從努爾哈赤創立八旗制度以來，這個脱胎於女真漁獵方式的軍事制度，就留有非常濃重的兵為將有的部落制度殘餘。努爾哈赤創立的八旗制度，除了努爾哈赤這個毋庸置疑的領導人之外，他麾下的八個旗往往各行其是，旗主在旗內擁有巨大的權力，旗丁在人身關係都依附於旗主。
八旗之中的每一旗，都相當於旗主的獨立王國。努爾哈赤和各旗主的關係，非常類似於民國時期大軍閥頭子和小軍閥頭子之間的關係。也因此，從努爾哈赤開始，八旗諸王們的實力與其麾下的八旗軍戰鬥力有直接的關係，同時，隨着旗主們的勢力膨脹，也屢次發生了旗主威脅皇權的事情。
例如，皇太極死後，掌握着兩白旗的多爾袞，甚至差點兒直接坐上了皇位。即便是甚至因為政治妥協，六歲的福臨漁翁得利，但是，多爾袞依然以其強橫的實力成為清朝的實際統治者。多爾袞死後，被順治皇帝任命為顧命大臣的鰲拜再次成為威脅皇權的權臣。
要知道，鰲拜當年曾對皇太極忠心耿耿，甚至不惜性命反對多爾袞，支持皇太極一系，然而，當鰲拜掌權後，他卻開始趁康熙年幼，欺凌幼主、專權跋扈。
從多爾袞到鰲拜，這些憑藉麾下八旗強悍的實力，威脅到皇權的舉動，給予康熙留下了太深刻的印象。因此，極具眼光的康熙，決定從根本上肢解八旗的舊有勢力，徹底根除八旗旗主們對於皇權的威脅。
康熙最先做的，就是肢解議政王大臣會議。議政王大臣會議，是皇太極設立的、由滿洲貴族組成的頗具軍事民主意味的軍事會議，其目的，也有削弱抑制權力過大的各大貝勒的意思。按照皇太極的設想，能夠參與議政王會議的成員包括親王、貝勒、貝子、國公以及八旗固山額真等八旗貴族們。
皇太極也給予這些成員很大的權力，關鍵時刻，他們甚至能夠左右朝堂，面對議政王大臣會議的決議，甚至連皇帝都難以輕易改變，這自然引起了康熙皇帝的極大不滿。其實，對於議政王大臣會議，早在尚未入關之前，一直致力於加強皇權的皇太極就開始削弱該會議的權力。
但是，由於皇太極去世過早，八旗的舊有勢力又過於強大，因此，議政王會議到康熙時期，依然擁有巨大的權力和影響力。與此同時，隨着清軍入關，曾經統領八旗們的親王貴族們紛紛去世，這些貴族的繼任者們比之乃父乃祖，相差甚遠。
例如，康熙平定三藩之亂時，議政王大臣們的表現就令人十分失望。康熙曾在吳三桂等人叛亂時，按照祖制的要求派出了八名宗氏王公大臣充當了領軍大將，但是，除了安親王嶽樂屢立戰功之外，其他人都表現乏善可陳，甚至屢戰屢敗。
有了這樣的理由，再加上康熙早有打算，因此，康熙開始有計劃、有步驟地削弱議政王大臣會議的權利和地位。康熙先是將哥哥福全、弟弟常寧放入了議政王大臣會議之中。而按照八旗祖制，僅是皇帝兄長弟弟的身份，是不足以進入議政王大臣會議行列的，他們必須有足夠的戰功，但是很顯然，福全和常寧是沒有的。
其次，隨着議政王大臣中的親王被貶斥、奪爵、去世，康熙也不再遞補任何一位親王和郡王。到了康熙統治的後半階段，也就是康熙36年一直到康熙去世，議政王大臣裏面的宗氏最高爵位，居然只有公爵。到康熙王朝末期，甚至連奉國將軍這樣的低等爵位都開始進入議政處充數。曾經能夠左右八旗乃至於女真軍事集團戰略方向、決定八旗集團前途命運的議政王會議大臣，已經淪為了一個連參謀權利都沒有的榮譽會議。
康熙做的第二步，也是直指要害的一步，即開始調換各旗都統。前面我們已經説到，努爾哈赤從創立八旗制度開始，就賦予了八旗旗主很大的權力，在本旗的內部，旗主們不僅僅擁有軍事指揮權，同時，他們還擁有行政權和裁判權。該旗的旗丁們除了戰時要聽從旗主的指揮，在非戰時，人身關係也屬於旗主，旗丁與旗主的關係，其實就是主僕關係，旗主甚至可以對旗內的旗丁生殺予奪。
