海底監獄是海賊王中最大的監獄，號稱“銅牆鐵壁”，自建立以來發生過兩次逃獄事件，一是傳奇海賊金獅子，二是路飛跟黑鬍子帶頭的超大型越獄事件。但是至今海底監獄依舊關押着眾多的兇犯。那為什麼海底監獄關押了這麼多的囚犯，甚至還有很多死囚，但是海軍卻不執行死刑呢？
世界政府一直宣傳自己的正義，所以世界政府需要維護正義的形象
世界政府一直以來都是海賊世界正義的代表，也可以説是正義的化身，並且做的事情也都代表了正義。雖然世界政府需要保護貴族，以貴族的利益為主，但是相對於海賊的燒殺搶掠，大多數的平民都更願意相信海軍。
也就是因為這樣，導致了海軍做事需要“走流程”，每一個海賊受到海軍抓捕，只要不是當場死亡，海軍都不能將海賊私自處以死刑。必須先送到司法島對海賊進行審判，宣示海賊的罪行，宣判處幾年的刑罰或死刑。而在囚犯被審判之後便會被送到海底監獄進行關押。
如果是有期徒刑，一般是關押在1到5層，每天都要接受不同刑罰。
如果是無期徒刑或者死刑，則一般是關押在海底監獄最底層第六層，這些人在進監獄之前就需要經歷各種刑罰，然後便會一直關押在最底層。
對囚犯的公開處刑，目前只進行過兩次，一次是對海賊王羅傑的處刑，另一次是對羅傑之子艾斯的處刑。至於還有沒有其他的囚犯執行死刑劇情中並沒有提到，但是通過這兩次公開處刑就能看出，海軍確實有執行過死刑，但是卻充滿了風險。
囚犯的手銬分兩種，一種是普通的手銬，一種是由海樓石製作的手銬，這種手銬因為特性，所以一般都是用於擁有惡魔果實能力的囚犯。同時因為其的堅硬程度，很多時候也會用在實力較強的囚犯。
對於擁有果實能力的囚犯還好，海樓石手銬可以限制能力者大部分的實力，但是對於實力強大又不是能力者的囚犯來説，海樓石手銬除了更堅硬一些跟其他手銬沒有任何差別，這樣的手銬只能對這類囚犯造成一些不便而已，並不能限制多大的實力。就例如黑鬍子在海底監獄尋找夥伴時，第六層就爆發過一場囚犯之間的戰鬥，只有最後的勝利者才能成為黑鬍子的夥伴。甚至就是能力者帶上海樓石手銬都能造成不小的麻煩，艾斯當初在被執行死刑之前，就曾經暴打過幾個監獄的看守者
而前文已經説過海軍做事需要維護形象，所以執行死刑也需要走流程。首先是選定死刑執行的地點，然後再將囚犯護送到該地點執行死刑。所以這個過程一不小心就可能造成人員的損失或者囚犯逃離。這也就是海軍雖然能夠對囚犯執行死刑但是卻很少選擇將囚犯處死的原因。
海底監獄非常的牢固，這是可以肯定的，雖然有過兩次越獄事件，但這並代表海底監獄就不牢固。並且嚴格意義上講，真正的越獄事件只有一次，那就是金獅子，並且即使是傳奇海賊金獅子也付出了兩隻腳的代價。而路飛跟黑鬍子帶領的越獄事件，其實是從外部突破的，所以並不是因為海底監獄的不牢固。
並且坐鎮海底監獄的是實力強大的麥哲倫，對於麥哲倫的實力，戰國的評價是：只有他坐鎮，海底監獄才是真正意義上的牢不可破。並且世界政府建立800年之久，相信海底監獄建成的年限也不小，而這幾百年來僅僅只發生過兩次越獄事件，這種小概率的事件，海軍完全沒必要因為這點小概率的事情，而去做執行死刑這種過程中容易發生意外的事情，所以海軍將囚犯關押在海底監獄可以説是非常的放心。這也是來自海軍的自信。
這些囚犯都是有名的強者，海軍能進行秘密實驗。
雖然世界政府為了表現自己的正義，表面功夫需要做好，但是暗地裏卻是搞了非常多的小動作。例如：作為海底監獄的典獄長，可以對海底監獄的任何死刑犯即刻執行死刑，完全不需要走任何流程。也就是典獄長掌握了任何一個死囚的生死大權，那為何典獄長也很少殺囚犯呢？
其實是因為一個更加的巨大的陰謀，世界政府擁有一項非常恐怖的技術，那就是改造人。七武海中的巴索羅米·熊就成功被貝加龐克改造成一個機器人，並且還保留了原有的能力跟實力，可見這項技術有多麼的公怖，假如技術更加成熟的話，那麼整個海底監獄就是海軍的強者加工廠，只要不斷地利用技術將囚犯進行改造，那麼這些囚犯就會變成海軍的底藴，海軍將會有源源不斷的強者加入，並且這些強者接受任何命令。這也是海軍的另一個陰謀。
所以關於海底監獄為何有那麼多的囚犯，而海軍卻一直沒有選擇執行死刑的原因就是如此，一方面是因為正義，一方面也是為了一個非常龐大的陰謀，一個可以影響整個海軍世界格局的陰謀。