中午宫里传诏，让百官穿朝服到户部领帛，然后至太和殿待命，众人这才知道顺治已经驾崩。张宸看到同僚魏思齐，忙向他打听君是谁，回答是：“吾君之子。”先前顺治提出传位于堂兄弟，廷臣中已有所耳闻，当然也听说了由此产生的争执。有争执，就可能产生政治动荡，包括张宸在内，无不对此感到担心和疑虑，如今听魏思齐一说，张宸松了口气，说：“我的心安定了。”
顺治是在前一天，也就是2月5日凌晨去世的。死前他听从了孝庄和汤若望等人的建议，决定含去福全，以玄烨为储君。这其中，汤若望的直抒己见起到了关键作用，时人对此倍加称赞，认为汤氏“最后则直陈万世之大计，更为举朝所难言”。二更天后，朝廷向百官发布顺治遗诏，遗诏中明确宣布玄为皇太子。接着宣诏官又让百官勿退，等候新天子登基。整个紫禁城都被笼罩在一片幽暗哀戚，但又让人有所期待和希冀的氛围当中，宣诏的时侯，还颇有鸣咽失声者，如今官员们全都擦干眼泪，集体露坐于午门之外，在漫漫冬夜和凉冽寒风中等待着新君的到来。
除了继承祖父和父亲的基业外，身为新君的玄烨必须同时接受父亲去世的现实。按照皇帝丧仪的要求，官人们剪去他的发辫，给他穿上全白的缟服，带着他前往乾清宫。顺治的灵柩就停放在那里，隔着上绣九龙的黄色帐慢，父子已然是天人永隔。玄烨在顺治的灵前行礼受命，刹那间，丧钟齐鸣，无数低沉的声音在冬月的京城上空进行穿越，仿佛都在做着最后的告别。
在得以返回皇官前，玄烨没有多少关于父亲的印象，等到回宫，与父亲近距离接触的机会也不多，大多数时候都是站在人群中默默注视，如今连这种默默注视也变得不可能了。从此以后，他只能在童年的零星片断记忆中竭力搜寻父亲的身影，其中也包括那段被迫与父母长期分离的避痘岁月。
直到晚年，玄烨还无限感慨地对身边人说起：“朕幼年时，未经出，令保姆护视于紫禁城外，父母膝下，未得一日承欢，此朕六十年来抱歉之处。”尽管话语中仍不胜凄凉之感，但显然并没有对父母亲的任何抱怨，有的只是放疚和遗够。怀念父亲最好的办法，莫过于道其所属。2月7日寅时(凌晨三至五点)，八岁的玄烨登上了俗称金銮殿的太和殿，“即皇帝位”。百官向他叩头行礼，随后新君颁诏大放天下，改明年为康熙元年，玄烨成了康熙皇帝。
登基典礼由其祖母孝庄皇太后亲自主持。孝庄是个很节约的人，顺治遗诏十款，有两款都是关于生活浪费的自我批评，“无益之地，靡费甚多”，它们其实都出自孝庄的意思，是孝庄借顺治的口气在责备儿子。不过孝庄为康熙登基所安排的卤簿仪仗，却没有一件是顺治用过的旧物，看上去焕然一新，于哀戚中尽显皇家之富丽。显然，孝庄一方面要以喜气来冲淡丧子的悲痛，另一方面也对康熙这个自己最疼爱的孙子寄予厚望，所以在他的登基大典问题上绝不肯草率。
失去父亲，让康熙更加珍视与母亲、祖母相聚相处的日子。1662年10月，康熙道祖母孝庄为太皇太后，尊生母佟佳氏为皇太后。佟佳氏从前在宫中受尽丈夫的冷落，如今因为儿子做了皇帝，地位得以大大提高。只可惜她并没有享福的命，仅仅几个月后就染上了重病，而且日见恶化。佟佳氏生病期间，康熙早晚陪伴在母亲身边，“目不交睫，衣不解带”，凡是煎制好的汤药，都要自己先尝一口，觉得不烫了オ用汤匙送到母亲嘴边。一个尚不满十周岁的孩子反过来服侍大人，未免让人觉得心疼，但对康熙而言，却可能是他人生中最幸福的时光之一，因为从小到大，唯有在这段时光中，他才真正找回了失去已久的母爱。
