關於秦瓊有沒有參與玄武門之變，一直都很有爭議。作為當時的上柱國、翼國公、“躍馬挺槍刺於萬眾中，莫不如志”的大唐第一勇士，在玄武門之變中到底發揮了什麼樣的作用，無論是《舊唐書》還是《新唐書》都諱莫如深，似乎只是不情不願地一筆帶過：“及平隱、巢，功拜左武衞大將軍，實封七百户。”“從誅建成、元吉。”其中提到的“功”是平定李建成（即隱太子）李元吉（即巢刺王）之功，還是在打下大唐江山時候的功勞，模稜兩可。這就是説，兩本比較可靠的正史，都把秦瓊放在了一個很不重要的位置，甚至有點故意給他增光添彩的意思，可能是覺得要是大唐第一猛將秦瓊沒在玄武門之變中立功，好像有點説不過去。而從秦瓊幾乎沒有得到封賞這一點上來看，秦瓊還真有可能就沒去趟渾水。事實上在後人和秦瓊的眼裏，那實在是算不上什麼光彩。
其實細看唐朝史料我們就會發現，玄武門之變李世民這一方，核心人物是長孫無忌、尉遲敬德、程咬金、房玄齡、杜如晦，這其中爵位最高的是長孫無忌，享受六部郎中（正五品上）待遇的一個最低級公爵（比部郎中、上黨縣公），其餘四個人連個子爵都不是。而秦瓊這個上柱國是可以跟尚書令（李世民）、大行台尚書令一樣享受正二品待遇的榮譽稱號，國公和嗣王（帝子）、郡王一樣享受正一品待遇。也就是説，秦瓊當時的級別，並不比李世民李元吉低，只是比儲君李建成低半格，要是有這樣一個重量級人物加盟，那麼李世民一定會大書特書，玄武門之變也不會打得那麼慘烈了——李世民差點被李元吉用弓弦勒死。
這時候有人説，秦瓊當是病了，正在家休息呢，因為秦瓊在戰鬥中過於勇猛，所以大唐開國之後就休息了。但是我們看看後漢三國和唐朝史料就會知道，比秦瓊受傷嚴重的人多了，可是創傷痊癒之後還是照樣生龍活虎：東吳周泰一次就被人弄了七十多處傷口，程咬金也曾被王世充手下用長槊捅了個對穿，可是這二位都活得很生猛，程咬金七十多歲還能作為主將出徵西突厥，還有精力屠城搶錢呢。
而最重要的是史料明明寫着當時秦瓊生猛依舊，在《新唐書 列傳第四高祖諸子》中明確記載着，玄武門之變的導火索，就是李建成推薦李元吉北征徵調李世民的嫡系部隊，而李老大李老四（元吉是老四，玄霸是老三）點將的頭一個，就是秦瓊秦叔寶：“多引秦王府驍將秦叔寶、尉遲敬德、程知節、段志玄與行。”這裏面建成元吉最想要的可能就是秦瓊了——已經收買過尉遲敬德，沒成功，段志玄是李世民的貼身保鏢之一（從李淵起兵的時候就跟着李世民），而程咬金（程知節）一向很聽秦瓊的話（兩人關係最好，一起投唐就是程咬金請示秦瓊後做的決定），所以只要能説服秦瓊支持自己，那麼李建成的勝算無疑將會翻番：尉遲恭雖然暴烈，但是兩次被秦瓊打敗，心裏有陰影，見了秦瓊就腿軟。
這就要回歸正題了：如果李建成向秦瓊伸出橄欖枝，或者直接讓魏徵出面拉攏，那麼玄武門之變中秦瓊支持李建成的可能性有多大？
作為李淵的嫡長子、已經欽定的皇位繼承人，而且戰場上表現也不錯，李建成有資格招賢納士。更重要的一點是李建成身邊還有瓦崗舊將魏徵魏老道（魏徵真當過道士，富家子弟徐茂功還真沒當過）出謀劃策，要説他不給李建成出主意拉攏秦瓊，那幾乎是不可能的——後來的發生的事情表明，魏徵很是足智多謀甚至有點老奸巨猾的意思，他不會認識不到秦瓊的巨大影響力和號召力。那麼老謀深算的魏徵魏玄成，作為太子心腹，為什麼在玄武門之變中偏偏就把秦瓊給忘了呢？答案是魏徵當然不會忘，但是他更知道自己去找秦瓊也是自討沒趣。
於是玄武門之變前最詭異的一幕發生了，除了李建成想讓依然比海鮮還生猛的秦瓊出征外，建成世民似乎都把秦瓊給忘了：李建成想刺殺尉遲敬德，而尉遲敬德忙着給李世民派跑腿學舌（包括拿秦王的佩刀嚇唬房玄齡杜如晦），秦瓊卻依然在自己的翼國公府裏端着李淵送給他的金酒壺喝酒，看着手下忙裏忙外地替他準備鎧甲長槍準備出發呢。
所以這時候無論是李建成還是李世民找上門來，秦瓊都會很不耐煩地把他們打發走：“你秦叔叔要替你爹出去打仗了，你們小孩子們鬧家務，別來煩我！”所以李建成想取得秦瓊的支持，可能性幾乎為零，即使是李世民，取得秦瓊支持並想讓這位李淵最欽敬的驍將幫助自己殺兄屠弟，可能性也無限接近於零。這一點從後來秦瓊的表現中就能看得出來。
玄武門之變後，前幾天還生龍活虎張羅着要出兵打仗的秦瓊忽然就“病”了，李淵退位，他也“退休”了，此生再沒有跨馬出征——這“病”也來得太快太蹊蹺了吧？所以綜合史料分析，秦瓊不但不會支持李建成，而且也不會支持李世民，甚至還有點心灰意冷的意思：幫你們把李家江山打下來了，至於你們這幾個不肖之子怎麼兄弟相殘威逼父皇，那不關我秦某人的事，老夫也懶得管……