元1398年,明太祖朱元璋逝世,因為太子早死,便由22歲的孫子朱允炆即位,史稱惠帝,年號建文朱元璋共有26個兒子,長子即太子,也就是朱允炆的父親;另一幼子也早死;其他24個兒子,全都分封為親王,到各重要地區駐守。
這些親王每人都擁有15000人左右的護衛部隊。在北方邊疆地帶,共有9個親王。地方的軍事調動,都要先報請親王核准。這種現象彷彿是西漢王朝時的藩王,手握重兵的親王讓少年皇帝朱允炆十分不安,朱允炆最親信的大臣黃子澄、方孝孺等,一致主張迅速削藩。朱允炆於是在登基的當年,就派遣軍隊奇襲開封,把分封在開封的周方孝儒畫像王朱櫧逮捕,廢為平民,貶謫到雲南。
這一來,所有的親王都大為震恐。公元1399年,朱元璋的第四個兒子,分封在北平(今北京)的燕王朱棣叛變,率軍南下,以誅齊、黃為名,起“靖難軍奪取了河北大部。朱允炆先後派老將耿炳文和膏粱子弟李景隆率師北伐,都被燕師打敗,朱允炆縱明成祖朱棣畫像火焚宮自殺經過四年史稱“靖難之役”的戰爭,朱棣奪取了帝位,改元永樂是為明成祖朱棣稱帝后,繼續實行削弱藩王實力的政策。他把齊王廢為庶人,將寧王徙封南昌,谷王徙封長沙。這樣,軍政大權進一步集中到了皇帝手裡。除此之外,朱棣也展開了大屠殺。首先便將黃子澄全族殺死。
其次是處斬戶部侍郎卓敬,滅三族。禮部尚書陳迪被磔死,6個兒子被殺,親屬180餘人廷杖後貶竄蠻荒這一場屠殺,大約死了14000餘人,罪犯的妻子和女兒,除了斬首的,大都發配為家奴或奴隸,或發配給妓院著名的文學博士方孝孺,是明初著名的理學家、文學家,通經史,擅詩文,博學多才。朱棣攻佔應天后,因方孝孺的文明,逼他為自己起草登基詔書。方孝孺自從惠帝死後,日夜慟哭。聽到朱棣召見,就身穿麻衣(古代的孝服)來見朱棣朱棣見方孝儒身穿麻衣,非常生氣,逼他草詔。方孝孺走到案前,提起筆,在詔書上大書了一個“篡”字,然後將筆扔在地上,對朱棣說:“萬世之後,你也脫不得此字!”朱棣大怒,喝道:“你不怕我滅你九族嗎?”方孝孺從容地回答說:“即使滅十族,又敢奈我何?”朱棣說:“好就滅你十族!當時,族中關係最緊密的是直系三族,擴大到整個家族才是俗稱的九族,並沒有十族一說。朱棣便把方孝儒的學生、朋友算了一族,湊足十族之數,873人被統統殺死方孝孺被殺時年僅46歲。
他死後,朱棣仍是餘怒未消,派人挖了方家的祖墳,並下旨:“藏方孝孺文者皆死。”但是,方孝孺的門客仍冒著生命危險,收藏了方孝孺遺稿,後來編成《遜志齋集》及《方正學先生集》等公元1421年,明成祖朱棣遷都北京。