岳飛罷官後，陷害的步伐馬不停蹄地加速進行，張俊利用鄂州都統制王貴到鎮江樞密行府參見之機，脅迫他就範。王貴在八月下旬返回鄂州，副都統制張憲又於九月一日動身，前去鎮江府。大約在秦檜黨羽林大聲的唆使下，張憲的副手、前軍副統制王俊於七天后出面，向王貴誣告張憲，説他得知岳飛罷官的消息，陰謀裹脅大軍去襄陽，以威逼朝廷將兵權交還岳飛。
儘管此狀並非是刀筆訟棍的高明手筆，全是一派拙劣的謊言，任何稍明事理的人，都不難看出其中的破綻。但受逼脅的王貴卻只能將狀詞轉交負責報發朝廷文件的林大聲，用急遞發往鎮江府。早七天出發的張憲須晝行夜宿，他到達鎮江府，恰好是自投羅網。
王俊做賊心虛，他特別在誣告狀中申明：“張太尉説岳相公處人來，教救他，俊即不曾見有人來，亦不曾見張太尉使人去相公處。張太尉發此言，故要激怒眾人背叛朝廷。”然而張俊卻不管密院不得私設公堂的國法，對張憲嚴刑拷打和逼供。最後張憲仍拒絕自誣，張俊又以“張憲供通，為收岳飛處文字後謀反”，上報宋廷。
十月十三日，岳飛終於被投入大理寺獄。主審官是御史中丞何鑄，副主審官是大理寺卿週三畏。何鑄算是秦檜心腹，曾參與彈奏岳飛，故委此重任。岳飛沉靜地辯白自己的冤屈，他特地解開衣服，露出背上“盡忠報國”四個深刺的大字。何鑄至此天良發現，他找到秦檜，力辯岳飛無辜。
秦檜在理屈詞窮之餘，便抬出了皇帝，説：“此上意也！”何鑄並不退讓，説：“鑄豈區區為一岳飛者，強敵未滅，無故戮一大將，失士卒心，非社稷之長計。”秦檜當即奏請宋高宗，改命万俟卨為御史中丞、兼主審官。萬俊卨對岳飛竭盡酷刑逼供的能事。岳飛只是在獄案上寫了“天日昭昭！天日昭昭”八個大字，並且不進飲食，唯求速死。
一代忠勇名將的冤獄，引起朝野極大的震動。文士智泱、劉允升、範澄之等紛紛上書，企圖營救岳飛。範澄之的上書尖鋭地指出，“宰輔之臣媚虜急和”，“胡虜未滅，飛之力尚能勘定”，“豈可令將帥相屠，自為逆賊報仇哉”！只求躲避迫害的韓世忠也挺身而出，責問秦檜，秦檜只是冷冰冰地回答：“飛子云與張憲書雖不明，其事體莫須有。”
韓世忠憤慨地説：“莫須有三字，何以服天下！”趙氏宗室中德高望重的趙士像也諫勸皇帝説：“中原未靖，禍及忠義，是忘二聖，不欲復中原也。臣以百口保飛無他。”
大理卿週三畏雖然屈服於權勢，而少卿薛仁輔和大理寺丞李若樸（李若虛弟）、何彥猷卻竭力為岳飛辯護。雖然宋太祖傳下了不殺大臣的誓約，而万俟卨煞費苦心、深文羅織到的罪狀，按秦檜之説只是“莫須有”。但正如一個獄子所説，皇帝既已將岳飛“送下棘寺，豈有復出之理”。詔獄歷時兩個半月，眼看已到歲末，万俟卨通過秦檜匆忙上報，建議“岳飛私罪斬，張憲私罪絞”，“岳雲私罪徒”，“今奉聖旨根勘，合取旨裁斷”。
宋高宗當即“有旨：岳飛特賜死。張憲、岳雲並依軍法施行，令楊沂中監斬，仍多差兵將防護”。岳飛和張憲的家屬流放嶺南和福建。直接捲入冤案的岳飛幕僚和部屬於鵬、孫革、王處仁與蔣世雄分別流放“編管”，和尚澤一“決脊杖”，刺配遠方牢城廂軍，為岳飛鳴冤的智也“決臀杖”，流放遠方“編管”。宋高宗對万俟卨上奏的最大更動，是將岳雲的徒刑改為死刑，必欲處死而後快。
三位在民族戰場上出生入死的猛士，不死於敵，而死於朝廷，卻並不意味着冤獄的終結。宋高宗和秦檜尤其憎恨岳飛的幕僚，如朱芾、李若虛、高穎、王良存、夏琪、黨尚友、張節夫等都被株連，而貶黜流放。其中如高穎“陷偽十年，固窮守節”，到岳家軍任參議官僅一年。他與李若虛飲恨死於流放地。
挺身為岳飛辯護的薛仁輔、李若樸、何彥猷、何鑄等，甚至僅對岳飛罷兵權持異議的劉洪道，還有其他一些人士，都受到不同的處分。劉允升死於大理寺，範澄之也死於流放地。王貴作為岳飛的愛將，統率着一支雄師，他雖違心地轉遞王俊的誣告，宋廷對他仍然很不放心。
王貴明白自己處境的危險，主動提出辭呈，宋廷特命張俊的心腹、庸將田師中取代王貴，任鄂州大軍都統制。田師中上任後，對原岳飛部將或排斥，或拉攏，後又將反對議和的牛皋毒死，並將一整套腐敗作風帶到了鄂州軍中。最荒謬的，是因為宋高宗和秦檜憎惡一個“嶽”字又將嶽州改名純州，其節鎮軍名岳陽軍改名華容軍。
秦檜第二次任相期間，冤獄之多，不可勝計，而誅之慘，株連之廣，則以這次“莫須有”獄為最。宋高宗在不少冤獄中一般仍遵守宋太祖誓約，不開殺戒，而唯獨對岳飛的冤獄例外。
