1567年，嘉靖皇帝在乾清宮駕崩，他在執政的中後期，寵信道士，躲在宮中煉丹，就是希望長生不老。然而，無情的客觀規律將他作為了反面教材，證明了煉丹術的荒唐可笑。於是，在隆慶帝朱載垕繼位之後，一次對道士、對煉丹術的反攻打算開始了。
隆慶帝對這些鬼神之説深惡痛絕，方士們的黃金時代宣告結束，他們要麼逃之夭夭，要麼被朝廷捉拿，被處死，煉丹場所被取締，道壇被搗毀。一朝天子一朝臣，昔日那些對道教阿諛諂媚的大臣，紛紛都變了一副嘴臉，一個比一個積極地談論煉丹的壞處。
然而在此時，民間的一個醫生卻公然唱起了“不合時宜”的反調，他就是李時珍。李時珍認為，煉丹術對於醫學，還是有一定的好處的。比如最令人詬病的水銀，確實不能吞服，但它治療皮膚病的功效是不能否定的。《本草綱目》中就記載過水銀治病的方子。
又比如雄黃，這味藥有很多功效，民間還用來釀酒。但就是因為它也是煉丹的重要原料，所以當時也被人絕口不提，噤若寒蟬。
李時珍是民間的醫生，可能他的話併到不了朝廷，然而卻在醫學界引起了一定的反響。因為在此之前，在道士最為寵幸的嘉靖時代，也是在煉丹術最為橫行的時候，李時珍以最猛烈的方式，攻擊過煉丹術。
當時，由於皇帝的熱衷，高級道士雲集皇宮，不斷翻新花樣取悦皇帝，而低級道士則也有樣學樣地在民間為禍。他們大搞輿論，宣佈要煉製不死金丹，在明朝曾經颳起過狂熱地旋風。
李時珍通過親身實踐，發現煉丹所用地原料多為水銀、鉛、丹砂、硫磺等等，都是含有毒素的。於是，他大聲疾呼：丹藥有毒，能長生一説，絕對不可信！他不僅是口頭説説，還舉了大量服食丹藥致死的例子，並在《本草綱目》中肯定地表態：
別錄、陳藏器亦言久服神仙。其説蓋自秦皇、漢武時方士流傳而來。豈知血肉之軀，水谷為賴，可能堪此金石重墜之物久在腸胃乎？求生而喪生，可謂愚也矣。
雖然李時珍的理論，也不見得符合現代醫學的解釋，然而相對於虛無縹緲毫無邏輯的煉丹長生一説，實在是進步得太多太多了。
那麼，既然李時珍之前如此痛恨煉丹術，對其大加批判，怎麼後來又為煉丹術開脱説話呢？這是因為，他並不仇視任何的方法，他是一名良醫，他懂得辨證看待問題的方法，絕不一捧到天，也不一棒打死。
這種事例舉不勝舉，李時珍科舉不第之後，棄文從醫，開始了艱難的旅程。他治病救人之餘，開始了編著偉大的醫學著作《本草綱目》。這是一項浩繁的工程，但李時珍以高度的責任感和使命感來完成的。他參考古人的書籍，但絕不盲從和照抄，而是在儘可能地條件下親身實踐。
從健步如飛的年輕人到步履蹣跚的老人，他踏遍了名山、大川、草原、雪域，就是為了探究一味藥的實際狀況。他向漁夫、農夫、樵夫等等底層勞動人民學習，就是為了博採眾家之長，增加和補充對於藥物學的知識。
就是他以這種嚴謹務實的態度，才獲得了一個又一個一手資料，這樣才完成了流芳百世、光耀千古的《本草綱目》。如果沒有這種辯證主義精神，他可能也就是一個人雲亦云的普通醫生，也無法為我們奉獻中華文化的瑰寶。