戴笠在得知軍統局裁撤已成定局的情況下，主要謀求改當的職務就是“海軍總司令”，為此甚至單方面拉攏美國人幫他説話，墮機身亡之前，就是去青島拜會美軍太平洋艦隊司令。“戴老闆”如此覬覦的位置，顯然級別必須合適自己的身份，抗戰中期他已經能與胡宗南、湯恩伯等戰區頭目拜把子平起平坐了。
不過蔣某人斷然拒絕了美方的説項：特務就是特務，奴才就是奴才，還想抓軍權？作夢！某種意義上， 這很可能也是戴笠意外死亡的一個因素。因為在那個年代，海空軍的數量雖然不是很多，卻屬於稀罕而重要的軍種，一定要掌握在蔣的黃埔嫡系手中。
比如空軍最初的老大毛邦初，那是蔣氏原配夫人的族侄，之後掌權的王叔銘和周至柔，也都是黃埔一期的嫡系將領。抗戰勝利後海軍總司令陳紹寬辭職，而兼任這一職務的則是中央軍頭號親信陳誠（軍事委員會軍政部長），1948年5月的繼任者則是黃埔一期的桂永清，兩大軍種的總司令資歷和出身，驚人的一致。
從組織架構上説，抗戰勝利軍事委員會改組為“南京國防部”以後，本部下設陸軍總司令部（顧祝同）、海軍總司令部（參謀總長陳誠兼）、空軍總司令部（王叔銘副總司令）和聯勤總司令部（郭懺）。本部直接指揮各戰區（綏靖公署或剿總司令部等），因此軍種和戰區並無直接隸屬關係，但級別又比戰區略低。
因為這會的黃埔一期生除胡宗南外，都還坐不上戰區老大的位置，資歷略顯不足，軍銜多數剛到中將。而戰區的頭頭像衞立煌、傅作義、閻錫山、劉峙、白崇禧之流，都算是黃埔生的師執輩，軍銜也基本為二級或者一級上將，差着一格呢，另外戰區指揮的陸軍數量也很龐大，權重明顯不同。
比如解放戰爭爆發前，蔣軍擁有的陸軍共有86個整編師（軍）約200萬人，二線的非正規部隊約和特種兵110萬人，而另外兩大軍種的空軍是16萬人以及海軍3萬人，另有後勤部隊、軍事機關和院校約101萬人，總兵力約為430萬人（我方軍隊總數約為127萬人）。可以發現，海空軍的兵力比例還是很低的，當然軍種情況有其一定特殊性。
所以第一層的結論是，軍種與戰區屬於平行而非直接上下級的關係，但是由於陸海空三軍具體的情況不同，軍種司令部的級別比戰區司令部要低上半格。不過在那個年代，蔣系空軍和海軍可是牛的不行，因為地位超然，加之是妥妥的嫡系，所以在實際作戰中經常不配合陸軍，後者也無可奈何，告也告不贏的。
在1948年平津戰役的張家口作戰中，蔣系空軍就因為疏於觀察誤炸了傅作義部第35軍第102師二團，炸死白姓營長一名和士兵數十人，而這個白營長還是第35軍軍長郭景雲的老連長，從此郭軍長對空軍恨之入骨，然卻無可奈何，因為連傅作義也無權處置。
郭景雲當時只能破口大罵：“飛機又炸自己人啦，編號是905，我已向空軍總司令部發電追問，飛機上也有八路了，這仗怎麼打”？
當然，海空軍也在蔣軍的戰敗逃跑中確實起到了重大的作用，畢竟我軍當時的海空力量幾乎是零。比如遼瀋戰役中在營口逃跑的劉玉章第52軍，平津戰役中在塘沽逃跑的侯鏡如兵團，上海戰役中逃跑的湯恩伯部隊，都是依靠海軍的協助才溜掉的。而敵人若沒有海空軍，那麼三野金門戰役的歷史就得改寫，薛嶽就得在海南島被四野生俘。
至於如今我軍的軍種和戰區關係，眾所周知的原因只能簡單介紹下，由於海空兩個軍種在現代化戰爭中的比重增加，其規模和地位有很大提升，在未來作戰中遂行：聯合總參謀部同時指揮各戰區、各軍種司令部的體制，而各戰區也建立了二級軍種司令部，接受聯合總參謀部和戰區的雙重指揮。