玉米在整個生育期內可受到多種有害生物危害，主要包括：病害、蟲害、草害等，是造成玉米減產、品質下降的重要因素。夏玉米苗期病蟲草害發生種類多、危害重，若防治不力，極易造成缺苗斷壟，導致減產。因此，在玉米的整個生長期中，搞好苗期病蟲草害綜合防治至關重要。
玉米苗期是灰飛蝨、薊馬、蚜蟲、葉斑病、雜草等多種病蟲草害混合發生的時期，其中灰飛蝨是導致玉米粗縮病流行的主要害蟲；薊馬為害造成玉米幼苗扭曲變形，葉片不能正常伸展；蛀莖夜娥、苗枯病則會造成玉米缺苗斷壟。
侵染性病害：苗枯病、侵染性苗病、矮花葉病等。非侵染性病害：生理性乾旱及日灼、鹽（鹼）害、肥害、缺素症、除草劑、殺菌劑、殺蟲劑藥害等。
（1）玉米苗枯病。病原菌在種子萌動期即可侵入，先在種子根和根尖處變褐，後擴展導致根系發育不良或根毛減少，次生根少或無，初生根老化，皮層壞死，根系變黑褐色，並在莖的第一節間形成壞死斑，引起莖部水浸狀爛，易斷裂，葉鞘也變褐撕裂。夏玉米從出苗至三葉期開始表現症狀，先造成玉米幼苗基部1～2葉發黃，葉尖和葉（緣）邊乾枯，由基部葉片逐漸向上部發展，進而引起心葉捲曲，嚴重的植株外周葉片乾枯，心葉青枯萎蔫，植株死亡。
防治方法：在苗枯病發病初期及時用藥。可用70%甲基硫菌靈800倍液，或者20%三唑酮1000倍，或者惡黴靈3000倍，連噴2次（每次用藥間隔7天左右）噴藥的同時可加入噴施農喜十樂素、藍色晶典、壯漢、六高二氫鉀高效營養調節劑，以促苗早發，以增強植株抗逆、抗病力，可有效防治和控制苗枯病。
（2）玉米矮花葉病。玉米矮花葉病的初侵染毒源來自多年生的禾本科雜草。初春，越冬蚜蟲復甦後，在新長出的帶毒雜草嫩葉上取食而獲毒，有翅蚜蟲遷飛將病毒傳播到春玉米及雜草上，以後在玉米上為害，造成病害流行。6-7月份如天氣乾旱，不利於玉米生長髮育，而利於蚜蟲繁殖、遷飛，發病重。防治措施：①選用抗病品種；②清除田間雜草，拔除感病弱苗，選用壯苗移栽，減少毒源；③加強肥水管理，提高抗病能力；④藥劑治蚜防病，可用樂果乳劑1000倍液，或氧化樂果1200～1500倍液於麥蚜遷移盛期噴霧一、二次，可殺死蚜蟲介體，減輕危害。若與麥田防治蚜蟲結合，效果更佳。
（3）玉米缺素症。指玉米缺氮磷鉀鋅硫鐵硼錳鈣時所表現出來的病理症狀。防治方法：（1）根據植株分析和土壤化驗結果及缺素症狀表現進行正確診斷。（2）採用配方施肥技術，對玉米按量補施所缺肥素。提倡施用日本酵素菌渣制的堆肥或腐熟有機肥。（3）也可在缺素症發生初期，在葉面上對症噴施葉肥。用惠滿豐多元素複合有機活性液肥210-240mL，對水稀釋300-400倍或促豐寶活性液肥E型600-800倍液、多功能高效液肥萬家寶500-600倍液。
（1）防治灰飛蝨：灰飛蝨對玉米的主要危害是傳播玉米粗縮病病毒，玉米一旦染病，幾乎無法控制，輕者減產30%以上，嚴重的絕收，因此玉米粗縮病又稱為玉米的癌症。玉米出苗後被灰飛蝨危害後即可感病，到5-6葉期才開始出現明顯症狀，新生葉片即心葉不易抽出且變小，可作為早期診斷的依據。在心葉基部的中脈兩側最初出現透明的虛線斑點，以後逐漸擴展到全葉，並在葉背的中脈上產生長短不一的蠟白色突起。病株葉的特徵是色濃綠、寬、短、硬、脆，葉背的葉脈隆起。