這樣巨大的權力，正是八旗諸王們敢與汗王乃至於後來的皇帝相抗衡的最大底氣。隨着康熙權力的逐漸鞏固和手段的日漸成熟，康熙對於這些與獨立王國無異的旗主自然十分不滿。
因此，針對於這一情況，康熙直接釜底抽薪，康熙36年7月，康熙下詔：“嗣後都統、副都統員缺，應於左右翼內，不論旗分補授”。什麼意思呢？康熙皇帝直接打破了原來八旗旗主出缺後有本旗內大員補任的規則，開始調令其他旗的大員擔任這一旗旗主之職。
例如，正藍旗滿洲都統出缺時，該旗的都統也就是旗主，並沒有由正藍旗出身的人擔任，而是由康熙調了一名隸屬於正白旗的滿洲大員補任。而隨後，鑲藍旗滿洲都統出缺後，康熙又再次調了一名原隸屬於鑲紅旗的滿洲大員補任。也從這時候開始，康熙皇帝成功地剝奪了各旗旗主的旗權和軍權。
而隨着康熙皇帝對於各旗旗主的互調，新上任的旗主雖然依然擁有十分高的政治地位，但是，他對於被調往的旗完全不瞭解，更沒有親信可以依靠，他的權利保證，只能來自於皇帝，因此，新的旗主只能一方面對於皇帝感恩戴德，另一方面聽從皇帝的指揮。
正是靠着這一高超的手段，康熙皇帝徹底將八旗掌握在手中，從此以後，八旗無論是原屬於皇帝的上三旗，還是下五旗，都成為皇帝直接掌握的武力，八旗旗主們再無與皇室分庭抗禮的可能。後來，八旗的各旗都統甚至變成了榮譽職位，雖然政治地位依然很高，卻並無多少實際權力。
剝奪八旗旗主和諸王的權力，加強皇權的最後一步，康熙用的是重用皇子這一招。堪稱雄才大略的皇太極死後，他的長子豪格卻未能順理成章的繼位，皇太極打下的權力基礎更幾乎被多爾袞剝奪一空，如此慘痛的教訓，康熙認為，這正是皇太極沒有扶持皇子勢力所造成的。
因此，康熙皇帝從皇長子成年之後，就十分注意重用皇子，給予皇子足夠的權利。從他將毫無功績，庸庸碌碌的哥哥和弟弟封為和碩親王，到將年僅18歲、剛剛成年的皇長子任命為撫遠大將軍的副手，再到康熙的每一次重要政治活動，皇子都作為重要成員參與，康熙賦予他兒子們的權力越來越大，皇子們在清廷的權力也越來越膨脹。
到了康熙晚年的時候，隨着康熙的一步步扶持和刻意傾斜，他的皇子們在軍事、政治上都擁有極大的權力。甚至在朝廷中央，內閣六部和諸王貴族的權利都遠不如皇子們的權力。可以説，到康熙晚年時，很少有哪一王朝的皇帝兒子們能擁有如此廣泛巨大的權力。
更重要的是，康熙的兒子們是和平時期成長起來的，他們與努爾哈赤的兄弟子侄們在血雨腥風之中成長是完全不同的。這大概也是康熙王朝後期諸王奪權，朝堂一片混亂的原因。
康熙利用給予他的兒子們足夠的權力，將原屬於親王和八旗貴族們的權利剝奪一空，但是與此同時，由於給予皇子們過於巨大的權力，也造成了各個皇子在專權的同時，也將朝廷弄得烏煙瘴氣，大名鼎鼎的九子奪嫡，正是康熙賦予皇子們過多權力造成的直接結局。
不過不得不説，清朝乃至於康熙實在太過幸運，雖然九子奪嫡十分殘酷，朝堂也被弄得一團糟，但是，勝出的雍正皇帝卻十分優秀，雍正不但徹底扭轉了康熙王朝後期朝堂混亂的局面，也從根本上穩定和鞏固了清朝對全國的統治。
當然，也靠着康熙皇帝徹底剝奪八旗舊勢力的權力，從康熙之後，清朝的各個皇帝，再沒有受過八旗權臣專權之苦。康熙皇帝確實在根本上徹底肢解了八旗舊勢力的權力，瓦解了八旗旗主專權的可能。