阿布奈的嫡長子布爾尼是林丹汗的孫子兼皇太極的外孫。他即位後，表面上對清廷比較忠誠。康熙十年(1671年)，十二年(1673年)按時參加蒙古王公年班朝覲。康熙十二年(1673年)十二月，在京朝賀時布爾尼聽聞三藩之亂，主動要求捐獻馬匹幫助清軍。可是仇恨的種子早就在布爾尼的心中生長。阿布奈被囚禁後，布爾諾曾經去探監，守衞的官員拒絕了布爾尼的要求。當場布爾尼憤怒的辱罵相關的清廷官員。布爾尼私下裏常説：“不應該以莫須有的罪名拘禁父王;更不應該父親有罪還立兒子為王。”吳三桂主導的三藩爆發後，布爾尼認為這是傾泄長久以來積累仇恨的良機。當時戰火遍及南部中國，為了平叛，清軍主力大量南下，北京城防衞極度空虛，連守城門的士兵都是小孩來擔任。布爾尼獲得這些消息後，首先找藉口拒絕了清廷徵兵的要求，自己立即帶領同黨開始日夜訓練兵馬，打造兵器、盔甲。布爾尼想趁機救出其父阿布奈，推翻滿洲人的統治，為祖先報仇，進而恢復察哈爾部歷史的輝煌。
布爾尼的異常舉動很快被清廷偵知。康熙十四年(1675年)三月初，跟隨固倫公主出嫁察哈爾蒙古的長史辛柱察覺了布爾尼的陰謀。他秘密派遣其弟阿濟根去京師向清廷告密。康熙帝認為事情尚未完全失控，如果採用成本較低的方法處理，效果會更好。康熙帝先派人召布爾尼兄弟覲見，以探虛實。為了消除布爾尼懷疑，康熙帝以孝莊太后的名義，派遣侍衞塞稜傳旨蒙古諸部：“滿洲公主、郡主所生的蒙古王公，即巴林王鄂齊爾兄弟、翁牛特王杜楞兄弟、及布爾尼、羅不藏兄弟一起進京朝覲。”不久蒙古諸王都來到北京，唯獨布爾尼兄弟沒來。布爾尼斷定清廷已經發現了自己的秘密，立即決定起兵。三月十七日，布爾尼扣押了清廷使臣侍衞塞稜，公開叛亂，並號召蒙古諸王於二十五日一同舉事。卧底長史辛柱親自率領其弟巴勒米特進京奏聞。從嫁公主的滿洲人，都攜帶自己的妻子、兒女逃至錦州。奉天將軍倭內巴圖魯也緊急奏報了布爾尼的叛亂。清廷第一時間採取四個措施進行平叛：
第一，防止布爾尼劫走其父阿布奈。康熙帝命令奉天將軍倭內巴圖魯固守盛京。寧古塔將軍巴圖海帶領精兵赴盛京協防。清廷又調永陵、鳳凰城等地士兵協防盛京。
第二，防止叛亂規模增大。康熙帝派遣清廷派遣理藩院郎中馬喇攜救書前往蒙古各部，阻止各部加入布爾尼叛亂，並且要求科爾沁、土默特等部的蒙古王公帶兵協助平叛。
第三，鼓勵察哈爾部內部分裂。康熙帝下旨，察哈爾內部人員，如果能擒獲叛變首領，或者自行投降。清廷一定給予官爵，全部加以恩養，斷不食言。這一點在以後起了很大的作用。
第四，派兵平叛。這也是最關鍵的一步，康熙帝迅速任命信郡王鄂札為撫遠大將軍，大學士都統圖海為副將軍，為副將軍，護軍統領哈克山、副都統吳丹、洪世祿併為參贊，率軍出征。清廷只用6天便組織好軍隊。四月六日，清軍兵分兩路開赴戰場。清廷的軍隊有四部分組成：滿洲官兵三千餘人組成的正規軍;外藩蒙古科爾沁、阿魯科爾沁、翁牛特等各部蒙古軍;八旗家奴軍;漢軍鳥槍兵、盛京兵一千人。
四月二十一日，兩路清軍在岐爾哈泰匯合。信郡王鄂札偵知布爾尼屯兵於達祿山(位於今通遼市庫倫旗東南)，於是率輕騎前進。次日抵達達祿山。達祿之戰是清廷與布爾尼軍隊的決戰。清軍到達前，布爾尼就獲得了消息，在山谷間設下了伏兵，排列好軍陣等待。鄂札與圖海帶領滿洲、蒙古軍進攻，經過山澗時，布爾尼的伏兵發起攻擊，給予土默特蒙古兵以重創。清軍繼續攻擊，將伏兵殲滅。布爾尼親領大隊人馬，擺列火器拒戰。清軍奮擊，副將軍圖海的家奴軍最為彪悍，最先突破了布爾尼的陣地。布爾尼逐漸不能抵抗，於是大敗。布爾尼收攏潰軍，與清軍繼續接戰兩次。清軍趁勝衝殺，連續獲勝，斬首甚多，獲得大量馬匹器械。布爾尼兄弟僅帶領30個騎兵逃跑。布爾尼此次大敗有清軍力量強大的原因，還有一個重要的原因是內奸。兩軍對壘之時，察哈爾部的都統晉津，率領本部人馬在陣前投降。戰鬥勝利後，布爾尼的妻子滿洲郡主仍然住在瓦子府東三十里，由清軍迎回。布爾尼扣押的清廷使臣侍衞塞稜帶領着布爾尼部下佐領5人和300名士兵，歸降清軍。不久，科爾沁和碩額駙沙津在扎魯特部境內將布爾尼兄弟射殺，獻首京師。
