中午宮裏傳詔，讓百官穿朝服到户部領帛，然後至太和殿待命，眾人這才知道順治已經駕崩。張宸看到同僚魏思齊，忙向他打聽君是誰，回答是：“吾君之子。”先前順治提出傳位於堂兄弟，廷臣中已有所耳聞，當然也聽説了由此產生的爭執。有爭執，就可能產生政治動盪，包括張宸在內，無不對此感到擔心和疑慮，如今聽魏思齊一説，張宸鬆了口氣，説：“我的心安定了。”
順治是在前一天，也就是2月5日凌晨去世的。死前他聽從了孝莊和湯若望等人的建議，決定含去福全，以玄燁為儲君。這其中，湯若望的直抒己見起到了關鍵作用，時人對此倍加稱讚，認為湯氏“最後則直陳萬世之大計，更為舉朝所難言”。二更天后，朝廷向百官發佈順治遺詔，遺詔中明確宣佈玄為皇太子。接着宣詔官又讓百官勿退，等候新天子登基。整個紫禁城都被籠罩在一片幽暗哀慼，但又讓人有所期待和希冀的氛圍當中，宣詔的時侯，還頗有鳴咽失聲者，如今官員們全都擦乾眼淚，集體露坐於午門之外，在漫漫冬夜和涼冽寒風中等待着新君的到來。
除了繼承祖父和父親的基業外，身為新君的玄燁必須同時接受父親去世的現實。按照皇帝喪儀的要求，官人們剪去他的髮辮，給他穿上全白的縞服，帶着他前往乾清宮。順治的靈柩就停放在那裏，隔着上繡九龍的黃色帳慢，父子已然是天人永隔。玄燁在順治的靈前行禮受命，剎那間，喪鐘齊鳴，無數低沉的聲音在冬月的京城上空進行穿越，彷彿都在做着最後的告別。
在得以返回皇官前，玄燁沒有多少關於父親的印象，等到回宮，與父親近距離接觸的機會也不多，大多數時候都是站在人羣中默默注視，如今連這種默默注視也變得不可能了。從此以後，他只能在童年的零星片斷記憶中竭力搜尋父親的身影，其中也包括那段被迫與父母長期分離的避痘歲月。
直到晚年，玄燁還無限感慨地對身邊人説起：“朕幼年時，未經出，令保姆護視於紫禁城外，父母膝下，未得一日承歡，此朕六十年來抱歉之處。”儘管話語中仍不勝淒涼之感，但顯然並沒有對父母親的任何抱怨，有的只是放疚和遺夠。懷念父親最好的辦法，莫過於道其所屬。2月7日寅時(凌晨三至五點)，八歲的玄燁登上了俗稱金鑾殿的太和殿，“即皇帝位”。百官向他叩頭行禮，隨後新君頒詔大放天下，改明年為康熙元年，玄燁成了康熙皇帝。
登基典禮由其祖母孝莊皇太后親自主持。孝莊是個很節約的人，順治遺詔十款，有兩款都是關於生活浪費的自我批評，“無益之地，靡費甚多”，它們其實都出自孝莊的意思，是孝莊借順治的口氣在責備兒子。不過孝莊為康熙登基所安排的鹵簿儀仗，卻沒有一件是順治用過的舊物，看上去煥然一新，於哀慼中盡顯皇家之富麗。顯然，孝莊一方面要以喜氣來沖淡喪子的悲痛，另一方面也對康熙這個自己最疼愛的孫子寄予厚望，所以在他的登基大典問題上絕不肯草率。
失去父親，讓康熙更加珍視與母親、祖母相聚相處的日子。1662年10月，康熙道祖母孝莊為太皇太后，尊生母佟佳氏為皇太后。佟佳氏從前在宮中受盡丈夫的冷落，如今因為兒子做了皇帝，地位得以大大提高。只可惜她並沒有享福的命，僅僅幾個月後就染上了重病，而且日見惡化。佟佳氏生病期間，康熙早晚陪伴在母親身邊，“目不交睫，衣不解帶”，凡是煎制好的湯藥，都要自己先嚐一口，覺得不燙了オ用湯匙送到母親嘴邊。一個尚不滿十週歲的孩子反過來服侍大人，未免讓人覺得心疼，但對康熙而言，卻可能是他人生中最幸福的時光之一，因為從小到大，唯有在這段時光中，他才真正找回了失去已久的母愛。
