淡水水產養殖中的常見藻類大致分為：藍藻門、裸藻門、金藻門、甲藻門、隱藻門、矽藻門、綠藻門、黃藻門等。
藍藻、微囊藻死亡後產生的毒素更大，抑制其它藻類生長。螺旋藻不易消化、顫藻不易消化、平裂藻、項圈藻、魚腥藻、微囊藻易產生水華。其中有的是有益藻類，則有的是有害藻。
藍藻的生存競爭力很強。藍藻的發生很大程度上取決於溫度。藍藻繁殖時對溫度敏感，水溫在17℃以下時，不會大量發生，或者不會對魚類構成危害。當水溫上升到28℃時，由於其它藻類的生長受到抑制，同時又大量被魚類吞食，溫度高魚類攝食代謝增強，藍藻很容易形成優勢種群而大量爆發。
藻類喜歡偏鹼性的水體，高pH值(pH8.0~pH9.5)會促進藍藻的發生，故在藍藻暴發時應避免使用潑灑石灰水的方法改善水質調節。
2.氮磷比
藍藻既可利用水體中的氮，又具有更高的利用磷的能力，低氮磷比或含磷較高富營養化的水體都可能導致藍藻的大量發生。適當提高氮磷比可在一定程度上抑制的藍藻的生長。
3.生態關係
藍藻與其它藻類一起構成池塘生態系統的生產者，提供了89%以上的溶氧。因此這些生產者除了參與生態系統的物質迴圈外，也影響到魚類的生存(見下文5.藍藻的危害)。
4.藍藻水華的成因
不同階段的關鍵因素不同，一般可以將藍藻水華的形成分為四個階段：休眠、復甦、生物量增加、上浮。
上浮後形成藍藻水華，然後開始出現轉水。
5.藍藻的危害
藍藻可以改變膨壓浮力，在高溫強光照的天氣情況下，聚集在水體表層，吸收了大部分的陽光，在自己大量繁殖的同時抑制其它藻類的生長。藍藻的大量繁殖，不斷向水體分泌有毒代謝物質，從而影響浮游生物的種群演替、繁殖週期，還可引起一些浮游動物的大量死亡。
藍藻顆粒很難被魚類消化，大量繁殖後很快就會成為絕對優勢種群。這種透過種空間競爭形成的過度繁殖，必然也會帶來種內鬥爭，這種內鬥的結果又將導致大量的藍藻死亡。藍藻的大量死亡使得水體的生產者銳減，造成水體中的溶氧供應嚴重不足。同時，藍藻死亡分解也會消耗大量的溶氧，釋放大量羥胺、硫化氫等有毒物質。在嚴重缺氧和有毒物質存的條件下，魚、蝦、蟹類會大量死亡，甚至全部死亡。
6.控制藍藻的方法
當藍藻大量發生時，可選用殺藻藥物區域性殺藻，其後再重新培養藻類。
(1)加註不帶藍藻的新水
由於藍藻比其它藻類具有更強的競爭力，因此控制措施以預防為主、防重於治。徹底清塘消毒可有效殺滅藍藻、降低基數，可減少大規模發生的可能。同時應注意避免隨加水帶入藍藻，對控制藍藻也有積極意義。
(2)定期換水
對於含有較多藍藻的池塘，經常大量地換新水，可稀釋藍藻的濃度。同時也稀釋了藍藻分泌的毒物濃度，促進其它藻類的生長和保持整個生態系統的動態平衡。
(3)放養一定數量的濾食性魚類
雖然藍藻不易被消化，但由於其顆粒較大，更容易被濾食性魚類攝食到體內，在一定程度上延緩、阻礙了藍藻的生長。可供選擇的魚類有白鰱、花鰱、白鯽、羅非魚等。實踐表明放養一定數量的濾食性魚類時，基本不會爆發藍藻。
1.裸藻的發生
產生裸藻水華的水環境：裸藻喜歡生長在有機質豐富、靜止無流水的小水體中，並在營養充足時大量繁殖形成水華，成為水體中優勢種迅速佔領整個水錶面。
2.水華形成的適宜溫度和季節
裸藻適宜生存的溫度範圍較廣。水華形成的適宜溫度為20～35℃，生長期橫跨春、夏、秋三個季節，尤以6、7、8、9月份生長最旺盛。
3.裸藻的危害
藻很難消化，利用率低，魚類不喜攝食；裸藻大量死亡時容易敗壞水質調節，分泌的物質還對魚、蝦、蟹類產生毒害作用。
大量換水，使水體形成微流水。由於裸藻喜在有機質豐富、靜止無流水的小水體生活，大量換水能改變這種環境，使得裸藻不易在流水中或新水中繁殖。
可以用殺藻藥物進行區域性殺藻，其後再用糞肥進行肥水，有良好的效果。
1.三毛金藻的發生
三毛金藻為廣鹽性藻類，在含鹽600—700毫克／升的水中仍能生長、生長適溫10—30℃，適宜pH值6.5—9。三毛金藻怕陽光(與藍藻喜光相反)，多生存於水的中下層，一年四季均有發生，但主要發生在低溫季節。
三毛金藻主要發生在沿海鹽鹼地區鹽鹼度較高的池塘。發病池水清瘦，水中沒有別的藻類，水色為淡黃色，水中有大量三毛藻時水呈棕褐色。
