元朝在建立的時候，與此同時，在西北邊疆，一個威脅他的帝國也同時建立，他就是來自成吉思汗血脈的海都。成吉思汗的子孫中，海都是非常有軍事能力的一個。在叛亂之前，他曾經參加過三十多次戰役，全部獲得了勝利，沒有一次失敗，而在他的馬蹄之下，政府的土地更是從蒙古一直到了達匈牙利，雖然現在他的名聲不怎麼顯赫，但是，他其實是一個了不起的梟雄。最初的時候，他的部下只有兩三千人，但是憑藉着自己的足智多謀，他最後成了能夠與忽必烈相對抗的勢力。現在，他向忽必烈發起了挑戰，勢必要做蒙古的大汗。
雙方在交錯的前線，整整打了近30多年，在這之間，忽必烈因為年紀過大，最終病死了，而他的孫子袁承宗繼承了忽必烈的位置，後來他發起了平叛戰役。，很多最終也死於自己的軍營之中，以失敗結束了自己的願望。在最初的時候，忽必烈與海族之間的戰爭，一直在哈密盆地持續着，當時的元朝，在這一帶建立了防線，阻止海都的大軍東進。雙方之所以可以在此處僵持，主要有兩個原因，一是在當時，忽必烈剛剛建立元朝，根基不穩，根本不想打仗，二是因為海都根本打不起來。
忽必烈作為蒙古的大汗，他改變了蒙古的許多習俗，更坐上了中原的皇帝，這在一些舊派蒙古族中，必然將他當成了一個背叛者，在那個時候，蒙古的許多部落對他並不是非常忠心。所以忽必烈對於犯錯的蒙古人，一直採取懷柔的策略，希望藉此策略，可以改變自己在蒙古人心中的印象。而海都大舉進攻忽必烈，顯然與忽必烈的政策相反，所以，他的內心非常不想打。
而在軍事上，如果想要征討海都，必須穿過荒無人煙的大沙漠，這個需要非常強大的後勤，忽必烈剛剛成立元朝，這個時候應該休養生息，所以在乎別人的想法上，他最終選擇了妥協。而對於當時的海都來説，就更加簡單了，只有三個字，那就是打不過。海都作為遊牧民族，經濟實力非常的弱，他的經濟根本沒法與中原那時候的經濟相比，更何況還要向東進軍，同樣需要經過荒無人煙的戈壁灘，這對他來説，是根本不可能的事。戰爭失敗，當他面臨退兵的選擇時，牛馬經歷過兩次遠渡沙漠，必定會死傷無數，而自己的經濟，很有可能會因此崩潰。所以雙方都在相互僵持，雖然看似兩方在打仗，但在私底下仍然有商貿交易。
忽必烈死後，他的孫子元成宗上台，事情一下變發生了轉變。制約忽必烈的因素，到了他的手裏，變得不值一提，而且在這個時候，中原的經濟也已經恢復的差不多，所有的一切都在向好的方向發展，但是唯一讓元成宗心煩的是，海都這個叛賊始終沒有消滅，面對同是蒙古人的還多，他自然不敢掉以輕心，在沒開戰之前，就開始了精密的部署，他將自己的部隊部署在了和林，賀蘭山等地。在戰略上，可以相互支援。他還在河西準備的預備隊，做萬全的打算，也為接下來的進攻做準備。
元成宗是一個心思縝密的人，他所選擇的進攻地點都很有講究，他將戰場對持在北部邊疆，阿爾泰山一帶，其主要目的是為了讓元軍的後勤壓力變小。這裏本是肥沃的牧場，所以進攻這裏，會是後勤力量減小壓力，無論是否成功，元軍都可以在敵人的領地上作戰。然後，元軍便在北部發起了突襲，這讓海都出乎意料。倉促之間，因為主力無法前去支援，他只能派自己的部將去援助阿爾泰地區。於是雙方就在清河一帶隔河對持着。海都的軍隊知道自己遠道而來，現在並不是和元軍打仗，於是便在河邊紮寨營地。準備做長期的防禦準備，然而，元軍卻並不給他們機會，他們吹起了號角，準備渡河進攻，這樣一來，海都軍一時間混亂了起來，在混亂之中，元軍將海都軍東部隊消滅。
元軍消滅完海督軍以後，繼續進攻，海都知道消息後，並沒有全線撤軍，他非常清楚，自己只要認慫，元軍肯定就會利用自己的資源優勢，不斷的進攻自己的領土，直到將自己消滅，而自己只有將戰火引到敵方領土中去，才可以把敵人拒之門外。於是，海都便選擇攻擊和林因為這裏並不富饒，這兩軍後勤來説都有壓力，而依靠着自己的軍事能力，一定可以打敗元軍。然後再以和林為中心，號召蒙古舊族，自己就能承蒙古人的隱身大汗了。抱着這樣的幻想，他率領全軍攻打不過和林，元軍聽聞以後，也派大軍前往和林，雙方便在和林結束了30年的戰爭。海都不會是百戰百勝的大將，戰鬥一開始，就包圍的敵軍，可惜的是，由於元軍人馬非常的多，最終反被支援的元軍包圍，雖然海都大力殺敵，但是自己的人馬畢竟少於敵方，最終，經過長時間的廝殺，海都最終被元軍殺死了。可惜了他的願望也就此破滅。