首先可以肯定，相比普通沒了主子的太監，李蓮英在個人待遇上是前所未有的：慈禧死後，裕隆太后為表彰他為皇家服務多年，特准許他“原品休致”。
這“原品休致”的意思很簡單，就相當於退休後還享受和在職時一樣的薪資待遇。這在整個大清的太監裏是絕無僅有的。
所以，基本可以確定的是，李蓮英即便在出宮前將寶物奉還給了大清，還將自己的財產按照親疏遠近進行了一輪分割，但他的晚年的生活依舊是相當有保障的。
至於李蓮英為何做此選擇，坊間的猜測有三，一是他想長伴老主子慈禧；二説則認為李蓮英是無根之人，不存在落葉歸根説；三説則認為老家太小躲避仇家追殺相對更難。
那麼，留在北京的那三年裏，李蓮英住在哪裏呢？
可以確定的是，李蓮英也並不住在昔日慶王爺和內務府大臣送給自己的豪宅：海甸黃莊彩和坊內。
相當耐人尋味的是，李蓮英出宮的第一件事情便是將他名義上的這個豪宅的“李寓”的牌匾給摘了。摘下牌匾後，李蓮英就和這被摘下的“李寓”牌匾一般消失在了大眾的視線裏了。
對近代史稍有熟悉的人就都知道，李蓮英此人絕非一般的太監，他更像是一位曾手握大權的“官兒”。手上有權便不可避免地會沾染政鬥，自然，也免不了沾染血腥。根據不完全統計，李蓮英的大小仇家不少於30家。
這也是為何李蓮英執意出宮時會對勸他留下的徒弟呵斥的原因了，當時，他對徒弟的説辭是：“留下？你知道這紫禁城裏有多少把刀子等着捅你師父我嗎？這裏已經不適合我們待了。”
能在慈禧身邊“待機”到最後，李蓮英識時務的能力自是強於一般人無疑了。所以，他定也為自己將來的人生做好了盤算。
實際上，對於當時的李蓮英而言，他的最好出路就只有隱姓埋名過好下半生這一條了。這樣一來，他不僅可以安享晚年，還可躲避仇家追殺。
根據考證，李蓮英隱姓埋名後的居所總共有兩處，一處是中南海西苑門外北夾道，另一處則是西城區棉花衚衕83號。
這兩個地方有一個共同特點，就是隱蔽。隱蔽到啥程度呢？一般人在這裏找個人，即便是老北京也可能會被繞暈。
也只有在這樣的地方，李蓮英才能住的安生。
但住所雖然安全，但李蓮英的晚年卻也並不十分地舒服愜意，相反，他的不適感比在宮裏時強多了。原本，他也和世人一樣，覺得此時沒了少年時飢寒和壯年時提心吊膽的自己定能活得更好，實際情況卻截然相反。因為，出宮後的李蓮英被各種疾病纏上了。
昔日在宮裏時，李蓮英每日晨昏定省，每天都圍着老年慈禧打轉，哪個點幹什麼那都是在本本上寫得清楚、在心裏記得分明的。
可一到宮外，吃喝拉撒睡全都沒有管控，這在常人看來是好事，因為自由啊，可在幾十年裏過慣了規律日子的李蓮英看來，那就相當難受了。
這樣的日子久了後，李蓮英終因身體缺乏調理而病了，而李蓮英這病，除了身體方面的因素外，心理方面的作用也不小。
人這輩子活着都得有個理由，有的人是為活着而活着，可多數人都是為一個看得見的理由而活，有人為了生活的這片土地活着，有人為某個人（或兒子或愛人）活着，也有的人為實現自我活着。
李蓮英這一生，自我實現已經差不多了，所以多數時候，他是在為一個人而活着。這個人不用説，正是他的老主子慈禧。當這個老主子不在了時，他的活着便多已形同死去了。
人一旦自己不想活，各種病痛自然會不請自來。果然，李蓮英晚年身體狀況每況愈下，不出三年他便因一個小小的風寒一命嗚呼了。
好在，李蓮英去世後，大清雖然已經大廈將傾，但裕隆太后還是特意在其死後撥白銀千兩，命人將其厚葬在了京西恩濟莊太監塋地。
李蓮英的墳墓是一個獨立的院落，墳墓前有石柱橋及牌坊，牌坊橫眉上書“欽賜李大總管之墓”，院內東西側各有亭子一座。
尤為值得一提的是，李蓮英墓地是用漢白玉製成，高三點五米，寬一米許，其規格實為歷朝太監之首。
然，這些説法都被李蓮英家人否定了，更大的可能多是：李蓮英墓曾被盜，他的嘴裏可能因效仿慈禧含夜明珠一類而被盜墓賊“取頭”了。