首先我们要明确一个概念清朝统治者不是害怕传教士本人，而是他所代表的势力以及他背后的支持者。在清代晚期随着一次、二次鸦片战争的失败清政府被迫和西方列强签订了一系列的不平等条约，在条约中别有用心的国家把传教自由等相关权益硬加入了进去，这些国家中以英国、法国为代表，这些国家主要是基督教里面的新教和天主教，他们是宣扬宗教精神喜欢四处传教的，尤其以法国的天主教为最积极的一支。所以在清末法国的天主教想中国派遣了大批的传教士来传教，妄图扩大天主教的影响力从而进一步影响政局。下面我将从几个方面来谈谈：
法国在中国建的天主教堂
法国的天主教
根据资料记载，天主教在法国历史上曾经长期占据统治地位，欧洲宗教改革时期，天主教徒与新教胡格诺派发生过猛烈冲突，后者曾惨遭迫害。17世纪天主教改革在法国大获成功，天主教虔诚精神盛行，圣徒不断涌现，18世纪它受到启蒙运动、自然神论和唯物论的猛烈批判，法国大革命时期取消其合法地位，1801年拿破仑一世为了自己的政治目的与罗马梵蒂冈的教皇签订和约，承认它是法国大多数人的宗教。19世纪反教权主义在法国盛行，直到本世纪初达到顶峰，1905年通过法律实现了政教分离。
可以说在18世纪以后天主教在法国的影响已经根深蒂固了，法国大部分的百姓和皇室贵族大部分都信仰天主教，在20世纪政教分离以前，天主教在法国的所有宗教里面一支占有统治地位。且天主教比较重要的一项使命就是在全世界宣扬传播天主教，法国在他自己的殖民地都有天主教传播机构和团体，晚清时期的中国自然也是它重要的宣传场所之一。
所以在二次鸦片战争后法国从本土派出了大批的传教士深入中国，不只是沿海的开放城市和交通枢纽，广大的内陆和偏远地区也派人去传教，真的可以说是无孔不入，这些举动自然和当地的势力发生了激烈的冲突，所以晚清的教案多发，基本都是天主教传教士和地方百姓之间爆发的冲突，甚至导致了很多传教士和百姓的伤亡，清廷处理善后也大多数都是以满足列强的要求结案。
西方传教士传教用的书籍
传教士的情况
这些基督教的传教士假借条约传教自由之名，一路顺着大江大河深入中国内陆偏远地区传教，他们是包邮多从目的地，可不只是简单的传教而已。
西方国家的这些传教士都是背负一定使命的，他们基本都和本国的使馆联系密切，肩负着收集地方资料情报，传播基督教，吸收地方百姓入教，甚至在本国政府的指示下干涉地方政务等，可以说是抱有多重目的的。当然如果可能的话，他们还希望能在中国建立起影响政局的强大宗教势力，为西方的列强服务从中国获取更多的利益。
清廷之所以对这些传教士那么忌惮，主要还是他背后有人支持，他们可以随时联系本国使馆对地方官员施加压力，也通过本国政府对清廷中央的相关决策进行影响和干预，毕竟西方国家的实力摆在那里，硬碰硬是没有好结果的。在地方爆发的多起教案中即使是传教士的问题清廷也不敢公平公正地处理，很多时候都是妥协了事。
天主教派往清廷的传教士图
综上所述，清廷统治者害怕的不是传教士本身而是他背后的支持势力，他们狼狈为奸对地方事务进行干预，大大的损害了清朝国家的主权。