漢武帝統治時期吏法非常的嚴酷，加之漢武帝生性殘酷，因此在統治上也多用嚴刑懲罰犯錯之人。嚴刑拷打必多冤獄，就連司馬遷這樣的清官也沒能倖免。
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司馬遷之所以被處以宮刑，用今天的話説就是太耿直。當時李陵因為被單于圍困而導致彈盡糧絕，無奈之下只好投降匈奴，成為了戰俘。漢武帝為此大怒，牆頭草般的羣臣也來不及繼續恭維李陵，轉而紛紛進言對李陵表示不恥。漢武帝問想聽太史令司馬遷的意見，司馬遷卻耿直地説，李陵向來是個勤謹奉上，寬仁待下，忠君愛國的好將士，怎麼可能説投降就投降，他可能心裏還想着，哪日能夠迴歸朝廷，再為國盡忠。司馬遷説的違逆了漢武帝的意思，於是漢武帝就把司馬遷打入了鐵牢。
後來，漢武帝派公孫敖去匈奴接李陵，公孫敖無功而返，怕漢武帝怪罪，公孫敖誣告李陵正在匈奴練兵，要奉單于之命進攻長安。漢武帝信以為真，盛怒之下下令殺死了李陵一家妻兒老小，為李陵説話的司馬遷也因此受到了牽連，按律當斬。但是漢朝當時可以以宮刑代替死刑，司馬遷心中還有宏偉的理想，背上還有祖輩們的遺願，因此司馬遷選擇了接受宮刑，保住了性命。
也正是司馬遷這個選擇，後世才得以看見《史記》這部經典的鉅著，司馬遷忍辱負重，承受了常人無法想象的痛苦，完成了這部著作，是中國人之幸。
司馬遷寫史記的過程
司馬遷寫《史記》的時間最早要追溯到公元前104年，這個時候司馬遷就開始寫《太史公書》了，《太史公書》後來被稱為《史記》。
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司馬遷早年間就在全國各地遊歷，收集各地的風土人情，從當地百姓口中去了解古事舊聞，之後又受學於孔安國和董仲舒。司馬遷具備寫作的能力，又有寫作的素材，因此早早就開始寫作了。
但是誰的人生都不會是一帆風順的，司馬遷的也是。公元前98年的時候，意外出現了。當時李陵自請五千兵馬出擊匈奴，戰敗被俘，漢武帝對此非常生氣。漢武帝問司馬遷對這件事情怎麼看，司馬遷説李陵孝敬父母，又忠君愛國，投降是無奈之舉。於是漢武帝就把司馬遷給打入天牢。之後李陵投降匈奴的時候被公孫敖“坐實”了，司馬遷也受到了牽連，被處以宮刑。
受此大辱的司馬遷並沒有一蹶不振，而是更加奮發圖強，將自己的全部精力都投入到《史記》的創作中去。以當時社會上流傳的《世本》、《國語》、《秦記》等書籍，和諸子百家的著作國家的文書檔案，以及自己去當地調查取得的一些資料為材料，將收集到的信息進行認真的摘選，去掉了那些沒有根據的傳言，對無法證實的事情保留態度，或者附上多種説法。前後總共經歷了一十四年，司馬遷嘔心瀝血最終完成了這部史學著作《史記》，也留給了後世留下了一份無價的文化瑰寶。
後人對司馬遷的評價
司馬遷作為我國曆史上著名的史學家，傾盡一生完成了我國第一部紀傳體通史《史記》。這部著作的完成過程並不順利，司馬遷為寫書先是做了大量的準備工作，在撰寫過程中又獲罪受宮刑下獄，可以説《史記》是他畢生的心血。那麼後人對司馬遷的評價是怎樣的呢?
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漢朝楊雄曾著《法言》一書，書中寫到“太史遷，曰實錄。”“子長多愛，愛奇也。”楊雄因此也成為了第一個讚頌司馬遷實錄精神的人，他提出的司馬遷據實記錄人物和司馬遷鍾愛奇才的觀點也被人們所認同。班固是一個系統評論司馬遷的歷史人物，在班固的《漢書》中，班固專門做了一篇《司馬遷傳》，文中寫道“自劉向、楊雄博極羣書，皆稱遷有良史之材，服其狀況序事理，辯而不華，質而不俚，其文直、其事核，不虛美、不隱惡，故謂之實錄。”班固很好的讚揚了司馬遷“不虛美不隱惡”的紀實精神，令後人歎服，而司馬遷的紀實精神也成了中國史學的優良傳統。
唐代文人韓愈十分推崇司馬遷，在他看來司馬遷的文學風格是“雄深雅健”。韓愈也曾説過“漢朝人莫不能文，獨司馬相如、太史公、劉向、楊雄之為最。”表現出韓愈對司馬遷的崇敬。宋元時期，馬存和鄭樵也先後對司馬遷發出讚歎，其中馬存主要是讚歎了司馬遷的壯遊，他説司馬遷“盡天下大觀以助吾氣，然後吐而為書。”因此司馬遷的文筆或奔放浩蕩，或深沉含蓄。南宋史學家鄭樵則認為“而司馬遷父子世司典籍，工於製作，上自黃帝，下迄秦漢，勒成一書，分為五體。使百代而下，史家不能易其法，學者不能易其書。六經之後，惟有此書。”可見鄭樵對司馬遷的評價之高。
明清時期的金聖嘆、錢謙益、章學誠、趙翼和梁啓超都先後對司馬遷作出評價，其中金聖嘆可以説是司馬遷的知己，他對《史記》的探討獨樹一幟。趙翼稱司馬遷為“史家之極則”。而梁啓超則認為“史界太祖，端推司馬遷”，並對《史記》做出極高評價，並説“凡屬學人，必須一讀”。
到了近代，魯迅稱《史記》為“史家之絕唱，無韻之離騷。”毛澤東在《為人民服務》中也提到司馬遷的名言“人固有一死，或重於泰山，或輕於鴻毛。”郭沫若更是讚賞司馬遷的才華，他曾為司馬遷祠題寫碑文，寫道“文章曠代雄”、“功業追尼父”的讚語。而翦伯贊更是認為司馬遷是我國史學的開山祖師。