番茄莖基腐病屬土傳病害，僅危害莖基部。 常造成番茄植株發育不良，地上部葉片發黃，落花落果，果實個小，口感不良，產量下降，品質變劣，給番茄生產造成較大損失。
該病幼苗期及成株期均可產生危害，但主要危害大苗和定植後番茄的莖基部或地下部主、側根。 幼苗發病後，莖基部變褐，隨後病部收縮變細，進而中上部莖葉逐漸萎蔫下垂和枯死。 初期感病，幼苗白天萎蔫，夜晚可恢復；數日後，當病斑環繞一週時，幼苗便逐漸枯死，一般不倒伏。 成株期感病後，病部初呈暗褐色，後繞莖基部或根部擴展，致皮層變褐、腐爛，地上部葉片萎蔫、變黃，後期整株枯死。 果實膨大後期發病，常因養分供應不足而迅速萎蔫枯死，似青枯狀，但患病部位無菌膿。 另外，感病部位常出現同心輪紋的橢圓形或不規則形褐色病斑，後期易出現淡褐色黴狀物或大小不一的黑褐色菌核。 縱剖病莖基部，可見木質部變為暗褐色，根部及根系變褐色。
番茄莖腐病由半知菌亞門立枯絲核菌侵染所致。 病菌多以菌絲體及菌核在土壤中或病殘體上越冬，並 在土壤中腐生２ ～ ３ 年，翌年春在適宜的條件下，菌核萌發產生菌絲侵染幼苗，或藉助風力、雨水、農具及人員走動傳播、蔓延。 病菌發育適温為２４ ～ ２６℃ ，最高温度４０ ～ ４２℃ ，最低温度 １３～１５℃ 。 保持土壤温度１７ ～ ２３℃ 、田間小氣候空氣相對濕度達８５％以上時，該病發展蔓延速度加快。 另外，連續陰雨天氣、澆水過大、土壤黏重、通風透光不良、莖基部皮層受傷、連茬種植等因素也利於該病發生。
①選用抗病或耐病品種。 如百利、大紅１號、ＦＡ１４２０等。 ②合理輪作。 與非茄科蔬菜進行２ ～ ３ 年以上的輪作，如水稻、玉米等。③清除病殘體。 上茬作物收穫後應及時清除殘枝、枯葉和爛 果等，並集中燒燬或深埋；發現病株及早拔除帶出田外處理，並在病穴周圍撒適量生石灰。 ④高温滅菌。 定植前１０～１５ 天，使棚室內保持５０℃以上高温５～６小時，連續５～６ 天，可有效殺滅室內及土壤中部分病菌。⑤種子消毒。 用 ０．１％硫酸銅溶液浸種５分鐘或用５５℃ 温水浸種１５分鐘，撈出洗淨進行常規催芽。
⑥加強田間管理。 施用充分腐熟的有機肥，高畦或半高畦栽培。 定植時選用無病壯苗，剔除病弱苗，合理密植；儘量採用中性或沙性土壤進行栽培，以增加根系間通透性；中耕鬆土時，儘量減少人為傷口；澆水不宜過大，宜在晴天上午澆水，保護地澆水後，及 時通風排濕；及時摘除植株下部老葉，加強莖基部通風。⑦藥劑防治。 幼苗發病噴７５％百菌清可濕性粉劑６００ 倍液、 ５０％福美雙可濕性粉劑５００ 倍液。 定植後至成株期發病，病斑未完全環繞番茄莖基部一週時，可採用生根激活劑５００ 倍液、７０％甲基硫菌靈可濕性粉劑６００倍液、７２．２％霜黴威鹽酸鹽水劑６００倍液、２０％甲基立枯磷（立枯必克）乳油５００ 倍液澆灌根基部，每４～７天１次，連續３ ～ ４ 次。 或用 ４０％拌種雙可濕性粉劑６００ 倍液，或按４９ 克／米２與土拌勻後施於病株基部，覆蓋病部。 棚室中採用４５％百菌清煙劑或１５％腐黴利煙劑進行燻殺防治。