我們不妨從宏觀層面看，元朝征伐日本戰爭失敗的原因和教訓。鎌倉日本存在公家和武家的矛盾、惡黨橫行、御家人貧困化等種種問題，不過，我們還是把焦點對準忽必烈的元朝。
《孫子兵法》一開始，就講到衡量戰爭勝負的“五事七計”。五事是“道、天、地、將、法”，實際主要是兩大方面：戰爭的合法性或正義性，軍事實力以及充分發揮這種實力的客觀條件。
先説後一方面。元朝軍隊的前身，蒙古帝國軍，雖然橫掃歐亞，戰績輝煌，可畢竟不是百戰百勝的天兵天將。出使蒙古的南宋人徐霆説了：“彼亦是人，如何不怕死！”（《黑韃事略》）蒙古帝國的軍事機器要成功運轉，必須有一套相應的機制和條件加以配合：
充分的戰略情報和戰術偵察，利用敵內部矛盾，極盡分化瓦解之能事。徐霆説，蒙古軍打仗，哪怕是小分隊，也“必先發精騎，四散而出，登高眺遠，深哨一二百里間，掩捕居者、行者，以審左右前後之虛實”。
廣闊綿長的戰線，便於大軍團側翼迂迴、縱深突破，也就是英國戰史學家李德·哈特（B. H. Liddell Hart）對蒙古軍讚不絕口的“間接路線戰略”。
温和的氣候條件和平坦的陸地，便於騎兵衝突機動。元朝軍隊出征東亞和南亞，因為無法克服惡劣的氣候和地理條件，“蒙古軍馬亦不能施其技”（《元史·安南傳》），就和傳統中原王朝的軍隊處於同一起跑線上，表現平庸。
迅速吸收、轉化被征服地域的先進軍事技術、人力和物資資源，投入新的戰爭。正牌蒙古軍人數不多，但收編了大量被征服民族的軍隊。新興的元朝水軍、震撼襄陽的西域炮、夾河兩岸部署“馬、步，翼以炮弩”的三面攻擊法，等等，都是蒙古人吸收轉化軍事技術的典範。
前面這些表明，在兩次東征日本的戰爭中，以上四個基本條件，一個都沒發揮作用。
再來看“道”。狹義理解，道是民心向背（“令民與上同意”）；廣義理解，道是大義名分，是合法性（legitimacy）。蕭啓慶形容忽必烈“嗜利、黷武”，他對鄰近及海外諸國發動的一連串戰爭，不是鞏固大一統所必需，而是“蒙古世界征服戰爭的延續”。
忽必烈完成統一戰爭後，毫不顧及中國瘡痍滿目、亟待休養生息的現實，匆匆忙忙全力驅動中國社會超負荷運轉，以滿足少數人的野心和慾望。這種做法，即便在元朝內部，也不得人心。許衡、王磐、趙良弼等人勸阻在前，相威、昂吉兒、崔彧、劉宣、魏初、申屠致遠等人諫止在後。他們的看法，可以代表很大一部分進入統治集團的知識精英的反對立場。太子真金（Jingim）因死得早，未能即位，他的兒子元成宗登基後，追封他為“裕宗”。翰林詞臣撰寫的《冊文》列舉了真金的三件主要“政績”，有“弭兵日本，廣先皇柔遠之仁”。（張伯淳《養蒙文集》卷1）可見，就連忽必烈一手培養的接班人也看不過去。遺憾的是《元史》對此一字不提。
忽必烈驅使各族百姓，供給軍需，四處征戰，其居心和手腕，好似北魏的太武帝拓跋燾。太武帝圍攻南朝要塞時，寫信給對方守將説：我派來攻城的敢死隊（鬥兵），都不是我大魏的鮮卑人，“城東北是丁零與胡，南是氐、羌”，閣下請儘管殺。丁零人戰死，等於少了點在常山、趙郡作亂的潛在賊徒，胡人戰死，“減幷州賊”，氐人戰死，“減關中賊”，朕左右不虧。（《宋書》卷74《臧質傳》）受忽必烈驅使充當炮灰的普通人民，自然也是不甘和憤怒的。鄭思肖就痛斥忽必烈的徵日工程是：