不光是要照料母亲，康熙每天还要数次到惹宁宫去向孝庄请安。见自己最疼爱的儿媳病情严重，已年过五十的孝庄同样忧心如焚，为了不让祖母过分担心，康熙在她面前总是“强敛容”，装出言行自若的样子，可是一出慈宁宫，便忍不住泪如雨下。1663年3月20日，农历的春分，“春分者，阴阳相半也”，佟佳氏就在这一天撤手人衰，她和顺治死的时候都只有二十四岁。
什么叫悲剧，就是上天假装把你最珍视的东西还给你，然后又当着你的面把它们统统揉烂碎！在佟佳氏的丧礼上，康熙插胸顿足，哭得肝肠寸断，根本停不下来，其间连水都不肯喝上一口，近待见了无不为之感动落泪。佟佳氏去世后，孝庄将康黑收养在了慧宁宫，她对康熙的保护非常周全，不允许孙儿再出现任何一点闪失。当年夏天，康熙将佟佳氏附葬于顺治所在的孝陵，本来他要亲自护送母亲的灵柩，但孝庄因担心发生意外，再三加以动阻，康熙这才没有出京。
康熙登基时，安徴桐城县有个叫周南的秀才跑到京城，上条奏提出十款建议，其中一款是按宋代太后临朝称制的先例，请孝庄垂帘听政，但遭到了孝庄的严词拒绝。孝庄屡经政治变更，具备极高的政治手腕，然而并无政治野心。当初顺治也是六岁即位，如果孝庄愿意，早就可以垂帘听政了，归根结底，做女皇从来都不是她的人生目标。
顺治突然病逝，是孝庄难以接受，但又不得不接受的一个结局。青年时代，她失去了丈夫，人到中年，又失去了唯一的儿子，人生之伤心事莫甚于此。顺治遗诏中写道“子道未终，永违太后膝下”，这既可以看作年轻皇帝临终自道的追悔和遗憾，也可以被视为孝庄的痛心之词。顺治大丧的那天，她穿着黑色素袍，一个人孤零零地走到乾清门的台基上，当“遥闻宫中哭声，沸天而出”时，这位一向非常善于掩藏自己情感的女人终于再也控制不住，“扶石栏立，哭极哀”。命运从此把孝庄和康熙这对祖孙年牢绑在了一起。
事实上，从顺治病危起，孝庄就已经开始扶持康熙，只是她很少直接发布谕旨，更多地还是像当年扶持顺治那样，对幼帝进行教海和训减，以帮助他尽快度过辅政期，学会亲自执政。在孝庄乃至苏麻喇姑的影响下，康熙平时不饮酒、不抽烟、不登墙、不看无聊书籍，可以说没有任何不良嗜好。1663年，某将领率部在外，于某地得一罕见的黄鹦，为讨幼帝喜欢，便以黄金作笼，献给康熙。康熙不但予以拒绝，而且对将领此举进行了责备。其实以他那样的年纪，正是喜欢活泼可爱的小动物的时候，之所以“却其献，严饬之”，就是因为祖母曾经给他讲过祖父皇太极拒收进贡铁雀的事，使他在潜移默化中懂得了玩物丧志的道理。
辅政初期，康熙的主要任务仍是学习。四书五经是中原帝王的必修课，也是满人入关后学习汉文化的重点，原本汉大臣一再建议为小皇帝配备学问高深的老师甚至是大儒，为他做系统讲授辅导，但因为辅政大臣们都不太支持，迟迟未子实行。无奈之下，康熙只好拜身边的宦官为师。当时的宫廷宦官主要收容自前明，明朝自万历以后，宦官即有“多学能书”及“宛然有儒风”的传统，比如教康熙句读的张姓、林姓两名宦官就都具备一定的文化素养。这也使得康熙在不影响公事的前提下，与身边的亲近宦官一直保持着比较好的关系，几百年后清朝覆亡，清宫里发现了数百封康熙的书信，其中有一些就是他写给宦官的私人信件。
康熙对自己要求很高，“日所读书，必使字字成通，从来不背自欺”。有一段时间因学习过于刻苦，影响了健康，甚至不得不进行针灸治疗，医生在针灸时，常会用点燃的艾条来温灼皮肤表面，这导致后来他最伯针灸，一闻到艾味，就会条件反射地感到头痛。