刑訊逼供的濫觴。雍正八年湖北麻城塗如松案：八名人證在酷吏高仁杰刑審過程中“立斃杖下”，塗如松更是飽受重刑，只求速死。甚至署理麻城知縣湯應求也因堅持原讞，而被“連用夾棍，使其求生不得、求死不能”。乾隆元年河南鄭州強盜輪姦案，劉氏被施以竹板敲手之刑，“求死不得，只好供認賣姦”。嘉慶二十一年山東泰安徐文誥案，被嚴刑逼供的徐文誥，“兩膝潰爛，筋骨皆現，蛆毬出入如彈丸”。刑訊逼供之濫觴，不一而足。清代審判“務得輸服供詞”“據供以定案”。清末修律大臣沈家本，雖然後期主張廢除刑訊，亦不諱言曾對犯人“分班拷訊”，有時甚至“拷至日暮”。在清代，掌嘴、笞杖、夾棍、拶指，均是合法刑訊手段；法定之外的酷刑亦層出不窮。重刑之下，“畏刑甚於畏死”，又何以“刑獄平”？
任重而位卑的仵作。乾隆五十年海昇殺妻案：刑部仵作李玉接受賄賂後，“雖然認出烏雅氏脖頸上的傷痕並非致命傷，仍然以自縊喝報”。都察院西城仵作王國泰二次屍檢亦不敢翻刑部之案，直至乾隆皇帝震怒，另調大興縣仵作第三次檢驗，方報“顯系踢死”。嘉慶十四年江蘇淮安李毓昌案，仵作聽從知縣命令，“用水將血跡洗去”，並將屍體草草處置，在屍格單上填報自縊完事。道光元年刑部舞弊案，宛平縣仵作被買通，驗屍時便將致命傷隱匿不報，只喝報說“內損身死”。道光四年浙江德清徐氏案，前後仵作兩次蒸檢結論均是自縊身亡，直至另調外省仵作檢驗，方驗明“實系被掐身死”。命案之要，首在驗屍。仵作之職，對於推勘定讞至為重要。正所謂“獄事莫重於大辟，大辟莫重於初情，初情莫重於檢驗”。但以仵作地位之卑微，極難秉公勘驗。仵作與娼優隸卒同屬賤役，不僅薪俸微薄，而且地位低微，易被賄賂和操縱。一旦檢驗出錯，又責罰極重，所謂“工食本微，獲咎復易”。
考績與議處制度疏漏。清代地方司法之惡，以諱盜誣良最為昭彰。對於轄內強盜入室搶劫，甚至殺傷事主的案件，地方官吏極為牴觸據實立案上報。如若不能壓服事主，就往往諱盜為竊或諱盜誣良。誣良又通常是將罪名誣陷給事主的家庭成員。鄭州強盜輪姦案就是河南地方官隱匿盜情，層層羅織，而致無辜者十餘人被擬為死罪。道光年間四川遂寧胡氏姑嫂案，亦是知縣執意諱盜，重刑逼認胡氏姑嫂謀夫殺兄。諱盜誣良之肇因，首要是清代官員的考績制度。地方官如果不能在限期內破獲強盜案，就有“疏防”之罪。偵緝逮捕強盜的期限僅為四個月，以當時刑偵技術條件，可知捕盜破案之難。依清代議處制度，疏防處分不僅直接針對地方州縣官，而且向上連帶知府、道員和綠營副將。因此，地方官諱盜誣良，上司往往察而不發。
司法與行政混沌一體。清代地方司法與行政合一，《清史稿》雲：“知縣掌一縣治理，決訟斷闢，勸農賑貧，討猾除奸，興養立教。凡貢士、讀法、養老、祀神、靡所不綜。”瞿同祖稱州縣官是“一人政府”，司法與行政職權混沌一體，刑名錢穀都有關考績晉升。州縣官職掌司法，查勘檢驗、緝兇捕盜、監禁人犯、審理詞訟、執行判決等職權集於一身。州縣官雖然科舉出身，飽讀詩書，對律例卻不熟悉，而是依賴刑名幕友。幕友代批呈詞、代擬判決，卻又無權參加庭審，只是依賴幕後聆聽和閱卷。至於緝兇捕盜，更是全憑縣衙捕快。捕快雖是公人，但其為非作歹，“甚於盜賊”。清代名吏方大湜論捕役有八害，以豢賊分肥為最。
形同虛設的監督體系。清代地方審轉體系，本為層層監督設計，以避冤獄，但當時的司法監督體系形同虛設。“救官不救民者，上控之案，使冤得申，則官之禍福不可測；使不得申，即反坐不過軍流耳。而官之枉斷與否，則非所計也。”蒙冤事主一方只得遠赴京師控告，以求上達聖聽。鄭州強盜輪姦案，系經縣府司省多輪審理並由巡撫擬定，當事人親屬只能進京控訴。乾隆先是派出刑部侍郎吳應棻、內閣學士伊爾敦為欽差大臣覆審，後又遣令刑部尚書孫嘉淦會同河道總督白鐘山審理此案。泰安徐文誥案更是歷經一次部駁、兩次京控，方由嘉慶委派欽差平反冤案。清代刑事冤案，標在官吏舞弊，而本在制度設計。“滿朝朱紫貴，盡是讀書人。”星夜趕科場計程車子英才，素有修身齊家治國平天下的抱負。可惜，有的人卻隨宦海沉浮，依違積習，吏治廢弛，終是制度之弊。究問刑事冤案，如俗諺雲：“鹽打哪鹹，醋打哪酸。”如果刑訊逼供通行、司法職能不分、監督體系虛設的制度不求改變，刑事冤案定然不可避免。