病株節間明顯縮短，嚴重矮化，葉片密集叢生，成對生狀，病株似“君子蘭”植株，農民朋友通常稱作“萬年青”。病株根少而短，長度不足健株的1/2，易拔出。根易分叉，叢生狀。防治方法：每667m2用25%吡蚜酮懸浮劑15～20g，或10%吡蟲啉可濕性粉劑10～15g兑水噴霧，同時可預防粗縮病。或2.5%高效氯氟氰菊酯乳油75—100毫升/畝，或40%毒死蜱乳油50—75毫升/畝對水噴霧，集中滅殺防治灰飛蝨成蟲。
（2）防治蚜蟲：成、若蚜刺吸植物組織汁液，引致葉片變黃或發紅，影響生長髮育，嚴重時植株枯死。玉米蚜多羣集在心葉，為害葉片時分泌蜜露，產生黑色黴狀物。別於高粱蚜。在緊湊型玉米上主要為害雄花和上層1—5葉，下部葉受害輕，刺吸玉米的汁液，致葉片變黃枯死，常使葉面生黴變黑，影響光合作用，降低粒重，並傳播病毒病造成減產。
防治方法：1.及時清除田間地頭雜草，消滅玉米蚜的孳生基地2.在玉米心葉期有蚜株率達50%，百株蚜量達2000頭以上時，可用50%抗蚜威3000倍液，或40%氧化樂果1500倍液，或50%敵敵畏1000倍液，或2.5%敵殺死3000倍液均勻噴霧，也可用上述藥液灌心。也可用40%氧化樂果50～100倍液塗莖。3.利用蚜蟲、白粉蝨、美洲斑潛蠅成蟲對黃色有強烈趨性的特點，使用黃色紙板或木板塗上機油誘殺蚜蟲、白粉蝨和斑潛蠅成蟲，是行之有效的無公害防治措施。
（3）防治薊馬：薊馬主要是成蟲對植物造成嚴重危害。為害葉背致葉背面呈現斷續的銀白色條斑，伴隨有小污點，葉正面與銀白色相對的部分呈現黃色條斑。受害嚴重者葉背如塗一層銀粉，端半部變黃枯乾，甚至毀種。為害嚴重，應引起生產上注意。防治方法：（1）鄰近麥田的玉米田要加強水肥管理，發現乾旱時，適時澆水施肥，可減輕受害。（2）蟲口密度大或有可能大發生的地塊及時噴灑20%丁硫克百威乳油、18%愛比菌素乳油、10%除盡乳油2000倍液、40%樂果乳油1000倍液。（3）每667m2用10%吡蟲啉可濕性粉劑10～15g，或4.5%高效氯氰菊酯乳油30～40ml兑水噴霧。
玉米對除草劑較敏感，應合理選用，以免產生藥害。（1）土壤處理；40%乙莠水懸浮乳劑，殺草活性高，使用期長，對玉米安全。在播後苗前或苗後雜草3葉期前用藥，春玉米田每畝用150～400毫升，加水40公斤噴灑。用藥一次基本能保證玉米整個生育期不受草害。33%除草通乳油（施田補），以防除禾本科雜草為主，對部分雙子葉雜草也有一定防效。玉米播後苗前，每畝用150～200毫升加水40～50公斤噴霧。已出苗的玉米田應在雜草2葉1心前用藥。72%都爾乳油，為選擇性芽前土壤處理劑。玉米播後苗前，每畝用80～120毫升加水40～50公斤噴霧，沙質土地用藥量適當降低些，黏質土地用藥量高些。
（2）莖葉處理；玉米3～5葉期、雜草2～4葉期，每畝用50%禾寶乳油100毫升或4%玉農樂80～100毫升，加水40～50公斤向雜草莖葉噴霧。闊葉雜草發生嚴重的田塊，在玉米4～6葉期，用20%使它隆乳油50～60毫升加水40～50公斤向雜草莖葉噴霧。（3）地膜覆蓋玉米田，每畝選用50%禾寶乳油50～70毫升、72%都爾乳油40～50毫升、50%乙草胺乳油50～70毫升、33%除草通乳油100～150毫升，加水40～50公斤，在播種玉米後噴灑表土並覆土。