有意思的問題。
説個小故事，聽我們實驗室裝儀器的工程師講的。
大家都知道現在超市裏買到的羊肉都摻了鴨肉，這是有良心的做法，便宜嘛，再説你也吃不出來。
不過儀器是可以區分出來的，原理是羊的肌紅蛋白和鴨的肌紅蛋白各有特徵序列，我們拿來一塊肉，用胰蛋白酶消化一下，產生的肽鏈就會有不同。打個液相色譜 - 二級質譜連用，就能看到這些特徵肽的離子對。
然後這就需要一個參比，就是拿一塊真羊肉，看看有哪些離子對，再拿一塊鴨肉，看看有哪些離子對。
起初想拿市面上一種著名羊肉來做這個正對照，結果拿來一看，裏邊有大量的鴨肉。
最後只好買了個羊蹄子，自己燎了毛，當成正對照來用了。
下邊會相對專業一些。
所以要回答題主的問題，一般來講，用豬肉代替牛肉的可能性比較大，我們來看牛肉和豬肉肌紅蛋白的差別：
雖然同源性很高，但是區別還是有的，胰蛋白酶會在精氨酸 R 或賴氨酸 K 的後面切斷(黃色)，所以豬肉肌紅蛋白(上邊一個)的特徵肽就有：
GHPETLEK
GHHEAELTPLAQSHATK
HPGDFGADAQGAMSK
等等。
牛肉肌紅蛋白(下邊一個)的特徵肽就有：
LFTGHPETLEK
TEAEMK
HLAESHANK
等等。
這些肽段被色譜分開之後進到質譜被離子化，這種肽段都會帶一個鹼性氨基酸 R 或者 K，所以會有一個加氫的離子 [M+H]+。
這些離子經過碰撞，又會產生新的二級離子，至於二級離子是什麼，只有做過實驗才知道了。
總之就是經過兩次離子化，每個肽段都會有一個離子對，這個離子對就好比它的指紋一樣，從萬千冗雜之中，一眼就看到了它。
而每個特徵的肽段又對應着他所來源的蛋白(豬或牛的肌紅蛋白)。
這樣就知道樣品裏邊有什麼了。
而如果有一個好的參照，比如一份真正的豬肌紅蛋白，就可以配製一系列不同濃度的標樣，這樣就能定量地算出樣品裏邊到底摻雜了多少豬肉了。