先寫結論：
1、國內的大型樞紐站基本上能保證有規律發車，但整點發車不是所有大站都能保證;
2、國內線路普遍偏長，車底交路比較複雜，因為高鐵降速的原因導致時刻表越來越亂;
3、小站因為經停、跨越車次不同，距離也不是平均分佈的，所以無法保證有規律發車;
4、國內線路上跨線車越來越多，對於成網的線路來説，要做到完全有規律非常困難;
展開來説每一條：
第一條：國內的大型樞紐站基本上能保證有規律發車，但整點發車不是所有大站都能保證
其實北京南 - 上海虹橋的 Gnn 車次就是完全規律的：
G11 8:00
G1 9:00
G13 10:00
G15 11:00
G3 14:00
G17 15:00
G19 16:00
G21 17:00
實際上北京南的大部分車都是有規律的，基本做到按 5 分鐘發車間隔的空擋排圖，對齊到 5 分鐘發車的例子有：
G103 7:05
G471 7:10
G261 7:15
G57 7:25
G177 7:30
G11 8:00
G381 8:00
G31 8:30
G109 8:35
G111 8:40
G165 8:45
G1 9:00
G113 9:05
G41 9:15
G13 10:00
G119 10:05
G265 10:10
G181 10:45
G15 11:00
G123 11:05
G125 11:10
G33 11:15
G411 11:20
G127 11:35
G4287 11:40
G6787 12:55
G29 13:35
G137 13:40
G59 13:45
G3 14:00
G43 14:05
G17 15:00
G35 15:05
G143 15:10
G145 15:30
G475 15:35
G19 16:00
G147 16:05
G195 16:10
G37 16:15
G149 16:25
G151 16:30
G21 17:00
G153 17:10
G157 17:45
G159 17:50
G201 17:55
可能有人會説實際好像不是，京滬上有很多不整 5 分鐘發車的，請看第二條。
第二條：國內線路普遍偏長，車底交路比較複雜，因為高鐵降速的原因導致時刻表越來越亂
國內大部分車底都是複用的(套跑)，比如 G1 次車底的交路信息是 G1-G142-G179-G196，雖然能保證 G1 次是整點發車，但回來的 G142 就不好保證了，因為到站後要整備，要佔用站台(太長太短都不行)，要組織上下客(中國旅客大部分都是長途旅行，所以組織上下客的時間比國外要長的多)。
因為這些原因，導致了某些車底只能單方面對齊時間，還是以京滬高鐵為例，京滬高鐵的普遍現象是，上午發的車基本上都是對齊到 5 分鐘，下午發車就沒那麼有規律了，因為下午的車有不少都是要折返的。
並且最早的高鐵時刻表都是按照 350km/h 排圖的，但降速以後運行時間也發生了變化，導致原本能對齊時間的變得不對齊，這也是一個重要因素。
降速對城際線路時刻表影響特別大，我記得原來京津城際線路都是對齊到 5 分鐘的，後來完全混亂了，歷史時刻表可以參考這裏：京津城際鐵路，比如第一班 C2001 本來是 6:30 發車，現在是 6:13
第三條：小站因為經停、跨越車次不同，距離也不是平均分佈的，所以無法保證有規律發車
這一點不少回答裏都講了，因為中間站間距不均勻，無法做到有規律發車，而車速又是固定的，這裏就不展開説了。
第四條：國內線路上跨線車越來越多，對於成網的線路來説，要做到完全有規律非常困難
國內高鐵正在逐步成網，跨線車非常多，很多車次都是後加進去的，比如哈爾濱(瀋陽)- 上海虹橋(青島)的車，要跨越多條線路，只能在時刻表上見縫插針，如果想要保持時刻表的整齊，唯一的方法可能就是大規模調圖了，但未來如果又新接入一條線，可能還需要再大規模調圖一次，所以新加的車很多都是不整點整分對齊的。
如果未來高鐵網絡基本定型了，那麼時刻表可能會慢慢恢復到對齊的情況，但這也只是可能而已。
其實不僅僅是高鐵，普速車過去也都是對齊的，只不過國內高鐵的發車間距是 5 分鐘，比較容易看出規律，普速線路是 7 分鐘發車間距，規律不那麼明顯。北京站過去在京滬線上跑的 Z 字頭的車，發車時間是 19:00/19:07/19:14/19:21/19:28/19:35，所以很多線路原來可能都是有規律的，因為國內近些年鐵路也在發展，所以時刻表經常改變(不像很多國外線路都已經定型很多年了)。
補充
如果題主希望的是時刻表非常有規律，停站很精準，至少現階段是不太可能的，因為新增一個線路，添點跨線車，時刻表就毀一次，所以只能等到未來線路建設穩定下來以後才可能見到穩定的時刻表。
時刻表無規律的另一個問題是缺車，中國鐵路的一個明顯特徵是旅客乘坐距離較長，導致上下客整備時間長，各個路局只能儘可能的多開車，這樣時刻表是不可能有規律的。典型的例子是鄭開城際，只有一組車底，還兼做線路檢測(DJ 車，不能載客)，這樣時刻表就不可能有規律了。
目前看到的最有規律的就是 G7001~7029.