先说结论，提问者对同学的建议是正确的，PS 的盒盖最好取出后再将食盒放入微波炉，但这跟熔化的关系不大。
说一些全面的内容，这样更好理解这个问题，没兴趣的话可仅看黑体字;
对于塑料，我们需要掌握两项常识，这样就有利于我们平时养成良好的使用习惯：
1、塑料的本体是高分子，绝大多数高分子是无毒的;
无论是聚苯乙烯还是聚乙烯、聚丙烯，高分子本身都不具有毒性，因为它们不会和我们身体里的化学物质反应，我们的代谢机制对它们基本是无视;总说膳食纤维对人体好，其实膳食纤维就是这样一种高分子，我们人体拿它没有办法，所以怎么吃进出就怎么那个出来，像维生素之类的一般营养成分都要谈吸收，但膳食纤维起作用就是因为“不吸收”;如果聚乙烯、聚苯乙烯之类的也能吸水，其实未必不能当膳食纤维这么吃。
那么有没有人体能“消化”的塑料呢，现在看也是有的，有些塑料是会在胃酸条件下发生分解的，不说别的，用淀粉做的糖纸就能被消化。当然这是耍赖了，碳水化合物和蛋白质本来就是人体能消化的高分子，因为人体有相应的酶去对付它们。除了这些高分子以外，由于胃酸的 pH 只有 1-2 之间，一些酸性条件下会发生解聚的高分子，如聚氨酯、聚乳酸这些耐酸性不是很好的塑料，但是没有酶的参与，硬靠酸去降解的效率是极低的。总之，高分子自身对人体的毒性几乎可以忽略不计。
2、塑料的毒害主要来源于残余单体与助剂;
残余单体是任何高分子合成中都无法避免的，只是含量多与少的问题，所以一些单体有毒的高分子是需要慎重使用的，例如聚氨酯性能这么出色，但极少与食物接触，很大原因就是因为异氰酸酯的毒害问题;因为单体问题而被批评的塑料莫过于 PC，双酚 A 的事情这几年已经被吵翻了。
聚苯乙烯也曾因单体残留的问题被质疑过，它的单体是苯乙烯，具有一定毒性。
但是，深入研究发现，苯乙烯这种单体对人类还是蛮友好的，无论是食入还是吸入，急性毒性都不大;而长期接触的慢性危害似乎也不是很严重，致癌物分类属于 2B 级，即可能致癌物;但从这个角度来说，能避免就尽量避免，而且这个问题也早被关注了：
热饮杯盖致癌吗?
通用塑料高分子母料都是大型企业生产，他们对于控制单体非常讲究，不仅是残余单体影响健康的问题，还涉及到转化率问题，转化率越高自然利润越高;也是在这样的双重利益推动下，聚苯乙烯现在单体残余量的问题基本可以忽略。FDA 要求：不接触油炸食品的 PS 单体残余不超过 1%，接触油炸食品的 PS 单体残余不超过 0.5%;但是现在 PS 母料的残余量，一般都在万分之几，足足低了一个数量级。
但是，塑料母料到我们消费者手中时，还要再经过成型加工，这个过程的企业就良莠不齐了，而助剂也正是在这一步进行了添加。
为什么要加那么多种助剂，助剂都有什么?巧了，回答过类似问题可供参考：
在高分子材料中添加的各种添加剂都有什么作用? - 孙亚飞的回答
为什么我们这么信任 PP?其实从原理上讲，就是因为 PP 可以不加任何助剂直接成型，而且性能差异不大，所以这种前提下，没什么工厂愿意去添加什么助剂。同样的特点还有 PET，也就是矿泉水瓶，只是因为温度高于七八十度就会变形，所以相比 PP 就差一个层次。PS，也就是题主关心的聚苯乙烯要稍微再低一点，因为使用过程中会发生黄变，故而不能肯定塑料加工企业是否添加了抗氧化剂与抗黄变剂(增白剂之类的)。那是不是黄色的 PS 就安全了呢，就跟有人说菜叶有洞的蔬菜说明没打农药一样?我只能说有这样想法的骚年太机智了，其实黄变之后的危害可能更大，都不知道生成了哪些乱七八糟的物质。实际上，很多有色的塑料正是为了掩盖自身的不足才去加的着色剂，总的来说，有色塑料比无色塑料的品质更可疑。
助剂有很多品种，我们不可能一一确定每个盒盖里都是什么配方，就算是同一个企业同一型号的产品，很多因素也会促使他们调整配方，所以要判断盒盖里的助剂是不是耐加热几乎都需要专门去检测，这显然不现实，所以最好的办法就是尽量去避免。大多数食物用微波炉加热时，扣不扣盒盖区别并不大，所以提问者的建议还是有道理的。
那么如题主想知道的，熔化的塑料哪里去了?其实，由于高分子自身的物理属性，在它们熔化时，倾向于缩成一团，那些消失的塑料，其实进入食物的可能性很小，更多是转移到空洞边缘了，可以仔细观察一下，熔化形成的空洞边缘是不是更厚实一些?
不会变成气体的，小弟才疏学浅，未见过任何一种塑料能在微波炉里汽化的，准确来说，未见过哪个高分子能以气态形式存在而不降解的。