但是資本下鄉過程也存在許多問題，如非農化、非糧化、排擠小農和中農、風險大、遭遇鄉土歧視、引發農村社會糾紛等，資本下鄉失敗的案例屢見不鮮。資本下鄉為何困難重重？它的癥結究竟在哪？外部資本如何在鄉土生存發展？
温鐵軍教授一針見血地指出問題所在：為什麼資本難下鄉,因為交易費用是個陷阱。温教授圍繞資本下鄉難的問題，和團隊進行深入實際的調查分析，層層剖析，道明資本下鄉問題。
温鐵軍教授指出制約資本進入鄉村的關鍵問題在於獲取鄉村資源時，所要支付的高昂的交易費用。
所謂交易費用是指企業用於尋找交易對象、訂立合同、執行交易、洽談交易、監督交易等方面的費用與支出，主要由搜索成本、談判成本、簽約成本與監督成本構成。
如果企業不顧實際能力，盲目扎入鄉村投資中，很容易陷入交易費用的陷阱。資本下鄉的交易費用陷阱是怎樣產生的呢？可以從以下幾個層面來分析。
交易費用陷阱來源於信息成本過高。資本下鄉的交易是在資源已經被分割稀碎由農户佔有的所有權的條件下進行的，這意味着企業獲取資源時要與分散的個體小農户進行洽談。
一方面過多的交易對象會大幅增加信息搜索成本，其中包括對各家各户的土地資源信息的收集，和個體小農户進行商談、簽訂合同所耗費的人力、財力、時間成本。
另一方面，分散的資源非常不利於企業的進行整合來發展產業。一些農村地區的經濟集體化程度低，進入的外部資本沒能力、沒辦法對土地資源進行大規模整合，也無法對資源進行高度利用率的開發。
土地是農村最大的可利用資源，也是資本下鄉中最容易產生問題的一環。近年來，資本下鄉過程中與農民發生的土地糾紛往往層出不窮。
其一，土地是農民最後的生活保障，農民失去了土地就失去了最基本的生活保障，一旦進城失敗則無法再次返回鄉村，而企業徵地的補償不足以成為農民的基本依託，所以一些農民不願意出讓自己的土地。
在資源徵用的談判中，企業不僅可能支付高昂的交易成本，還可能在談判中產生衝突。如果資本強勢進入鄉村，很有可能損害某些農民利益，引起他們的不滿，導致矛盾爆發，也讓一些沒有利益衝突的村民把手中的土地資源待價而沽。
温鐵軍教授指出我國農村的資源性資產以使用權的名義，而實際上長期被小農户分散佔有，這意味任何一個分散資源的交易可能無法進行交易。
當一些中小企業通過當地政府簽訂了土地徵用合同，但這一合同中農户簽字的真實性是有水分的，如果某些農户的不承認這份合同，就會導致交易失敗。
有人的地方，經濟發展才有活力，而地方經濟的高速發展又吸引更多的青壯年人口湧入。
鄉村的青壯年大多進城打工，人口大量遷出導致鄉村經濟發展緩慢，而鄉村經濟的停滯，人們更不願意留在農村，這進一步加劇人才流失，鄉村就處在這樣如此循環往復的尷尬境地。
資本下鄉不僅要考慮交易成本問題，還要考慮勞動力問題。如果勞動密集型產業進入鄉村，如何去填補巨大的勞動力缺口？高新技術產業進入鄉村，又如何在人才貧乏的鄉村尋找高素質的勞動力才來發展產業？因此，農村勞動力的缺失也成為限制資本下鄉的一大重要因素。
高度分散的小農户與分散的資源，是資本下鄉的交易壁壘。資本在下鄉或進行產業擴張時如何以低的交易成本獲取大的資源是最大的問題。温鐵軍在《告別百年激進》中詳細分析了進行資源整合，降低交易成本的幾種模式。
在社區內部交易
村社集體形成的在地化產業資本，隨着集體化程度提高，發展變快，需要進行產業擴張。那麼，村社集體的產業作為外部資本如何向別的村進行低成本的產業擴張？江蘇的華西村是一個很好的示例。
這遠低於以工業用地徵收土地所需要的交易成本。兼併村落後所進行的交易就是社區內部的交易，而內部交易成本就非常低，華西村藉此實現低成本產業擴張。
本村的外部產業資本家，在外取得一定資本後，回村對本村所有資源進行整合，也能取得相對較低的交易成本。
因為他為本村人構建了一個福利保障體系，把土地上承載的土地福利功能剝離，換得村域範圍內的全部資源。除此之外，同一個區域內的血緣地緣關係等相關文化因素會影響產業資本的進入。
企業下鄉不能打無準備之仗，温鐵軍教授曾告誡下鄉資本在行動之前要了解其他下鄉企業的教訓，三思而後行。
資本下鄉的困境是不容忽視的問題，各類企業下鄉不要浮躁，不要盲目跟風，進行產業擴張，認清形勢，找到合適的方法，才能實現低成本且高效的交易。