2.三毛金藻中毒的症狀
隨機撈取瀕臨死亡的白鰱、鯽魚觀察，可發現體表鰭基部充血，魚體後部顏色變淺；開啟鰓蓋發現鰓內有大量粘液，鰓絲輕度腐爛；解剖魚體，腸道無食，無明顯疾病灶。
3.三毛金藻的防治
（1）向池內注入較肥的水或臨近池塘的肥水，中毒症狀可暫時得到緩解。
（2）全池潑灑5—8克／立方米或高達20克/立方米的硫酸銨，使水中的氨離子達 0.06～0.10克/立方米，以抑制或殺死三毛金藻。
（3）每畝施尿素1—1.5公斤和磷酸鈣2—3公斤，繁殖浮游生物，可抑制三毛藻的生長。
（4）在發病初期可將毒水排放，加入新水或將魚捕出，轉入無毒水質的池塘中。
1.甲藻的發生
甲藻為一大類鞭毛藻的總稱，體呈卵圓形，大量繁殖時，常可改變其生活水域的顏色，有些甲藻可以作為某些水產幼體的餌料。甲藻喜歡生長在有機物質多、硬度大、微鹼性的水體中。它們大量繁殖時，水呈紅棕色俗稱“紅水”。在池塘中對魚類產生危害的甲藻有多甲藻和裸甲藻等，以溫暖季節較多。
甲藻對環境的改變非常敏感，如果水溫、pH值的突變，都會大量死亡。甲藻在繁殖過程中和死亡後，可產生多種毒素，引起魚類的神經麻木、代謝失調及呼吸障礙、最後導致魚類死亡。
3.控制甲藻的方法
（1）根據甲藻、裸甲藻、飛燕角甲藻對水溫、pH值等環境條件突變，都會促使它們很快大量死亡這一特性，當其大量繁殖時，可及時進行換水，使池水的水溫和水質突然改變而抑制其繁殖。
（2）甲藻的防控同藍藻。用0.7—0.8克／立方米硫酸銅全池潑灑，可有效殺滅甲藻。
1.隱藻的優點
隱藻是天然水域中最重要的鞭毛藻之一，隱藻含量豐富的水塘具有很高的生產力。隱藻的蛋白質含量較高(50%～70% )，而且某些種類，如卵形隱藻還含有較為豐富的不飽和脂肪酸，特別是具有較高營養價值的GLA (十八碳三烯酸)和EPA (二十碳五烯酸)，它們分別佔總脂肪酸含量的20%、16%和4%。
隱藻有較高的營養價值，加之其無纖維素的細胞壁極易被消化吸收。因而，隱藻是魚類及某些珍貴水產養殖動物的優質餌料之一。
隱藻的生長週期較短，容易發死亡，水色為灰褐色。
矽藻的優點
矽藻個體小，適口性好。運動速度及分佈情況與幼體活動習性一致，便於攝食，即攝食的機會更多。營養豐富且易於消化吸收，本身及其代謝產物無毒,，不影響幼體、苗種的正常生長。有利於優良浮游單細胞藻類繁殖，保障魚、蝦的營養充足，確保魚、蝦苗(用藥)吃飽長快，增強抗疾病力和提高成活率。
綠藻：盤星藻、新月藻、柵藻衣藻、空球藻、空星藻、實球藻、水網藻（對魚苗(用藥)有害）、水綿（水體清瘦絲狀藻類）、微芒藻。
1.綠藻的應用
由於綠藻具有易培養、細胞壁薄、營養豐富等特點，目前主要作為餌料應用於水產養殖業中。
2.綠藻的優缺點
在我們池塘養殖(水質改良)中大量生長的綠藻多為小球藻，因其個體較小，營養豐富，是輪蟲的優良餌料。能夠使水體中產生大量輪蟲，較為適合魚、蝦、蟹幼苗的培育。可直接作為水產幼苗的開口餌料，也可培育輪蟲用來餵養幼苗；但由於其個體較小，養殖的成品魚類對其的利用率不高，可作為調水產品來使用。
八、黃藻、膝口藻
黃藻、膝口藻在溫暖的季節，常出現於肥沃的魚池水體中。大量繁殖時，形成雲彩狀水華，水色呈黃綠色。是鰱、鱅魚的好餌料。
春季首先是矽藻種群的大量增長。矽藻高峰期一般不超過3個月，此後由於矽酸鹽枯竭(＜0.5毫克/升)或其它原因(動物濾食、菌類寄生等)，種群開始消退併為綠球藻類或某些甲藻所取代。這段時期如果生產層的養分能及時得到補充，生產力仍然很高。
夏、秋季節隨著綠藻的發展，水中含氮量降到極低點，因而仲夏以後固氮藍藻(魚腥藻、束絲藻等）取代綠藻而急劇增長。藍藻此時佔優勢的原因還與高溫度(25℃以上)、強光照、高pH值以及較少被採食等有關。藍藻水華期生物量很高，但生產力通常下降。
秋後由於光照的減弱和溫度下降等原因，會引起藍藻種群突然性地消退。此後，隨著秋季水層的垂直混合，環境條件又和春季類似，因而出現了矽藻的第二次高峰。
冬季初級生產力集中在溫帶中或富營養型湖泊中；冬季在低光照、短日照和低溫下，浮游植物生產力和生物量一般較低。
