他深得楊堅器重，卻因小利被隋煬帝除名為民

於仲文，隋朝的名將，他出身公卿之家，祖父於謹為北魏、西魏、北周時期著名的軍事將領，父親於寔為北周大左輔、燕國公。於仲文自幼就聰明好學，長大後更是聲名遠播。《隋書·於仲文傳》稱：“少聰敏”，“祠攪有大志”。

大象二年（580年），北周文帝宇文泰外甥尉遲迥謀反，其部將檀讓很快佔領了黃河以南大部分地區，尉遲迥派人想誘降東郡太守於仲文，被拒。

惱羞成怒的尉遲迥，隨即派部將宇文威攻打於仲文，反被斬殺將士五百多人。之後，尉遲迥再派宇文胄、鄒紹兩面夾擊於仲文。

看到叛軍人數眾多，於仲文不敢貿然出擊。而此時東郡的赫連僧伽、敬子哲等人也率眾響應叛軍，嚇得於仲文連自己的妻兒都顧不上，更別説城內將士百姓了，僅率六十多個精鋭騎兵從西城門殺出重圍。等到京城時，只剩下他一個人了。尉遲迥派人將於仲文的三子一女殺掉，其妻卻下落不明。

丞相楊堅為籠絡人心，將於仲文升任為大將軍、河南道行軍總管。代周稱帝后，楊堅又任命他為行軍元帥，率十二道總管，出擊突厥，突厥可汗見隋軍軍容嚴整，竟不戰而退。

後來於仲文受到叔叔太尉於翼犯罪牽連，被關進監獄，於是上書辯解：“……臣不顧妻子，不愛身命，冒白刃，潰重圍，三男一女，相繼淪沒，披露肝膽，馳赴闕庭……”據説隋文帝閲覽奏章後，為之動容，於是下詔將於翼、於仲文叔侄都釋放了。

開皇十年（590年），江南人高智慧反叛朝廷，自稱皇帝，朝廷派行軍總管於仲文前往江南平叛，當時，軍中嚴重缺糧，米價暴漲，於仲文趁機倒賣軍糧。後被隋文帝免去所有官職。次年，由於戰事頻仍，朝廷再度起用於仲文。

公元613年，隋煬帝命九路大軍征討高句麗，於仲文是其中一路。據《三國史記》載，隋煬帝令“左翊衞大將軍宇文述出扶余道，右翊衞大將軍於仲文出樂浪道”。

此時，高句麗將領乙支文德受高句麗王派遣，到隋營詐降，“實欲觀其虛實”。在此之前，宇文述與於仲文收到隋煬帝楊廣密旨，如果高句麗王或乙支文德來隋營便“執之”。乙支文德進入隋軍大營時，於仲文就準備遵旨擒下他，卻遭到隋軍慰撫使劉士龍堅決反對，於仲文不得不放了乙支文德。但是很快又“深悔之”，命人追上乙支文德，騙他説：“於大將軍還有事要與你商量，請返回隋軍大營。”乙支文德看破伎倆，繼續渡過鴨綠江回到高句麗軍中。

據説，走之前，乙支文德遺書給於仲文，寫道：“神策究天文，妙算窮地理。戰勝功既高，知足願雲止。”表面上是勸於仲文退兵之意，其實高句麗已經布好陷阱，只等隋朝大軍進入，又怎能希望隋軍撤退呢？可見，他用的是激將法，實際上是害怕隋軍撤走，所有的心血毀之一旦。

可是，於仲文的確被激怒了，他一直主張追擊。

當時宇文述、於仲文兩人因為放走了乙支文德，違背楊廣旨意，心中難安，又為是否“以精鋭追文德”發生爭執。

實際上，當時的隋軍由於沒有對糧草補給作合理的安排，於仲文只得命令兵士自己隨身揹負自己的口糧，但是還要背軍器輜重，這樣一來嚴重消耗了軍士的體力。為保證可以行軍，軍士們就自己想辦法，軍資器械不敢丟，就偷偷地丟下糧食，還未到目的地，軍士們幾乎斷糧了。

當時很多將領都主張班師回朝，只有於仲文一人反對，曰：“將軍仗十萬之眾，不能破小賊，何顏以見帝！且仲文此行也，固無功矣。”宇文述問：“何以知無功？”仲文答：“昔周亞夫之為將也，見天子軍容不變。此決在一人，所以功成名遂。今者人各其心，何以赴敵。”最終於仲文“繼續追擊”的“提案”得到贊成。於是，隋軍渡鴨綠江，追擊高句麗軍。

等隋軍抵達薩水時，高句麗軍隊採取誘敵深入的戰略，讓隋軍七次皆小勝，一直打到“去平壤城三十里”，方才紮營。

隋軍連續幾次都攻不下平壤城，宇文述見將士疲憊不堪，且平壤城十分堅固，於是開始退軍。當隋軍半渡薩水之時，高句麗軍趁機全力進攻，隋軍慘敗。《隋書·煬帝紀下》載：“大業八年七月，壬寅，宇文述等敗績於薩水，右屯衞將軍辛世雄死之。九軍並陷，將帥奔還亡者二千餘騎。

戰後，煬帝回到東都，並在大業八年十一月，將“敗將宇文述、於仲文等併除名為民，斬尚書右丞劉士龍以謝天下”（《隋書·煬帝紀》）。作為軍中“慰撫使”，劉士龍是堅持放走乙支文德的主要人物，最後被楊廣斬了，以謝天下。

聲勢浩大的隋軍第一次征伐高句麗，最終以失敗告終。