這種沉默並沒有影響到當代學者對於古巴非洲人口的研究。黑奴制度和嚴密控制奴隸的需求是古巴早期殖民時代遺留下的部分遺產長期以來也一直被認可。白人不願意從事勞作，印第安人勞動力的緊缺以及從其他島嶼和美洲大陸捕獲印第安人計劃的失敗迫使西班牙當局尋求一種新的、被其他時期的另外一些帝國所採用的方法。從遙遠國度運來的奴隸毫無逃跑的希望，他們與眾不同的膚色使得他們在企圖逃跑時很快被認出。征服加勒比地區的很久之前，在西班牙本土，來自非洲的黑奴已經成為社會的一個階層。15世紀，10萬名以上的黑奴在西班牙工作他們絕大多數在安達盧西亞。
結果，奴隸成為殖民者擴張時經常使用的工具，在1511年後，他們中的多數人作為個人奴隸被帶到古巴。早在1516年，奴隸就被要求參加國家的建築項目。貝拉斯克斯曾懇請西班牙國王從聖多明各派遣“12名非洲黑人”到聖地亞哥修築防備襲擊的要塞。與此同時，儘管輸入黑奴的花費一直被視為一筆沉重的負擔，富裕的殖民者還是已經通過自己的方式獲得了黑奴。這種早已建立的合法和半合法的貿易模式，還將持續幾個世紀。直到16世紀20年代，聖地亞哥當局才考慮到可以大規模輸人奴隸以作為礦山和莊園的勞動力。1527年，考慮到島上人口的減少——因為印第安人明顯的死亡和許多年輕的殖民者離開此地去墨西哥——國王做出了一項在隨後350年裏影響島上移民模式的決定。命令要求往古巴運送“1000名非洲黑奴”，“以減輕印第安人的勞動強度”一但是，在這個特別的事件中，記錄顯示文件所提的這批黑奴從未到達古巴；縮減了的殖民羣體沒有能力承擔購買奴隸的資金。事實上在經歷了最初的衝動後，他們不再急於購買新的奴隸。
16世紀30年代以後，每年運來的奴隸數量極少超過兩位數的情況也證實了由於殖民者大量離開此地到墨西哥去，古巴殖民地的發展極其緩慢。無論前幾十年到底有多少奴隸來到這裏，國王的法令已經頒佈。古巴作為一個黑人和黑白混血人羣國家的未來已經確定。這些從非洲被強迫移民的黑人一伴隨着16世紀西班牙人的登陸和殖民，以及絕大部分土著民的逐漸減少和最終消亡對古巴的歷史產生了深刻而持久的影響。古巴的社會、文化和經濟，以及人民的種族成分都不可逆轉地被這種歷史性的人口遷徙改變了。古巴的奴隸貿易又持續了三個世紀，在這段時間，剛好有不到100萬的非洲人被強迫遷移到該島。其中大部分（可能佔總數的85％）於19世紀到此從事甘蔗種植工作。當時，該島繁榮的主要來源就是甘蔗種植。雖然在奴隸貿易的最後歲月裏，這種貿易成為有爭議的和非法的行為，但是奴隸輸入並沒有停止，直到1886年奴隸制被正式廢除為止。
美洲其他國家早已廢除奴隸制，但是古巴（還有巴西和美國）仍舊繼續保留它，甘蔗種植園主驚人的財富依賴於奴隸制的繼續存在。16世紀20年代和40年代，通過如巴託洛梅德拉斯卡薩斯一類人的大量作品和激進的政治活動，西班牙君主的注意力轉移到礦山中的印第安人的生活狀況上。國王迫於壓力，禁止在礦井中使用印第安人，然而卻免不了聽到殖民者對勞動力緊缺的抱怨。殖民者想得到黑奴，而且想免税地輸入黑奴。他們告訴巴亞莫主教，這個島將“由於缺乏印第安人和非洲黑人”而毀於一旦。1542年，當地殖民者要求聖地亞哥、太子港（ Puerto Principe）和聖斯皮裏圖斯（ Sancti Spiritus）省的行政長官呈送一份要求獲得更多奴隸的緊急申請:“這裏最急需的是非洲黑人……我們祈求當局准許每位公民都可免税帶來4名非洲黑人。”為了允許殖民者擺脱進口税，古巴當局認可了（或者無視）他們從摩洛哥（ Morocco）的巴巴利（ Barbary）海岸以及地中海的撒丁島（ Sardinia）、馬略卡島（ Mallorca）和梅諾卡島（ Menorca）私自運來便宜的奴隸。