布爾尼的叛亂，清軍從出兵到平定只用了18天的時間。還有一路叛軍是八旗察哈爾。這些人是清初零散歸附清廷的察哈爾蒙古。他們沒有被安排在布爾尼管理的札薩克旗下，而是編立八旗察哈爾遊牧於大同，宣化以北一帶，由清廷派官員管理。由於世代效忠察哈爾大汗，當布爾尼發動叛亂時，一些八旗察哈爾人也起兵響應。駐紮宣化府的八旗察哈爾左翼軍隊，不知道布爾尼已經戰敗身亡，不顧清廷官員的阻攔，毀壞邊牆，直趨獨石口，想加入布爾尼叛軍。康熙帝命散秩大臣綽爾濟招撫八旗察哈爾叛軍，告之他們：“布爾尼已經戰敗，如果這些叛軍能夠返回隊伍，康熙帝同意會寬恕他們。”康熙帝又授內大臣佟國綱為安北將軍鎮守宣化府。同時令巴林，翁牛特，敖漢，喀喇沁，土默特等部各守境內，八旗察哈爾叛軍一到即為剿除，很快這次軍隊的騷亂也被平息。至此布爾尼的叛亂徹底被平定。
布爾尼之所以失敗，和他錯估形式相關。一是清廷北京防衞空虛，但它仍然有一定的軍事力量，有比較精幹的組織能力;二是布爾尼起兵，只獲得奈曼部郡王扎木山的支持。其他蒙古各部，非但不支持，不少蒙古人加入到布爾尼的敵對一方。甚至支持布爾尼的奈曼部內部也有分裂，布爾尼起兵前，奈曼部郡王札木山的侄子鄂齊爾等人，帶領9佐領的蒙古人，投降了清廷。當年的林丹汗尚且不能號令諸部蒙古，何況康熙年間，蒙古諸部早已歸降清廷。清廷歷代君主對蒙古王公恩威並施，大部分蒙古王公已經徹底忠誠清帝;三是內部的瓦解。察哈爾部的部分將領投降清軍，加上清廷長期在察哈爾部內部經營的內線，布爾尼的軍隊毫無秘密可言。因此，布爾尼迅速敗亡也是情理之中。
清軍大軍出動後。康熙帝還曾經給布爾尼兄弟最後的機會。他在給布爾尼的上諭中講到：“你可能被身邊的奸人蠱惑欺騙，也可能有不得已的苦衷。這些事你都可以和朕説。朕必然會赦免你的罪行，仍然親近和睦。你家世代受朝廷恩養。你是公主所生，是朕的親人，實在不忍心讓你走上絕路。所以朕屢次向你下旨，如果你仍執迷不悟，恐怕以後後悔莫及。”康熙帝還給布爾尼之弟羅卜藏傳旨：“你應該開導你的哥哥布爾尼，令其悔罪歸順。你們的子孫都不會失去榮華富貴。如果布爾尼不醒悟，恐怕因為他是你的哥哥，會連累到你。如果你能率屬下歸順，朕仍然按親戚對待你，立即以王爵封你，一定不會食言。你是公主的兒子，是皇家的親戚，所以才下旨勸告你。現在大軍還沒到，你向你哥哥陳述利害，迅速請罪，不要辜負朕不忍心誅殺之心。”這兩道諭旨表現了康熙帝的一些真實情感。因為康熙帝曾命令撫遠大將軍多羅信郡王鄂札：“如果布爾尼兄弟悔罪歸順，就罷兵。即使布爾尼等人臨陣來降，也要保全恩養。”可惜布爾尼兄弟放棄了這最後的生機。
最後看一看戰後察哈爾部眾人最終的結局。布爾尼兄弟死後，首級被送至京師，羣臣要求懸掛示眾。康熙帝認為他們是公主所生之子，於心不忍，命人將布爾尼、羅不藏的首級及屍體，收葬與他們母親固倫公主的墳旁。布爾尼的父親阿布奈在盛京被絞死。布爾尼的妻子郡主回其父安親王家。布爾尼的兒子在軍前正法，女兒罰沒入官。從嫁公主的滿洲人，均成為軍人，駐紮義州，令長史辛柱管轄鎮守。康熙帝授長史辛柱二等輕車都尉，其弟阿濟根雲騎尉，巴勒米特雲騎尉品級。這是獎勵他們最先告發察哈爾布爾尼謀叛的功勞。
教唆布爾尼叛清的察哈爾部貴族阿雜裏喇嘛、僧額渾津、噶爾馬色冷逃到科左中旗，被科爾沁卓裏克圖親王解送軍前，均在軍前正法。噶爾昭、噶爾馬、薄託和等人的妻妾、子女逃到了在卓禮克圖親王家，被賞給有功官兵。當然也有幸免的，僧額渾津之弟尼塔爾，在布爾尼與清軍開戰前，就投奔卓裏克圖親王。因為是在布爾尼失敗之前逃跑，所以被免死，財產也得到保全。奈曼達爾漢郡王札木山，跟隨布爾尼叛清，眼見形式不好，自縳請罪。清廷從寬免死，革去王爵，仍留家人牲畜，令其自謀生路。王位由事先歸降清廷的札木山的侄子鄂齊爾繼承。
經過此次事件，元代以來蒙古大汗的嫡系子孫徹底斷絕。察哈爾部作為札薩克旗被撤銷。察哈爾部殘餘人口或是被併入其他蒙古諸部，或是併入察哈爾八旗。林丹汗身後所留下的是一片虛無。