從阿黑麻汗開始便割據東部自立為汗的阿杜剌因王子，是拉失德汗第十二個兒子。從豎立反旗開始便在東部經營自己的勢力,阿克蘇、庫爾勒,直到嘉峪關前都成為他的天下經過四十年的統治,已經根基紮實,兵強馬壯。1635年,阿杜剌因去世,其長子阿卜杜拉哈繼位,這是一個驍勇的王子,即位之初便剷除了自己的岳父企圖篡位的庫車總督阿布·哈迪,穩定了局勢,使得上下歸心。與他相比,居住在葉爾羌城裡速檀馬黑麻汗顯得庸懦無能,西部的各城大多數貴族傾心於阿布杜拉哈,甚至黑山派也對他極有好感。剛繼承父親的位置,便有了統一汗國的機遇。1639年,萬事俱備的阿卜杜拉哈王子率軍西進,一路上所向披靡,降者如雲。速檀馬黑麻汗第二次下臺,逃往國外。阿卜杜拉哈將分裂近三年的國家重新統一起來,成為全國的可汗。
而迎接阿卜杜拉哈汗登基的不僅是禮樂和祝福,還有更大的考驗,還沒有來得及享受可汗的生活,北部的強敵便出兵南侵而來——準噶爾汗國的開國汗王巴圖爾琿臺吉見葉爾羌又換了新君,料定必然內部不穩,派出孔金、色凌、蘇邁爾三員大將率軍南下。準噶爾軍兵抵和田城下,守將曼蘇爾伯克率軍抵抗,不敵戰死。準噶爾軍乘勝前進,大有攻陷和田之勢。
然而,此時的葉爾羌已經不再是諸侯林立,政令不暢的亂世,所有的貴族和軍隊都聽命於阿卜杜拉哈汗,絕非一支偏師一次勝利便可以動搖的。阿卜杜拉哈汗的弟弟伊卜喇伊木王子率軍繼續奮戰,各地的援軍源源不斷開來。準噶爾軍大敗而回。次年,準噶爾人為了雪恥再次南下兵抵阿克蘇城,豈料下場比第一次更慘,被葉爾羌軍前後夾擊,幾乎全軍覆沒,三員主將中色凌和蘇邁爾被俘。擊退準噶爾汗國的進攻使得阿卜杜拉哈汗威望如日中天。憑藉這樣的威望,他將朝廷的重臣大換血,鞏固汗權,並任命自己的弟弟們出任各地總督,消除割據勢力,讓國家在不斷的內亂中緩了一口氣。而為了表明自己是強爺勝祖的強者。穩定了內部的阿卜杜拉哈汗恢復了從馬黑麻汗時代便中斷的''聖戰''。
1641年迫使巴達克山重新臣服;1643年率傾國之兵討伐吉利吉思人,大獲全勝,被歷史學家載入史冊,稱為''阿克賽進軍''。1644年,在汗國內呼風喚雨數十年的黑山派和卓沙迪去世,其子瑪木特成為和卓,繼續支援阿卜杜拉哈汗。同年,中原的王朝從大明換成了大清,阿卜杜拉哈汗派使臣前去進貢,順治皇帝准許''自此以後,著五年一次來貢'',正式建立了朝貢關係。
可順治皇帝並不知道,這個主動前來的恭順之國,沒有幾個安靜的五年來朝貢了。阿卜杜拉哈汗實現了汗國的中興,但在吸取前人的教訓之下,卻矯枉過正。多次用鐵血手段清除他所不信任的貴族和親人,用大肆的殺戮和大批的流放來展示自己的權威。甚至連兩個立有大功並忠心耿耿的弟弟——伊卜喇伊木王子和伊斯瑪依勒王子都被無端驅逐出境。逐漸,有為之君的光環褪色,而把暴君的帽子戴在了頭上,眾多總督與他貌合神離,剛繼位時的統一局面出現崩壞。內部不穩,外患便接踵而至。
北部的準噶爾汗國自從建立之初,便對葉爾羌虎視眈眈,見阿卜杜拉哈汗流放眾多貴族,便支援這些貴族返國進行武力抗爭。伊卜喇伊木、伊斯瑪依勒都在準噶爾軍的支援下,回國對兄長實施報復,全面的內戰爆發。面對兄弟們的進攻,阿卜杜拉哈汗多次進行反擊,有勝有敗,並沒有被傷到筋骨。但在他征戰不休的時候,自己的兒子卻生亂於肘腋,把他這個父親搞的焦頭爛額。阿卜杜拉哈汗的長子尤勒巴爾斯因為作戰有功,被任命為喀什噶爾總督。
