曾國藩是晚清時期的重臣，也是中國歷史上最有影響的人物之一，他28歲入仕為官，一生平步青雲頗受統治者信任，作為回報，他傾盡一生為大清王朝打造了一支實力強勁的湘軍隊伍。
晚清時期社會動盪不安，曾國藩感念皇帝恩德，為清政府東征西戰，毫無怨言，在鎮壓太平天國的過程中發揮着重要的作用。太平軍的戰鬥力也不可小覷，為了剿滅太平軍，曾國藩手上精心培養的湘軍也傷亡慘重，可以説和太平軍之間的鬥爭耗盡了他一生的心血。所以他對洪秀全可謂是恨之入骨，從他攻下天京之後的屠城行為也能看出一二，那麼為什麼慈禧要分屍洪秀全，曾國藩卻制止了呢？
第一，當時帶領湘軍攻下天京的並不是曾國藩，而是他的弟弟曾國荃。
1864年湘軍在曾國荃的率領下攻下天京，和歷史上眾多戰役一樣，攻破城池之後湘軍做的第一件事就是掠奪財產。洪秀全建立政權後打着為百姓謀福祉的稱號，肆意斂財，宮中更是珠寶美人無數。
湘軍在天京中進行了三天三夜的搜查，將無數的金銀珠寶據為己有，並本着寧可錯殺不能放過的選擇，對無辜的百姓進行了大規模的屠殺。佔領天京的曾國荃沒有發現洪秀全，在逼問宮女以後得知洪秀全已死，在宮女的帶領下找到了洪秀全的墳墓。曾國荃當即下令挖出了洪秀全的屍體，所以後來曾國藩見到的就是洪秀全已經死透了，用黃布包裹着的屍體，已經是屍體了原則上分屍的刑罰也就實施不了了。
第二點，曾國藩見到洪秀全的屍骨後直接自己做了處理。
曾國荃將洪秀全的屍骨帶到曾國藩處，曾國藩見洪秀全的屍體用整塊繡龍紋的布裹着，而不用棺槨。雖死去多日卻仍然沒有完全腐爛，且頭髮眉毛皆是白色，一向信奉程朱理學的曾國藩認為此人“有妖”“非常類”，同時也是為了打消義和團殘部捲土重來的念頭，直接下令將洪秀全分屍、焚燒、炮轟，成了真正意義上的死無葬身之地，用古人的想法恐怕就是魂飛魄散之刑了。
在一切處理完之後幾天，曾國藩才收到了慈禧要求分屍以平眾怒的詔書，但是當時屍體已經處置了自然無屍體可分。
最後一點，恐怕也是最重要的一點，曾國藩和洪秀全的個人恩怨。
曾國藩和洪秀全交手數次，在洪秀全手上也吃了不少暗虧，更是折損了他耗盡心血培養起來的精鋭之師，怎麼能讓曾國藩不懷恨在心呢？估計每次曾國藩見到洪秀全的時候都想將他挫骨揚灰吧，哪怕最後見到的是他的屍體也是一樣。 所以從歷史事實來説，嚴格意義上來講，雖然曾國藩沒有按照老佛爺的旨意行事卻也沒有抗旨，而只是在遵從旨意辦事的同時更加表現了一步。