他以皇帝的身份消極怠工，長達三十餘年不上朝的，萬曆皇帝可以説破了中國兩千年帝制時代的記錄。有人認為是萬曆懶惰，昏庸無道，其實大錯特錯。萬曆不上朝實際上是一種與臣僚的對抗，願因是因為他的想法、他想做的事情，總是會得到大臣的輪番攻擊而無法實現。説的不恰當一點，就像是一個跟父母要玩具而不得的小孩子，回家慪氣一樣。
把萬曆的性格比喻成小孩子的性格，看似荒誕，實則恰當無比。萬曆作為皇帝，有着至高無上的權力，但他做事卻出爾反爾，扭扭捏捏，極度缺乏信心和果敢，與一個掌握生殺大權的帝王來説顯得極其格格不入。這裏有一個例子，可見一斑：
萬曆十七年（1589年），大理寺左評事雒於仁上了一封《酒色財氣疏》，疏中大罵萬曆皇帝貪財好色，荒淫成性。更可惡的是，雒於仁竟然説萬曆之所以重用宦官張鯨，是因為收受了張鯨的賄賂。對於皇帝來説，接到臣子這樣的詆譭，簡直是莫大的屈辱。萬曆看完奏疏之後，氣的當即下令，要捉拿雒於仁。
但是，他又害怕捉拿了雒於仁，反倒在言官面前留下了一個心胸狹窄，不能接受忠臣諫言的罵名。於是他又打消了注意，找當時的內閣首輔申時行商量如何處理。申時行一貫是個和稀泥的角色，他對萬曆説：“此無知小臣，誤聽道路之言，輕率瀆奏，出位沽名。唯寬容不較，乃顯聖德。”但萬曆氣不過，想讓申時行以內閣的名義處置他，申時行當然不願意，又是一番勸説之詞。終於，萬曆放棄了處置這個詆譭皇帝的“忠臣”雒於仁。
由此可見，萬曆做事，第一個想到的是自己的在臣僚面前的名聲，而不是皇帝的威嚴。且畏畏縮縮，沒有立場。皇帝若下旨處罰詆譭自己的大臣，誰敢説個不字？但萬曆卻偏偏下不去這個決心，他希望讓內閣替他下決心，內閣卻也不買他的賬。於是，只能自己吃個啞巴虧。
徹底改變萬曆人生歷程的，就是爭執了長達三十年的爭國本事件。所謂爭國本事件，即萬曆要廢長立幼，不立長子朱常洛而想要立三子朱常洵為太子。這被臣僚看作是離經叛道的事情，萬萬不能容許。大臣們引經據典，告訴萬曆各種廢長立幼的危害，但萬曆就是不為所動。這一耗就耗了近三十年的時間。
為什麼不能廢長立幼？這是中國自古以來封建王朝傳下來的規矩，有嫡立嫡，無嫡立長。除非嫡子或長子有重大的過失，否則萬萬不能更改規矩。萬曆沒有嫡子，但卻有長子。但是萬曆卻對這個長子卻表現出了極其的厭惡，他曾公開跟他的母親李太后説：“朱常洛只是一個宮女的孩子，他不配當太子。”李太后説：“不要忘了，你也是宮女的兒子。”萬曆的生母李太后，曾是隆慶皇帝在當裕王時身邊的一名宮女。
萬曆在立儲這件事情上，表現出了兩大不成熟的地方。首先，作為皇帝，表露出來自己對某個皇子十分喜愛，某個皇子十分討厭，本來就是大錯。就拿萬曆來説，人人都知道萬曆喜歡皇三子，討厭長子，那麼朝廷裏那些趨炎附勢投機鑽營的大臣，就會選擇性地戰隊，選擇扶持自己所看好的皇子，不遺餘力排斥異己，結黨營私。如果自己選擇戰隊的皇子將來得勢，那自己就是功臣，他就會不惜一切代價打擊不被看好的皇子，引起皇室之間骨肉相殘。這樣的事情在中國歷史上比比皆是，數不勝數。萬曆把對朱常洵的喜愛和倚重恨不得天天掛在臉上，豈不是助長了這種臣子之間結黨營私的風氣？明末黨爭殘酷異常，不得不説萬曆“開了一個好頭”。
其次，就算萬曆鐵了心覺得朱常洵有才能，比長子朱常洛強百倍，他完全可以動用皇帝的鐵腕手段強制命令大臣聽命於他，接受他廢長立幼的事實。因為在明朝，以非嫡長子身份而繼承皇位的，有先例可循，明成祖朱棣就是以朱元璋皇四子的身份繼承的大統。況且，萬曆還可以廢掉現皇后，把皇三子的母親鄭貴妃升為皇后，這樣皇三子就變成了嫡子。可惜的是，這兩種手段萬曆都沒有使用。
理由同上面那個例子一樣，反對萬曆的人太多，以至於讓他遲遲下不了決心。他缺乏和臣僚對抗的勇氣，更加接受不了臣僚用聖賢之道約束他的這個事實。既然缺乏勇氣，他就只能像臣僚妥協，只不過妥協的心不甘情不願。因此萬曆的一生，與其説他是高高在上的皇帝，實際上只不過是受制於大臣們的囚徒，不得自由。