菟絲子的入藥部位主要是其乾燥的種子，是一味傳統的中藥材，其味甘、辛，性平，微溫，入肝、腎、心經，具有補肝腎、益精髓、明目、安胎等功效的滋補中藥材。
在中醫典籍中，菟絲子最常用的功效就是滋補肝腎的功效，對於肝腎不足引起的小便淋瀝，小便白濁，夢遺等，菟絲子是很好的滋補藥物，這個藥藥性柔潤，可以平補肝腎而不燥，是很好的滋補藥物。中醫認為，遺精的問題屬於心肝腎齊病造成的水火兩虛，才使得“火欲動而水亦動矣，久則結成夢想而精遺。”，而菟絲子正是能夠一味藥補心肝腎的藥物，因此，單用菟絲子有時對於腎性遺精的現象就會有很好的治療效果。也可以用菟絲子配伍白茯苓、石蓮肉兩位藥材使用，組成方劑“茯菟丸”，也是治療小便白濁，夢遺的好藥。對於心腎不足引起的小便赤濁，口乾煩熱，精血不足，頭暈心慌等症狀，可以用菟絲子配伍麥門冬，有不錯的改善效果。
菟絲子的補益作用，還使其具有改善肝腎虛弱導致的腰膝痠痛的功效。採用菟絲子與牛膝配伍，用酒制，往往有舒經活血，強筋健骨，改善腰腿疼的效果。肝開竅於目，肝臟受損，則往往有視物不清，眼睛昏花等症狀，服用菟絲子可以補益肝臟，從而達到明目的效果。
除了補肝腎，強筋骨之外，菟絲子還有“安胎”之功效，對於女性習慣性流產的中藥治療方面，菟絲子也是常用的藥物，菟絲子可以配伍桑寄生、斷續等藥材使用，用於改善女性習慣性流產問題。除此之外，菟絲子對於糖尿病人的消渴症狀，也有一定的調理效果。
菟絲子除了可以內服，還可以外敷使用，對於眉煉癬瘡（即兩眉之間生的癬瘡），痔瘡等，都可以用菟絲子研末外敷，癬瘡用油調敷，痔瘡用蛋白調敷，均有不錯的治療效果。
菟絲子的應用廣泛，其炮製方法也各有不同，有直接曬乾的炮製法，由於其種子微小，也加麵粉製作成菟絲子餅使用，一般情況，如果取其補腎的功效，如改善遺精、小便淋瀝等症狀的情況，建議選擇鹽炙的菟絲子；而如果是取其活血的功效，如改善腰腿痛，明目等方面的應用，則取酒炒的菟絲子則功效更佳。
菟絲子能補身體之虛，其藥性並不劇烈，但還是偏溫補的藥物，因此，對於強陽不萎、大便燥結的情況，是不宜使用的，另外，菟絲子可以用於習慣性流產，但對於孕婦禁用，如果有血崩、陰虛火旺的情況，也都應該慎用。