不光是要照料母親，康熙每天還要數次到惹寧宮去向孝莊請安。見自己最疼愛的兒媳病情嚴重，已年過五十的孝莊同樣憂心如焚，為了不讓祖母過分擔心，康熙在她面前總是“強斂容”，裝出言行自若的樣子，可是一出慈寧宮，便忍不住淚如雨下。1663年3月20日，農曆的春分，“春分者，陰陽相半也”，佟佳氏就在這一天撤手人衰，她和順治死的時候都只有二十四歲。
什麼叫悲劇，就是上天假裝把你最珍視的東西還給你，然後又當着你的面把它們統統揉爛碎！在佟佳氏的喪禮上，康熙插胸頓足，哭得肝腸寸斷，根本停不下來，其間連水都不肯喝上一口，近待見了無不為之感動落淚。佟佳氏去世後，孝莊將康黑收養在了慧寧宮，她對康熙的保護非常周全，不允許孫兒再出現任何一點閃失。當年夏天，康熙將佟佳氏附葬於順治所在的孝陵，本來他要親自護送母親的靈柩，但孝莊因擔心發生意外，再三加以動阻，康熙這才沒有出京。
康熙登基時，安徴桐城縣有個叫周南的秀才跑到京城，上條奏提出十款建議，其中一款是按宋代太后臨朝稱制的先例，請孝莊垂簾聽政，但遭到了孝莊的嚴詞拒絕。孝莊屢經政治變更，具備極高的政治手腕，然而並無政治野心。當初順治也是六歲即位，如果孝莊願意，早就可以垂簾聽政了，歸根結底，做女皇從來都不是她的人生目標。
順治突然病逝，是孝莊難以接受，但又不得不接受的一個結局。青年時代，她失去了丈夫，人到中年，又失去了唯一的兒子，人生之傷心事莫甚於此。順治遺詔中寫道“子道未終，永違太后膝下”，這既可以看作年輕皇帝臨終自道的追悔和遺憾，也可以被視為孝莊的痛心之詞。順治大喪的那天，她穿着黑色素袍，一個人孤零零地走到乾清門的台基上，當“遙聞宮中哭聲，沸天而出”時，這位一向非常善於掩藏自己情感的女人終於再也控制不住，“扶石欄立，哭極哀”。命運從此把孝莊和康熙這對祖孫年牢綁在了一起。
事實上，從順治病危起，孝莊就已經開始扶持康熙，只是她很少直接發佈諭旨，更多地還是像當年扶持順治那樣，對幼帝進行教海和訓減，以幫助他儘快度過輔政期，學會親自執政。在孝莊乃至蘇麻喇姑的影響下，康熙平時不飲酒、不抽煙、不登牆、不看無聊書籍，可以説沒有任何不良嗜好。1663年，某將領率部在外，於某地得一罕見的黃鸚，為討幼帝喜歡，便以黃金作籠，獻給康熙。康熙不但予以拒絕，而且對將領此舉進行了責備。其實以他那樣的年紀，正是喜歡活潑可愛的小動物的時候，之所以“卻其獻，嚴飭之”，就是因為祖母曾經給他講過祖父皇太極拒收進貢鐵雀的事，使他在潛移默化中懂得了玩物喪志的道理。
輔政初期，康熙的主要任務仍是學習。四書五經是中原帝王的必修課，也是滿人入關後學習漢文化的重點，原本漢大臣一再建議為小皇帝配備學問高深的老師甚至是大儒，為他做系統講授輔導，但因為輔政大臣們都不太支持，遲遲未子實行。無奈之下，康熙只好拜身邊的宦官為師。當時的宮廷宦官主要收容自前明，明朝自萬曆以後，宦官即有“多學能書”及“宛然有儒風”的傳統，比如教康熙句讀的張姓、林姓兩名宦官就都具備一定的文化素養。這也使得康熙在不影響公事的前提下，與身邊的親近宦官一直保持着比較好的關係，幾百年後清朝覆亡，清宮裏發現了數百封康熙的書信，其中有一些就是他寫給宦官的私人信件。
康熙對自己要求很高，“日所讀書，必使字字成通，從來不背自欺”。有一段時間因學習過於刻苦，影響了健康，甚至不得不進行針灸治療，醫生在針灸時，常會用點燃的艾條來温灼皮膚表面，這導致後來他最伯針灸，一聞到艾味，就會條件反射地感到頭痛。