阿古柏名叫穆罕默德·雅霍甫，阿古柏是其漢名，他被中國人稱為"中亞屠夫"，是中亞浩罕汗國將領。
趁着新疆民亂且清廷鞭長莫及的機會，阿古柏在沙俄以及英國的幕後支持下，於1865年至1877年率軍入侵中國新疆，史稱"阿古柏之亂"。
阿古柏佔據回疆後，建立了政教合一的哲德沙爾汗國。1867年，阿古柏廢除哲德沙爾汗國，改為畢杜勒特汗國，又稱"洪福汗國"，自封埃米爾。
阿古柏的實力
阿古柏侵佔新疆時，整個新疆人口也才一百多萬，而阿古柏對佔領區實行殘酷統治，動輒屠城，實行高税、高壓統治，當地民眾非常不滿。所以阿古柏的軍隊有不少都是浩罕汗國過來的，湊一湊也才四五萬人，再怎麼扯也扯不到百萬。
人數雖然不是很多，但裝備卻是不差。阿古柏的軍隊步兵、騎兵、炮兵齊全，武器主要由英國還有奧斯曼提供。英國人是賣的，而奧斯曼則是給的，這個西亞病夫一聽説有個伊斯蘭汗國建立了，高興地不得了，送來了大批武器。
清軍的準備
經過多方努力，左宗棠成功説服清廷出兵，接着又費盡心思籌齊了軍費、轉運、物資、彈藥等等，再下一步，就是準備出兵了。
1875夏，左宗棠在蘭州軍事會議，商討作戰計劃。會上，左宗棠與劉錦棠兩人確定戰略方針為“先北後南，緩進速戰”。先收復地勢高、土地肥沃的北疆，居高臨下壓制南疆，並就地解決軍需問題。另一方面不動則已，動則迅速斃敵，一定要避免久攻不下的情況。
開戰
1876年2月，各路大軍陸續向肅州集結，主要有道員劉錦棠部、烏魯木齊都統金順部和廣東陸路提督張曜部，總兵力約六七萬人，由劉錦棠總理行營營務。
1876年4月上旬，左宗棠由蘭州移駐肅州(今甘肅酒泉)，此時西征軍先鋒已進抵新疆哈密、巴里坤和古城一帶。阿古柏聞訊，以馬人得、白彥虎等人防守烏魯木齊等北疆要地，阻擊清軍，一部兵力守勝金台、闢展一線，防清軍從天山南麓進攻。主力2.7萬人部署在達坂城、吐魯番和托克遜。
六月初，劉錦棠率部抵古城，會合金順部,於八日進扎阜康。阜康南部的古牧地是通往烏魯木齊的咽喉，白彥虎在此派兵拒守。
但劉錦棠、金順在大路上佯裝行軍，實則沿小路偷襲黃田，於六月二十四日包圍古牧地。二十八日，清軍破城，全殲守軍數千人。
二十九日，清軍向烏魯木齊急行軍，白彥虎等人棄城南逃。此後三月，
劉錦棠和
金順率軍西進，連克昌吉、呼圖壁、瑪納斯。至11月上旬，清軍攻克瑪納斯南城，平定了整個北疆地區。
時臨冬季，大雪封山，清軍就地休整籌糧，以待再戰。
清軍能夠如此迅速收復北疆，原因也很簡單，就是那個説爛了的詞——人心，阿古柏在新疆橫徵暴斂，人心早已離散，而左宗棠則邊剿邊撫，並設立專門機構處理善後事宜，重建滿目瘡痍的回疆大地。
再次開戰
清軍一直休整到1877年4月，當月14日，劉錦棠率軍自烏魯木齊南下，16日抵達柴窩堡，此地距達坂城僅40公里。
經過偵查，劉錦棠發現達坂城守軍居然毫無防備，清軍於是趁着夜色掩護，在一夜之間包圍了達坂城。
次日清晨，敵軍終於發現自己陷入了包圍，立即對清軍進行射擊，甚至擊殺了正在巡視部隊的劉錦棠的坐騎。然而清軍圍而不攻，敵軍連續3天敵軍無法突圍，前來營救的阿古柏次子海古拉的部隊也被清軍擊退。
20日，清軍炮擊達坂城，正好打中敵軍彈藥庫，敵軍不明就裏，一時間陷入混亂。清軍趁機發起進攻，大敗敵軍，殲敵2000餘人，取得達坂城大捷。
攻克達坂城後，劉錦棠對俘獲的敵軍進行了甄別，其中附從的土爾扈特人和維吾爾人被釋放，但是回去後他們卻被阿古柏處決令。這一消息傳出，南疆各地更加對阿古柏離心離德，或向清軍出降，或逃亡喀什噶爾，阿古柏根本難以約束。
兵貴神速，4月24日，劉錦棠率大軍開拔，兵鋒直指托克遜。
海古拉見事態不妙，立即拋下吐魯番和托克遜守軍逃跑了。托克遜守軍沒了主帥，不戰自亂，竟開始在周邊隨意劫掠。
劉錦棠自從托克遜逃離出來的維吾爾族人口中知曉這些事情，立即揮師疾行，在托克遜城下與敵亂軍展開遭遇戰。4月26日，激戰結束，清軍斃敵2000多人，迫降20000多人，而自己則只傷亡92人。
同日，清軍東路軍進抵吐魯番，吐魯番守將馬人得率部投降。
至此，阿古柏調集近三萬大軍把守，認為萬無一失的達坂城——托克遜——吐魯番防線土崩瓦解。由此，阿古柏失去了天山屏障，南疆門户洞開，光復全疆只是時間問題了。
意外之事
在經過此一番決戰後，由於減員、糧草以及火洲吐魯番的氣温影響，清軍再次駐紮休整，這次預定休整到9月再行進軍。
不過，令人始料未及的是，在清軍休整的時候，1877年5月末，阿古柏突然死了。對此，《清史稿》記載為絕望中飲毒酒自殺。不過他為什麼要等到一個月後才感到絕望，那就是他的事了，反正早死晚死他都是死。
阿古柏死後，他的兒子們果斷展開了內戰，一直打到八月份，清軍則一直在旁觀他們的垂死掙扎。
10月，劉錦棠部征戰1000餘公里，以破竹之勢收復南疆東四城喀喇沙爾、庫車、阿克蘇和烏什、南疆西四城葉爾羌、英吉沙爾、和田和喀什噶爾。
隨後，左宗棠積極部署進軍伊犁，沙俄最終同意歸還伊犁地區，但由於清政府的懦弱，沙俄奪取了西北幾片土地。