iOS系統的安全性一直備受讚譽，但由於系統的封閉性，也給一些用户帶來了不便。因此，在2007年第一代iPhone發佈之後不久，就有人針對iPhone手機發明瞭“越獄”。2008年，軟件工程師傑伊 · 弗里曼（Jay Freeman）創立了Cydia應用開發商店，3年之後，Cydia的年營收就達到了1000萬美元，讓蘋果公司損失了不少收入。
限於美國法律規定，蘋果無法起訴Cydia，因此，蘋果一直在升級系統，提升越獄的難度。近期，Cydia卻將蘋果公司告上了美國加州奧克蘭的聯邦法院，指控蘋果為了維護App Store的壟斷地位，非法打壓其他競爭對手，剝奪了消費者選擇iOS應用渠道和開發者選擇分發渠道的權利。Cydia表示自己受到的損失極大，已經瀕臨倒閉，隨時可能破產。
對於此事，蘋果公司在郵件中表示，出於安全原因，他們不希望消費者進行越獄操作，為iPhone安裝未授權的軟件。蘋果認為，他們並沒有壟斷市場，更沒有非法打壓其他公司。此前蘋果曾表示，越獄已經構成了侵權，越獄後的iPhone或iPad不在保修的範圍之內。
App Store對於上架的應用抽成為30%，僅去年一年，App Store營收就達到了500億美元，已經成為了蘋果公司賺取利潤的主要途徑之一。但是對於大多數應用開發者而言，這個抽成確實有點高了。眾議院司法委員會今年7月的一份報告顯示，蘋果還計劃在某些應用中將抽成提高至40%。這當然遭到了眾多開發者的反對。為了安撫開發者，11月蘋果表示，對於在App Store總收入不超過100萬美元的開發者，抽成降低至15%。
由於App Store的抽成太高，許多開發者為了增加收入，只能提高服務項目的價格，將成本轉嫁到消費者身上。因此，之前有不少網友抱怨，自己的蘋果手機充值和消費比安卓手機要高一些。蘋果現在家大業大，完全可以嘗試着讓利開發者與消費者，至於這些越獄軟件，只要App Store足夠良心，他們自然會消失。
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