已刳江南民髓幹，又行並户抽丁語。兇焰燒眼口竟啞，志士悶悶病如蠱。（《元韃攻日本敗北歌》）
他還在《元賊謀取日本二絕．其二》中形容第二次出征日本的新附軍“此番去者皆銜怨”。這些話雖然出自與蒙古統治者勢不兩立的南宋遺民之口，大體還是實情。
中國古代的先賢歷來堅持，戰爭的合法性必然決定戰爭的勝負。這種看法雖然有些迂闊，有時也其應如響。西漢的魏相有“五兵”論：
救亂誅暴，謂之義兵，兵義者王。敵加於己，不得已而起者，謂之應兵，兵應者勝。爭恨小故，不忍憤怒者，謂之忿兵，兵忿者敗。利人土地貨寶者，謂之貪兵，兵貪者破。恃國家之大，矜民人之眾，欲見威於敵者，謂之驕兵，兵驕者滅。（《漢書．魏相傳》）
忽必烈兩次東征日本，從道義上説，既是“忿兵”、“貪兵”，也是“驕兵”，早就被傳統戰爭哲學判了“死刑”。
我們再想想他手下一干將帥齟齬猜忌、互相掣肘，還有那一敗而餒、遠遁千里的糜爛軍紀，只好説，忽必烈的徵日戰爭，在“道、天、地、將、法”五項上，分數全都不及格，就算沒有“神風”，他的贏面又有多大？
當然了，即便如此，還是會有人像當年的留日學生一樣，覺得“那時倘非天幸，這島國早被我們滅掉了”（魯迅《墳．説鬍鬚》）。這個觀念的背後，其實是一種比乍看上去要深刻得多的民族心結。
因為，中國，這個在亞歐大陸的東方成長起來的、具有相對連續性的政治—文化共同體，歷史上有許多足以傲人之處，近代以前卻一直承受着地緣政治帶來的某種“詛咒”：在中華帝國的北方，在農耕地帶的邊緣，自秦漢時代的匈奴開始，總有一個來自內陸草原的強敵徘徊窺視，迫使它投入大量的經濟和軍事實力，而極少想到去經營東面的大洋。突厥之於唐，契丹、女真之於宋，蒙古之於明代，準噶爾和沙俄之於清，都是如此。所以王柯才説，中華文明是一個大陸文明，“歷代王朝能夠在西北建造起雄偉蜿蜒的‘萬里長城’，卻從沒有一個王朝想要到東南去建設一支海軍力量”。
其實，忽必烈時期的元朝，恐怕是唯一的例外，也是唯一真正試圖把軍事力量投射到今天常説的西太平洋“第一島鏈”以外的中國王朝。雖然忽必烈是個蒙古人，而且他經營“第一島鏈”，不過是零敲碎打、毫無章法、破綻百出，最終也沒有什麼成績，畢竟算是一個轉瞬即逝的歷史契機。
最後，就元朝政權自身的發展而言，忽必烈長達二十多年的窮兵黷武，真可謂“奮六世之餘烈，振長策而御宇內”，“執敲撲而鞭笞天下，威振四海”，誠然快意，畢竟缺乏宏遠之規摹，耽誤了元朝最關鍵的“門檻”跨越期。