此行為對於想要把美洲民眾全部天主教化的王室來説，是個嚴重的威脅，因為這些奴隸不僅僅廉價，而且都是穆斯林。一份1543年的王室法令命令將古巴的所有來自北非的奴隸驅逐出島。“因為居住在利凡特（Iean）那個區域的非洲黑人説他們是摩爾人或穆斯林，於是，其他穆斯林將會在天主教信仰已經紮根的新大陸與這些穆斯林聯合，因此，輸入此類人是不符合我們利益的”。16世紀40年代之後，大多數黑人直接來自西非海岸。少數黑人由於西班牙殖民地的動亂，後來與他們的主人一起自新大陸而來:1655年來自牙買加的；1791年來自聖多明各的；1808年來自路易斯安那（ Louisiana））的；後來在19世紀來自佛羅里達、墨西哥以及來自獨立的南美洲各共和國的早期種植園的奴隸絕大部分是男性，因此他們的人口不能夠自我增長，儘管“開明的”種植園主在19世紀末輸入了大量的女性奴隸但奴隸貿易仍在沒有任何阻礙的情況下繼續進行着。
在涉及奴隸貿易是否正義的爭論中，19世紀的一些種植園主始終以維繼“性別平衡”為由進行辮解。在整個16世紀，黑人的輸入量不斷增加，16世紀末有12000名黑奴生活在這個島上，形成了可能是移民中最大的一個孤立的羣體。1581年，西班牙和葡萄牙王室聯合後，有更多的定期運輸陸續到達古巴現在能夠利用葡萄牙和非洲之間的奴隸貿易，通過一切合法或者非法的手段持續獲得奴隸。其中一些奴隸是通過葡萄牙的船隻運抵哈瓦那的，其他的是通過走私船的貿易，沿着海岸線運送到小港口的。這種大量的、被當地禁止的貿易不僅是小商人樂於從事的買賣之而且官員和教士也樂此不疲。起初，輸入的非洲人只保持一個較小的比例，然而從17世紀開始時，非洲人口數量已經佔到了全部人口的一半，這在白人殖民者中間引起了普遍的恐慌。
非洲移民從來沒有接受他們作為奴隸的生活狀況。像他們的即第安人先驅那樣，第一批前來的黑奴和他們的後代經常起來反抗。1532年的一份政府文件提到，島上共有500名黑奴（和4500到5000名印第安人），也提到了第一次黑人起義的消息一一在巴亞莫附近的約巴伯（ Jobab6）金礦。這次起義很快被鎮壓，領導者的首級被掛在城外的旗杆上示眾。另一起黑人與印第安人聯合的起義發生在1538年，當局派出訓犬師（ rancheadores）平定了它。總督隨後報告説“ Se ha hecho justicia， y ya esta la isla segura”，即正義取得勝利，島上歸於安定。大量輸入黑人的事實在殖民早期就引起了殖民者的恐慌，因此黑人和印第安人都被置於嚴密的控制之下。
逃亡的黑奴既不能拋頭露面，也不能獨立生活，他們時刻為自己可能受到的懲罰而擔驚受怕，後來，這項法律也擴及到印第安人。16世紀50年代的一則報道説，黑人去做行商，販賣肉類和水果是不合法的。那些被捉住的人將被責罰300鞭子（當印第安人在獨木舟內或者馬背上被發現時責罰200鞭子，再次觸犯時責罰300鞭子並割去一隻耳朵）。1606年，哈瓦那的白人市民呈遞給總督一份備忘錄，提醒總督注意:他們估計在這片殖民地的黑人有20000名左右。這些警惕的市民寫道，如果這些人起來造反並與盤踞在附近海岸的海盜武裝聯合，那麼他們很容易就能將這個島從西班牙手中奪取。殖民早期對於奴隸叛變與外部干涉的恐懼，在以後的3個世紀中一直使白人殖民者憂心忡忡。