消息人士稱，納土納羣島周邊海域此次爆發的衝突，進一步激化了越南與印度尼西亞之間的矛盾，越南被扣押的三艘漁船上有26名船員，印尼當局並沒有釋放這些違法人員。此事發生之後，白宮相關人士暗示印尼此舉闖下了大禍，他們的行為破壞了美國在南部海域的計劃。
印尼負責人佐科上台之後，他想要將印尼發展成為海上強國，所以印尼當局在處理涉及海洋問題的時候，態度十分的強硬。越南、印度尼西亞、馬拉西亞三個國家一直都有領土領海糾紛，這樣的糾紛從荷蘭殖民者控制納土納羣島的時候就已經出現。為了整治越南漁船的越境打撈行為，印尼海事部門的巡邏船隻要發現越南漁船，他們就會扣押對方的漁船，而這些被扣押的漁船直接由印尼軍方處理。此前，印尼就通過炸彈，炸燬了幾百艘越南被扣押的漁船。
分析人士認為，印度尼西亞這次的舉動，出乎了所有人的預料，因為越南剛剛獲得美國的支持，於情於理印尼都會給越南留點面子。但是，印尼此次卻直接出動軍艦扣押越南船隻，他們這樣的行為絲毫沒有給美國留面子。結合此前納印尼方面對於南部海域問題的表態，分析人士推斷印度尼西亞當局不想倒向美國一面，印尼負責人希望通過這種制衡的方式，來贏得兩大國為他們提供的各種援助與經濟合作機會。
受到地理環境因素的影響，越南與印度尼西亞的海軍水平並不高，由於印度尼西亞與美國的合作時間很長，所以他們得到了很多美國的軍事武器援助。雖然越南近年來裝備了俄羅斯的輕型軍艦，但是其整體海軍實力相比於馬拉西亞要弱一些，而印尼卻也無法在其它軍事領域戰勝越南，畢竟越南是硬抗過美國進攻的國家。
從7月初開始，美軍航母戰鬥羣頻頻出現在南部海域，五角大樓這樣的行動安排，是為了強化自己對於亞太地區的控制。為了師出有名，美國想要拿南部海域歸屬問題做文章。但是，菲律賓、印尼等國對於美國的暗示一直都視而不見，雖然美國成功拉攏了越南，但是美方最想要拉攏的還是菲律賓與印尼這兩個國家。