如御茶膳房、敬事房、藥房等。
從以上的組織狀況可以看出，內務府不僅管理帝后妃嬪的衣食住行，更重要的，還掌管皇室財政，為皇帝享用提供物資生產。同時，內務府還從事一些商業活動，如放貸、開設當鋪、出租官房等。儘管清代的皇帝向來將家國分得很清楚，但實際上無論是國帑還是內帑，並無嚴格的界限，皇帝可以隨意下令將國庫的錢糧撥給內務府，使得國家的一部分收入歸入皇帝的私囊。