千百年的古代專制，積累了很多荒唐可憎的惡習，例如臣民不得非議本朝列祖列宗的罪孽和過錯。岳飛被揭發説過“官家又不修德”，就算彌天大罪。當然，在氣憤已極的情況下，一句心聲奪口而出，並非沒有可能；而宋高宗的罪孽，又豈是“不修德”三字所能形容。
凡否定這次冤獄者，卻只能歸罪秦檜，而不能怪罪宋高宗。直至宋亡後，人們才開始譴責宋高宗，探究他殺岳飛的動機。明朝高啓寫詩説：“每憶上方誰請劍，空嗟高廟自藏弓。”文徵明的《滿江紅》説“豈不念，中原蹙；豈不惜，徽欽辱。但徽欽既返，此身何屬。千古休誇南渡錯，當時自怕中原復。笑區區一檜亦何能，逢其欲。”很多人認為，宋高宗殺岳飛，是因為岳飛要“迎二聖”，而“徽欽既返”，宋高宗就當不成皇帝了。
宋高宗的即位詔書説：“同傒兩宮之復。”可見“迎二聖”是他自己首先提出來的。宋高宗並不昏庸，而頗為聰明。他必須提出迎還二聖，又不肯真正實施。但是，中國歷史上唐玄宗和肅宗，明正統和景泰的事例證明，即使宋欽宗回來，也未必威脅宋高宗的寶座。
紹興八年（1138年），宋高宗大搞求和活動的口實之一，正是迎還宋欽宗。他説：“朕以梓宮及皇太后、淵聖皇帝未還，曉夜憂懼，未嘗去心，若敵人能從朕所求，其餘一切非所較也。”經過談判，金國同意“許還梓宮、母、兄、親族”。
宋高宗決定讓宋欽宗回來優養賦閒，“詔淵聖皇帝宮殿令臨安府計度修建”。一時都以為宋欽宗南歸在即，故岳飛的辭職奏説：“今講好已定，兩宮天眷不日可還，偃武休兵，可期歲月，臣之所請，無避事之謗。”後因完顏兀朮發動政變，事情才發生變卦。
綜上所述，可知“迎二聖”並不是岳飛和宋高宗發生矛盾的癥結所在。冰凍三尺，非一日之寒，這兩人的矛盾有一個積累和發展的過程。
自紹興元年（1131年）到紹興七年（1137年），金國主戰派掌政，宋高宗乞和不成，為了自己的性命和皇冠，不得不破格提拔將帥。岳飛升遷最快，由一個地位不高的統制，後來居上，成為與韓世忠、張俊、劉光世、吳玠並列的大帥，而其才能和聲譽又在他人之上。岳飛一時成了皇帝最器重的武將，他在《乞出師札子》中説：“陛下錄臣微勞擢自布衣，曾未十年，官至太尉，品秩比三公，恩數視二府，又增重使名，宣撫諸路。臣一介賤微，寵榮超躐，有逾涯分。”他感激宋高宗，更渴望抗金功成，以為報答。應當説，在此期間，彼此尚無多大矛盾。
兩人關係的轉折是在紹興七年（1137年）春。宋高宗本已慷慨允諾岳飛指揮除韓世忠和張俊以外的各軍，大舉北伐，卻因張浚和秦檜的説服，取消成命。岳飛憤慨辭職，不經宋高宗批准，擅自去廬山，為亡母守孝。這種脱離古代臣規的舉動，引起皇帝很深的疑忌。後來岳飛聽説金國打算扶立宋欽宗兒子當傀儡，就上奏建議喪失生育能力的宋高宗設皇儲。宋高宗立即駁回，説武將不應干預朝政。
紹興八年（1138年），岳飛要求增添兵力，宋高宗的回答是“寧與減地分，不可添兵”，“末大必折，尾大不掉，古人所戒”。此後圍繞着戰與降，南北統一還是分裂，雙方矛盾愈益尖鋭。
對武將的猜忌和防範，向來是趙宋恪守不渝的家規。宋朝政治制度的一大特點，就是實行重文輕武，以文制武，使武將受制於文官。只要武將功大、官高而權重，就意味着對皇權構成威脅。南宋初，不得不提高武將的權力和地位，這在宋高宗和文臣們（既有投降派，也有抗戰派）看來，是權宜之計，一直抱着且用且疑的態度。
宋高宗聽從張浚和秦檜勸告，收回岳飛統率大部兵力的成命，其奧秘即在不容許他立蓋世之功，挾震主之威。
岳飛抗金心切，要求增兵，提議建儲等等，恰好都觸犯宋高宗的深忌。甚至他留意翰墨，禮賢下士，也會使皇帝疑神疑鬼。他一再真誠表示要功成身退，準備在廬山東林寺看經唸佛，以度餘年，宋高宗是根本不信的。岳飛是武將，李綱和宗澤是文官，這種差別在具體研究宋史時，非注意不可。例如同樣提議建皇儲，文臣算是忠心，武將便成別有用心。
王夫之《宋論》説：“高宗之為計也，以解兵權而急於和；而檜之為計也，則以欲堅和議而必解諸將之兵，交相用而曲相成。”
降金和解除大將們的兵柄，成了他們的當務之急；而岳飛在這兩個問題上，都成了首當其衝的人物。當然，光從這兩個問題着眼，岳飛也可罷官閒廢，得到與韓世忠一樣的下場。查籥揭發的紹興十年（1140年）秋?完顏兀朮給秦檜的信件：“爾朝夕以請和，而岳飛方為河北圖，且殺吾婿，不可以不報。必殺岳飛，而後和可成也。”對於他的遇害，也應有重大作用。