喀什噶爾是葉爾羌汗國的重鎮，擔任總督的人便是日後汗位繼承人，尤勒巴爾斯本來可以安心地等著父親去世後接位便萬事大吉。可這時,喀什噶爾成了白山派的大本營,尤勒巴爾斯剛一上任,便被白山派所包圍,很快成為白山派信徒。葉爾羌汗國從馬黑麻汗開始,便是黑山派一統天下。汗位繼承人成為了白山派信徒,自然是對黑山派極大的威脅。黑山派和卓瑪木特開始處處與尤勒巴爾斯作對,竭盡全力動搖他的儲君之位。
而白山派的和卓伊達耶提拉也知道,要取得宗教領導權必須有汗廷的支援,而與自己水火不容的黑山派現在是汗廷的支持者。於是,便拼命擁護尤勒巴爾斯反對自己的父親。尤勒巴爾斯在白山派的支援下,招兵買馬,對父親步步緊逼,逐漸擴大自己的封地,直到父親直接控制的領地僅剩下首都葉爾羌城。阿卜杜拉哈汗眼見汗位不保,開始了反擊,命自己的次子努爾·丁王子率兵討伐。努爾·丁王子雖然佔領了喀什噶爾,但很快病死,喀什噶爾重新落到尤勒巴爾斯手中;而努爾·丁王子的軍隊也順勢被他收編。這樣一來,阿卜杜拉哈汗失去了唯一可以依靠的軍隊,汗位搖搖欲墜。
到了關鍵時刻,黑山派見風使舵,不再支援這位可汗,而是開始支援他的兄弟們。阿卜杜拉哈汗眾叛親離,一籌莫展。1668年,尤勒巴爾斯率軍進逼葉爾羌城,對父親展開最後一擊。面對兒子的大軍壓境,毫無抵抗能力的阿卜杜拉哈汗以''朝聖''的名義出走麥加，淒涼的結束了自己的''中興''。
尤勒巴爾斯進入葉爾羌宣佈自己為汗,開始大肆迫害黑山派教徒。可樹大根深的黑山派決不會如此就範,在阿卜杜拉哈汗出走之後,黑山派便到準葛爾迎了伊斯瑪依勒王宣佈他為可汗,不承認由白山派擁立的尤勒巴爾斯汗。雙方的軍隊多次交戰,尤勒巴爾斯汗均都失利,危難之中只得求助於宿敵準葛爾汗國。準葛爾汗國的第二任汗王僧格派軍隊支援,勉強維持了平衡,尤勒巴爾斯汗在外國的幫助下穩定了局勢,繼續迫害黑山派。
世界上是沒有免費的午餐的。僧格派援軍來並不是義務幫忙,而是為了顛覆汗廷,吞併葉爾羌。尤勒巴爾斯汗直到準葛爾軍協助手下貴族衝入開宮把刀砍向自己的時候才明白,但已經太晚了。貴族們擁立他的兒子阿卜杜·拉提夫為汗,這時一個駐軍在阿克蘇的伊斯瑪依勒王所聞汗廷有變,迅速率軍前往葉爾羌用切斷水源的方法迫使葉爾羌開城投降,1670年4月2日,伊斯瑪依勒王宣佈為可汗。
準葛爾軍在葉爾羌四面楚歌,無法立足,撤回了本土。不久,僧格在次宮廷政變中被殺,準噶爾內亂無力南顧,白山派在國外的靠山也倒黑山派在遭到兩年的迫害後終於揚眉吐氣,開始反攻倒算,對白山派進行血腥屠殺。白山派保護阿卜杜·拉提夫汗逃到自己的大本營喀什噶爾,希望在此割據。但黑山派鼓動伊斯瑪依勒汗乘勝追擊,迅速將之攻陷。阿卜杜·拉提夫汗和所有尤勒巴爾斯汗的兒子全被處死,白山派教徒遭到殘酷迫害,和卓伊達耶提拉逃亡到印度。
伊斯瑪依勒汗開始了自己的統治,當年他是阿卜杜拉哈汗抑制權貴,加強中央汗權的犧牲品,但在自己當上可汗後,也完全仿照哥哥的做法,限制宗親貴族的勢力,而完全依靠黑山派和卓。黑山派和卓瑪木特重新成為汗國無可爭議的大教長,敵人白山派已經元氣大傷,連和卓都流亡到國外了還能有什麼作為?伊斯瑪依勒汗和瑪木特和卓都可以露出勝利的微笑了。先露出笑容的人,往往不是勝利者。誰笑到最後,誰就笑得最好。