通州於西漢建制，稱路縣。東漢建武元年，以瀕臨潞水之故，縣從水名，改路為潞。從這一次改名，從此註定了通州與水的淵源。大運河開鑿之後，隨着漕運的興起，通州越來越受到國家的重視。作為國脈根本，社稷大事的漕運，統治者自然是憧憬着漕運通濟，遂將潞縣更名通州。
漕運的興起，也是通州城的興起。特別是明清兩朝，隨着漕運的發展，在通州城內形成了大量的貨棧和市場。各類的糧食、雜貨的市場拔地而起，在運河西岸的糧食市場成為了當時北京城最大的民間糧食市場和批發基地。還有像瓷器、茶葉、水果、牛羊、魚等市場也應運而生，規模在北京城裏也都是名列前茅。除了市場之外，各地的商會也積極地在此建立自己的商會會館，其中僅山西會館就達3家，江西會館2家。
繁華的商業為通州帶來了豐厚的歷史文化財富。帝王將相、才子佳人彙集於此的通州，建有多處州學、書院、會館。運河的盡頭，向西望去有一座鐵灰色的高塔，這就是運河岸上最為著名的燃燈佛塔。這座始建於北周宇文氏時期的燃燈佛塔也是古通州及京杭大運河北端的標誌。除此之外，運河給通州留下的歷史文物還有很多。可惜的隨着運河的衰落，這些文物也慢慢地被人遺忘了。
説起通州城的衰落，就不得不提到大運河。通州因河而興，也因河而衰。
作為依賴於運河的通州也開始走向了沒落，清末、民國年間的戰爭更是讓整個國家停滯不前，在這樣的背景下，通州自然也逃脱不了衰退的事實。
2015年7月11日，北京市委十一屆七次全會審議通過了《京津冀協同發展規劃綱要》，通州正式成為北京市行政副中心。這座盛極一時的千年之城，如今作為北京的城市副中心，正在迎來一次新的騰飛。