清朝入關的時候，原明朝鎮守遼東的邊將，吳三桂、耿精忠、尚可喜這三個藩王，他們投降了清朝，充當了領路人，清兵入主中原的時候，三個藩王攻打李自成、張獻忠的農民軍，又招降了一些漢族的地主，一直打到雲南、貴州、廣東、廣西，為清朝立下了赫赫戰功。順治皇帝就利用這些降將鎮守南方，吳三桂鎮守雲南，平南王尚可喜鎮守廣東，靖南王耿精忠鎮守福建。
這三個藩王中，吳三桂的勢力最大，兵力幾十萬，清朝對他一直都有顧忌，但是又不敢過問，清政府只能假以專制雲、貴二省的大權，凡是朝廷所選的官員派至雲南，吳三桂都要想盡一切辦法收買，為自己效力。吳三桂在經濟上也有很大勢力，他佔據明代世鎮雲南的沐氏莊田700頃作為藩莊，又和西藏的達賴喇嘛在北勝州互市，以茶換取蒙古的馬匹。
(吳三桂劇照）
吳三桂還利用西南豐富的礦產製造兵器，還囤積了大量火藥，製造火槍火炮，吳三桂想效仿明代沐氏的故事，世守雲南，所以從各方面培植自己的勢力，吳三桂在雲南地區胡作非為，給耿精忠、尚可喜做出了樣子，他們在福建、廣東效仿。耿精忠利用沿海有利地形，與海外私通貿易，大量走私，撈取大批金錢，尚可喜在廣東大量租税。
（三個藩王照片）
三藩割據一方，已經形成獨立的王國，三藩每年要消耗官府兵餉2000餘萬兩，在經濟上成為清朝的沉重負擔，康熙十二年（1673年）春，尚可喜請歸遼東，想讓兒子尚之信繼續留鎮廣東，康熙皇帝抓住了這個機會，同意尚可喜父子撤藩。吳三桂、耿精忠便試探康熙皇帝，也奏請撤藩，然而朝廷中有一部分大臣，因為懼怕吳三桂的武力，不贊成撤藩，然而康熙皇帝毅然決然的做出決定，吳、耿二藩也一齊撤掉。
（吳三桂畫像右）
撤藩令既下，吳三桂先把雲南巡撫朱國治給殺害了，並自稱天下都招討兵馬大元帥開始反清，吳三桂從雲南、貴州起兵，很快佔領了湖南全省，吳三桂又派兵進入四川，四川的提督、巡撫、總兵先後投降，至此，雲南、貴州、湖南、四川都落入吳三桂的手中。相應吳三桂叛亂的還有福建的耿精忠和廣東的尚可喜，此外，廣西、陝西、湖北、河南等省的軍官也相繼相應叛亂。
（吳三桂影視劇畫像）
三藩叛亂，江南失守的消息傳到北京，朝廷上一片混亂。那些不主張削藩的大臣們開始騷動不安起來，他們主張與三藩求和。可是主張削藩的明珠、莫洛、米思翰等怎麼也不肯退讓，他們主張平定三藩的叛亂。康熙皇帝決定派八旗軍全力討伐吳三桂，堅決鎮壓叛軍。康熙皇帝平定三藩，可以看出他的雄才大略來。
（康熙朝服像）
康熙皇帝對吳三桂堅決打擊，決不給予妥協講和的機會，對耿精忠，尚之信，康熙皇帝則採用軟硬皆施，他一方面派他們住在北京的兄弟前往福建和廣東勸説，並表示對他們以前的行為不再追究；另一方面，又派八旗軍去攻打他們。這軟硬皆施的辦法果然見效，不久耿精忠和尚之信就投降了。這樣削弱了吳三桂的羽翼，從而孤立吳三桂。
康熙皇帝把湖南作為軍事進攻重點，命勒爾錦統領大軍至荊州、武昌，正面抵住吳三桂，並攻擊湖南，又命嶽樂由江西赴長沙，康熙皇帝又利用漢將漢兵作戰。康熙十七年（1678年），吳三桂起兵六年，67歲的吳三桂，三月在衡州稱帝，國號周，大封諸將，八月吳三桂病死，吳三桂一死，整個勢力羣龍無首，清軍攻下嶽州，佔領四川，進攻雲貴。康熙二十年（1681年），清軍進入雲南省城，吳三桂之孫吳世璠自殺。歷時八年，涉及數十省的三藩之亂，終於被平定了。
由於康熙皇帝維護國家統一的決心很大而且他的處事非常果斷，因此他親自避免了一場使全國再度陷入混亂和分裂的戰爭。康熙皇帝敢於堅持正確的意見，不聽信讒言，而且善於用兵，終於打敗了貌似強大的吳三桂、耿精忠、尚之信，保證了祖國的統一和穩固，對於經濟的發展和人民的生活安定做出了很大的貢獻。