自從邁克爾．曼（Michael Mann）在《社會權力的來源》中提出四種權力來源（經濟權力、意識形態權力、軍事權力和政治權力）以來，許多政治學家和歷史學家用這組概念來研究“帝國”的實力建構。赫爾弗裏德．明克勒（Herfried Münkler）就説，在帝國擴張時期，主要依靠軍事優勢和經濟優勢，但到了鞏固階段，就要更多加強政治和意識形態實力。這個轉折又稱為“奧古斯都門檻”，因為奧古斯都（可算第一位羅馬皇帝）在遺囑中禁止再搞軍事擴張。跨越奧古斯都門檻，就是逐漸消融中心和邊緣（例如腹裏和江南）之間的政治和經濟差距，逐步取消征服者的法律特權，多借助政治制度和意識形態建設，降低統治的成本，最大限度延長帝國有序和繁盛的週期。
大元帝國此關鍵轉折，本該發生在至元十三年到至元三十年間，也就是忽必烈統治的後半期。忽必烈兩次徵日失敗，早就在提醒他，元朝在各方面已經達到了軍事擴張的極限。
跨越奧古斯都門檻，有點類似蕭啓慶説的從“統一”到“統合”（national integration），但是涵義更寬泛，也更注重動態過程。蕭啓慶認為，元朝雖然實現了統一，在意識形態、族羣政治參與、民族融合和階級鴻溝等方面“統合”失敗。其實，也等於説，大元帝國摔在了奧古斯都門檻之前。
茲比格紐．布熱津斯基（Zbigniew Brzezinski）認為，一個成功的帝國，需要在政治上有生命力，意識形態有靈活性和吸引力，掌握遠距離投射軍事實力的能力和上游關鍵技術，控制貿易網路，等等。這是順利跨越了奧古斯都門檻的帝國。但是，這個圖景離元朝非常遙遠，歷史也無法推倒重來。
綜合各種西方理論言之。其實，對於忽必烈發動的兩次征伐日本戰爭，鄭思肖還有一個更加簡明而犀利的評價，出自他的《元賊謀取日本二絕．其二》：
海外東夷數萬程，無仇於韃亦生嗔。 此番去者皆銜怨，試看他時秦滅秦。
“秦滅秦”是什麼意思呢？説日本是“秦”，有雙關意：一是相傳日本人是秦始皇派出求仙的方士徐福的後裔，也算“秦人”；二是在鄭思肖看來，“東夷”素來“蠻頑”，和“胡元”屬於一丘之貉，都彷彿傳統歷史的大反派——“暴秦”。元朝同日本的戰爭，甭管誰贏，不過是一個“秦國”去滅了另一個“秦國”。
不要小看了這句“秦滅秦”，它包含了非常生動的儒家政治哲理。
公元前三一四年，燕國發生內亂。鄰國的齊宣王想趁火打劫，兼併燕國。據説，齊國有個叫沈同的大臣，私底下請教孟子：“燕國可伐嗎？”孟子答得很乾脆：“可以，燕國君臣無道，當然可伐。”齊國果然出兵攻打燕國，“殺其父兄，繫累其子弟，毀其宗廟，遷其重器”。燕國百姓恨透了齊國，齊兵剛打下來的城池，又舉起了叛旗，其他諸侯也對齊國虎視眈眈。
於是有人質問孟子：“不是你勸説齊國伐燕的嗎？現在怎麼搞到了這個地步！”
孟老夫子一拍大腿：哪有此事！沈老弟問的明明是“燕國可伐嗎？”我説可以，他轉身就去召集軍隊了。哪怕他再耐心多問一句：誰有資格伐燕？（“孰可以伐之”）我就會説，只有行仁政、誅無道的“天吏”，才有資格伐燕。好比有個殺人犯，如果別人問我：這犯人該殺嗎？我當然只能回答：該殺！如果他接着問：“孰可以殺之？”我會告訴他：只有執法人員“士師”才有資格殺這人。如今齊國和燕國一樣無道，還敢去打燕國，豈不等於“以燕伐燕”？我怎麼會贊同呢？（《孟子．公孫丑下》）
忽必烈征伐日本，難道不是“以秦滅秦”、“以燕伐燕”嗎？